在赢得了橘子联盟胜利者杯后，小智他们决定在柑橘岛休息一晚上，第二天再回真新镇。
小智回到宝可梦中心后，重新交换了宝可梦，现在小智带的宝可梦是皮卡丘、吉利蛋、大钻角犀兽和拉普拉斯，其他的都传送回大木博士研究所了。
晚上，在小智他们都睡着的时候，突然有人叫醒了小智。
“超梦啊，怎么了？”小智揉了揉眼睛看着把自己叫醒的超梦问道。
“出来一下，有点事要告诉你。”超梦通过心灵感应对小智说道，小智也穿好衣服跟着超梦到了外面的草地上。
“什么事啊？”小智坐好后就问道。
“我感觉到了有几个强大的能量在那里。”超梦指着小智的腕表说道。
“强大的能量？”小智一边问着一边纳闷的点开了腕表，出现了虚拟的屏幕，“哪里啊？”小智一边翻着一边不解的继续说道。
“那里，我感到有好几个不比我弱的能量。”超梦指着屏幕上的‘宝可梦’一项说道，而超梦平时就是住在那里的。
“这是……。”小智疑惑的点开了‘宝可梦’那一项，出现在小智眼前的不再是只有超梦和一堆问号的黑影了，而是有好多的宝可梦。
“是我的宝可梦。”小智看到后大吃一惊，这都是之前他玩游戏的时候收服的宝可梦，好多都已经100级满级了，有几只异色的宝可梦，而且还有传说中的宝可梦和幻之宝可梦，怪不得超梦说能量不输它。
当然后面的宝可梦蛋也都不再是黑影了，而且都是经过分类的，蛋壳也都变得和现实中的一样各有各的特点，而不是游戏中统一的黄色蛋了，小智可以很清楚的知道每一颗蛋孵化出来后的情况，这也给小智提供了便利。
小智小心的选择了一只宝可梦，手上多了一只精灵球，“出来吧，百变怪。”没错，小智拿出的是一只满级百变怪，而之所以拿这只是因为，小智有好多的宝可梦都是通过它来生蛋的。
“你好啊，百变怪。”小智高兴的和百变怪打招呼，而百变怪也高兴的爬上了小智的肩膀。
“超梦，可以听一下我的故事吗？”小智看着一旁的超梦说道，“我其实不是这个世界的人。”看到超梦点了点头，小智于是继续说着，又仿佛是自言自语，“在我以前的世界，宝可梦只是游戏和动画中的，而我现在的身份也只是动画中的主人翁，我以前很喜欢宝可梦，而这些就是我以前的伙伴。”小智指着百变怪说道，“也许你不太懂是什么意思，不过现在我已经融入这个世界了，你只要相信我会更加的喜欢宝可梦就行了。”小智最后对超梦承诺。
“真是不明白你说的是什么，不过也不管了，既然已经跟着你了，就只好支持你了。”超梦随后说道。
“对了，超梦，它们是什么时候出现的。”这时小智问出了困扰他的问题。
“就在你接过胜利者杯的奖杯时，它们就突然出现了。”超梦回答小智说。
“在那个时候啊，难道是我把关都联盟和橘子联盟都打赢了后，相当于通关第二周目，终于到达可以使用它们的训练家等级了吗。”小智突然想到，也只有这个可能了，反正不管怎样，这些宝可梦可以跟随自己了，不过在这里对战还是收服新的宝可梦比较好，毕竟培养宝可梦才是最大的乐趣所在。
“好了，我要回去了。”超梦说完就消失了，而小智也把百变怪收了回去，回房间睡大觉去了。
第二天早上起床后，“小智，我们要怎么回去？”小霞对小智问道，毕竟一切都结束了，总不能在接着乘拉普拉斯慢慢的回去吧，那时间也太长了。
“到凸橙岛去坐回真新镇的联络船就可以了。”小智随后回答说。
“我们赶紧走吧。”而小建则是急着见大木博士。
