很久以前，人类方面的学者提出了建立虚拟世界的假设。在一次偶然的机会下，他们发现了量子之海，以及量子之海后面存在的数码世界。（01的时空里数码世界是人类发现的而不是创造的，这也能解释为什么01里面现实世界那么大骚动日本ZF却什么都不知情。而虚拟世界理论是在发现数码世界之前提出来的一种被认为是荒诞的假设，这是为了解释为何第二部里面火田浩树和及川明明没有去过数码世界却那么向往数码世界。而太一他们一开始进入数码世界时走的那条瀑布，就设定为量子之海。）
然而，仅仅是发现虚拟世界的存在，还无法满足学者们的欲望。编辑代码试图找到这个世界的中枢。但是程序没有处理好，形成了会破坏虚拟世界的病毒。但这也导致，一个机会出现了。
有一天，以大门英为首的一群异世界人与他们取得了联络，告知了他们数码世界的事情，并希望他们能中止程序的应用。
在与异世界人的交流中，人类方面的科学家找到了与数个平行世界相连的通道——贯穿连结这数个世界的是一株巨大的梣树。它萌生于“过去”，繁茂于“现在”，延伸到无限的“未来”。（换句话就是量子之海连接数个虚拟世界，而每个虚拟世界又连接另一个现实世界）
然而，01时空的科学家也因此产生了分歧。一部分支持着大门英的想法，一部分则是想要获得神树的力量，最后选择了与仓田明宏的合作。（并不写第五部剧情，只引