“出来吧，拉普拉斯。”随后小智就派出了拉普拉斯，“拉普拉斯，拜托你载我们去凸橙岛。”小智随后说道，而拉普拉斯也非常高兴的回应着，大家就乘着拉普拉斯出发了。
不过当大家到达凸橙岛的时候，认识了强哥，并且知道这个岛已经到处都是顽皮雷弹了，而强哥则是被聘请来的地鼠训练家，在知道了联络船只能在顽皮雷弹事情解决之后才能开之后，小智他们只好帮忙了，而这个过程中火箭队照样来捣蛋了，不过在强哥的三地鼠和小智的大钻角犀兽的帮忙下再次无功而返了，傍晚时分，顽皮雷弹们终于在地鼠的工作下全部转移到了凸橙岛后方的草原，去好好的生活了，而这座岛上的人也回来了，小智他们告别了强哥，顺利的搭上了回真新镇的联络船。
“是真新镇耶，我们终于回来了。”第二天，下了联络船后小智一行人终于走到了真新镇前，看着前方的真新镇，小智十分激动。
“皮卡~。”而皮卡丘也非常高兴的叫着。
“你看，波克基古，是不是很怀念啊。”小霞对飞走旁边的波克基古说道。
“叫尅古~。”
“大木研究所就在这个地方啊，可以见到大木博士了，我好期待啊，我得把这些要请他看的报告先准备一下，要选哪一本呢，又不能请他全部看。”小建突然坐在地上，拿出一摞又一摞的笔记本翻看着。
“到家里以后再选吧。”小智看着忙着的小建非常不好意思的打断他，但是他真的想赶紧回家。
“就是啊，小智的妈妈也在家里等不及了。”小霞这时也说道，不过她好像还没意识到这次是见家长耶，虽然上次在亚细亚岛见过，不过那次因为大木博士走的急，没有说上什么话。
“对啊，真是抱歉。”随后大家就一起向小智的家走去。
“我回来了。”小智推开自己家的们喊道。
“欢迎回来。”不过从里面传来的不是小智妈妈的声音，而是一个男生的声音，听声音非常的耳熟。
“小刚？”小智他们走进里屋后，小霞就看到小刚正穿着围裙干活呢。
“小智、小霞，好久不见了。”小刚回答小霞说道，“波克基古好吗？乖啊。”小刚又逗了一下波克基古。
“说什么乖乖啊，你为什么会出现在这个地方？”小霞则是对小刚在小智家很不解，她还以为小刚的春天来了呢。
“你就是小建啊。”不过小刚没有理会，而是和小建打招呼。
“你好，请多指教。”
“小刚，最近过的还好吗？”小智也是挺想念小刚的。
“还可以吧，你看，我的小磁怪已经进化成三合一磁怪了。”小刚指了指着飞在一旁的三合一磁怪。
“小刚，你还没有回答我你为什么会在这里。”小霞显然还是没有知道小刚为什么在这里，于是继续问道，“还有内木博士怎么样了？”小霞终于问到了小刚的痛处了，然后就看到小刚毫无元气的躺在地上蜷缩着一直重复说“拜托你不要再问了”。
“看来是被甩了。”小霞看到小刚这个情况就知道了结果，叹了口气。
“啊？”而小建则是不解。
“他常常这样子。”小霞无奈的说道。
“啊，你们回来了。”“帕里~。”这时从门口传来了小智的妈妈和魔墙人偶的声音。
“我回来了。”小智高兴迎了上去。
“欢迎回家。”小智的妈妈十分的开心。
“小霞，你还好吗？”小智的妈妈转过头和小霞打招呼。
“我很好。”小霞开心的回答说。
“这是……。”小智的妈妈这时发现了波克基古，看来上次光顾着看小智了，什么都没有关注。
“这是波克基古，是波克比进化了。”
“啊，原来进化了，波克基古，你好。”小智的妈妈继续说道，“对了，小霞，小智已经告诉我你们的事了，以后小智就拜托你了。”这时小智的妈妈对小霞说道。
“哪里，都是小智在照顾我。”小霞听完后，红着脸非常不好意思。
“这边应该就是小建了吧。”小智的妈妈随后看到了小建。
“伯母，请多指教。”。
“伯母，为什么小刚会在这里啊。”小霞小声的问道，虽然知道被甩了，但是具体情节还是想知道的。
“那是在一个闷热的傍晚，我和小魔去买菜，回来的时候碰到了消瘦的小刚，每次问他怎么了，就会出现刚才那个样子，不过在家里和小魔做家务后，他逐渐的恢复了。”小智的妈妈解释说。
“原来还发生过那种事。”
“庭院一定要交给我打扫。”这时小刚跑到庭院和魔墙人偶抢扫帚。
“小刚他老是和小魔吵架。”小智的妈妈看着他们说道。
“小刚，我们去大木博士研究所吧。”小智赶紧拉住了小刚，必须让他振作起来，毕竟以后他被甩的次数多了去了。
“好啊，我们快去吧。”而小建听到要去研究所了，激动的说道，小刚也停下了和魔墙人偶争扫帚，走了过来。
“妈，这是我打赢橘子联盟胜利者杯获得的奖杯。”小智拿出奖杯递给了妈妈。
“太厉害了，妈妈好高兴啊。”小智的妈妈高兴的接过了奖杯，“家里刚好少了一个哑铃，这下子凑成一对了。”不过下一句就让所有的人都摔倒了。
“妈妈。”小智有点无奈。
“好了，开玩笑的，我会好好保管的。”小智的妈妈小心地把奖杯放到了橱窗里，旁边是小智得到的石英大会冠军的奖杯和八个徽章及宝可梦检定考的徽章，证书也被放进了一个框里裱了起来。
“这是徽章。”小智把橘子联盟的四个徽章又递给了妈妈。
“好好好。”小智的妈妈很开心的把徽章摆在了胜利者杯奖杯的周围，最后接过证书，装好摆放。
“妈，我要去大木博士那里看一下宝可梦。”
“那我要做一大桌的大餐，好好的庆祝一下。”小智的妈妈则是表示要好好犒劳一下小智。
“那我们走了。”小智他们四人和妈妈说再见后就向大木博士研究所前进。
“博士，在吗？”进了大木博士研究所后小智喊道。
“是小智回来了啊。”大木博士从里屋出来后看到小智很高兴，“这是？”看到飞着的波克基古后，大木博士来了精神，他们上次在亚细亚岛是有多匆忙啊，小智扶额。
“是波克比进化后的波克基古。”小霞解释说。
“原来进化后会飞了。”大木博士表现出极大的好奇心。
“大木博士，很高兴见到你。”而小建则是激动有点不会说话了。
“哦，小建啊，很高兴和你见面。”大木博士也是对小建有印象的。
“博士收藏的精灵球好多啊。”而后小建就看到了一旁满满架子的精灵球。
“这些都是从真新镇出发去旅行的训练家所寄放的，好了带你们参观参观吧。”然后大家就一起进了大木博士研究所的后院，大木博士研究所的后院可是异常大的，毕竟只有这样才能包括适合所有宝可梦生活的地方。
“啊，怎么了，地震了吗？”到了后院不久，地面突然开始震动了起来，小霞立刻问道。
“那些是……。”小建这时发现是远方跑过来的大量的宝可梦引起的震动。
“那些都是我的宝可梦。”小智则是十分高兴，“大家也出来吧。”随后小智放出了携带的吉利蛋、大钻角犀兽和拉普拉斯。
“大家过的还好吗？”小智高兴的跑上去和所有的宝可梦打招呼。
“小智的宝可梦好多啊。”小建看着小智和宝可梦们说道，“那是……？”小建指着其中的一些宝可梦问道。
“哦，那是刺龙王和多边兽Ⅱ，都是关都没有的宝可梦哦。”大木博士走过来介绍说，而且颇为自豪。
“原来小智有两只哈克龙啊，好厉害啊。”小建随后又看到了哈克龙，“那是……。”小建又再次被惊到了。
“是化石翼龙，是已经灭绝的化石宝可梦。”这次是小刚介绍说。
“小智的那条大岩蛇好大啊。”小建接着看到了和大暴鲤龙比肩的大大岩蛇。
“是啊。”小霞也很自豪。
“这是宝可梦和训练家的友好相处，一定要画下了。”小建随后拿出画板，然后就开始画小智和小智的宝可梦们。
“啊。”就在小建认真的画画的时候，大木博士走到了身旁，小建看到大木博士后有点紧张。
“你画的不错。”大木博士则是称赞。
“我有些报告，想请博士看看，大木博士，无论如何，你一定要看那些报告啊。”小建对大木博士说道。
“当然可以，我很乐意的。”
“以后会有很多的时间的，小建，也不用急在这一时。”小智和宝可梦们交流完感情后走了过来。
“是啊。”小刚也随后说道。
“说的也对，你可以住在这里哦。”大木博士也对小建发出邀请。
“真的吗？这真是太好了！”小建高兴的都要飞起来了。
“对了，小智，我想让我的海刺龙进化成刺龙王，看到你的刺龙王，我觉得好帅啊。”这时小霞对小智说道。
“那正好，我的钻角犀兽也需要进化。”小智也对小霞说道，“我们去连接交换机器那里吧。”小智说完就和大家一起去到了机器所在的地方。
“出来吧，钻角犀兽。”小智把大钻角犀兽放了出来，“小霞，把海刺龙也放出来吧。”
“好，海刺龙，出来吧。”小霞也派出了海刺龙。
小智拿出护具给钻角犀兽携带，又给海刺龙携带了龙之鳞片，随后收回了他们，把精灵球放到了机器上，按了按钮后，两只精灵球就完成了连接交换。
“小霞，这是你的精灵球。”小智拿起了两只精灵球，并把装着海刺龙的精灵球递给了小霞。
“出来吧，海刺龙。”小霞高兴的把海刺龙放了出来，然后海刺龙就开始发出白光，进化成了刺龙王，“刺龙王，太好了。”小霞兴奋地抱着刺龙王。
“钻角犀兽，你也出来吧。”小智这边也放出了连接交换了的钻角犀兽，也顺利的进化成了超甲狂犀。
“啊，又是关都没有的宝可梦。”大木博士看到超甲狂犀后兴奋的说道，他又有了研究的对象和数据。
“怎么回事？”就在这时地面又开始晃动了起来，小建问道。
“你们快看外面。”小刚指着窗户，然后大家就看到了研究所被帐篷包围了起来。
“这里到底发生什么事了？”出了屋子后，大木博士不解的说道。
“哈哈哈哈，…………（火箭队经典台词）。”
“火箭队，你们好啊。”小智友好的打招呼。
“哇，太怀念他们那套登场台词了。”小刚感慨的留下了泪。
“研究所的所有宝可梦我们都要带走了（喵）。”武藏和喵喵同时说道。
“你们刚好可以和我刚进化的宝可梦打一架，超甲狂犀，决定是你了。”小智派出了刚进化的大超甲狂犀。
“好，我也来，去吧，蚊香君。”小霞也想参战，“可达鸭，我不是叫你了。”可达鸭又自己登场了，小霞无奈，“那就你去吧。”
“大舌头，你上吧。”武藏派出了大舌头。
“去吧，大食花。”小次郎也派出了大食花，“啊，不是我，不是我。”小次郎又被大食花给吃了。
“大舌头，给我舔倒它。”武藏指着超甲狂犀说道。
“超甲狂犀，岩石封锁。”小智则是让超甲狂犀使用了岩石封锁，大量的岩石向大舌头砸了过去，大舌头的舌头也被挡了下来。
“大食花给我去咬它。”小次郎这边也下令攻击可达鸭。
“快出来了，快出来了。”小霞看着大食花咬着可达鸭的头，而可达鸭开始出现头痛的表情，“可达鸭，使用念力。”小霞对可达鸭下令说，而可达鸭闭上了眼睛后，突然睁了开来，并且发出蓝色的光芒，大食花不能动了。
“可达鸭，丢飞它。”小霞继续对可达鸭下令说，然后大食花就被扔飞了出去。
“可达鸭，你还是可以的嘛。”小霞看到大食花飞走后，走过去高兴的抱着恢复的可达鸭，可是可达鸭只是歪着头。
“超甲狂犀，使用尖石攻击。”而小智这边也对超甲狂犀下令攻击了，被封住的大舌头被尖石攻击打飞了。
“今天的战斗不止有宝可梦还有秘密武器啊喵。”这时喵喵说道。
“说的对，去吧，去吧。”武藏和小次郎拿出了好多的圆环向小智他们这边扔了过来。
“大比鸟，使用龙卷风。”而小智当然知道这些圆环肯定不是什么好东西的，所以对着在外面的大大比鸟喊道，大大比鸟的一个龙卷风就把圆环都吹跑了，而火箭队也没有幸免，乘着龙卷风飞走了，“好讨厌的感觉啊。”
“大家都没事吧。”火箭队飞走后，小智问道。
“没事。”
“小智，你还是这么的厉害啊。”就在这时一个穿着遮住脸和身体的斗篷的男生带着一只尼多后出现了。
“你是……。”小刚好奇的问。
“小茂。”男生把斗篷甩掉后，小霞认出来居然是小茂。
“这只尼多后的发育状态很好耶。”而小建则是跑过去观察尼多后了。
“那是因为小茂在这段时间内进行了很多的特训，并且很用心的培养宝可梦啊。”大木博士解释说。
“小智，我一直以赶超你为目标而努力的训练着，现在我要向你挑战。”这时小茂对着小智说道。
“那好吧。”小智答应了比赛，“我的宝可梦是大比鸟。”小智派出了大大比鸟。
“原来如此啊，是一只巨大的大比鸟啊，去吧，我的好搭档。”小茂派出的是伊布。
“比比鸟，使用羽毛舞。”小智还是使用了现在关都的训练家不知道的羽毛舞绝招。
“这是……。”看来小茂也不懂，目前阶段的他虽然比关都的时候沉稳多了，但是知识还是不够的，“伊布，使用反射壁。”他以为这是攻击绝招，所以就让伊布使用了反射壁，不过很显然没有用。
“羽毛舞不是攻击绝招，反射壁是没有用的。”小智解释说，“大比鸟，使用飞沙脚。”小智继续使用辅助技能。
“伊布，使用影子分身。”而小茂则是让伊布使用了影子分身，飞沙脚只是攻击到了一个影子。
“大比鸟，使用龙卷风。”这个时候当时是使用大范围攻击全体了，巨大的龙卷风把所有的伊布都卷了进去，影子都消失了，真的伊布被甩了出去。
“伊布，加油啊，使用猛撞。”小茂继续下令说。
“大比鸟，使用高速移动躲开。”看着向这边冲过来的伊布，比比鸟很迅速的躲开了伊布的攻击。
“大比鸟，使用龙卷风。”伊布娇小的身躯怎么可能躲开大大比鸟使用的巨大龙卷风呢，又被击中了。
“伊布，不能输，使用火箭头锤。”小茂看起来要一招定胜负了，不过现在伊布真的可以看出等级还是比较低的，技能也都很普通。
“大比鸟，使用龙卷风。”而小智的大比鸟继续使用龙卷风攻击，伊布这次撞进了龙卷风里面，被转的昏了过去。
“伊布无法战斗，大比鸟获胜，这场比赛是小智获胜。”临时充当裁判的小刚宣布了结果。
“伊布，回来吧。”小茂收回了伊布，“没想到，我修行了这么久还是没有打赢你，不过我是不会放弃的，下次我会更强，来打败你的。”小茂说完就离开了。
在告别了大木博士后，小智、小霞和小刚就向小智的家走去，而小建则是留在了研究所，小智的橘子群岛旅行结束了，接下来是一段时间的休息，小智的下一个联盟将会很快的进行。
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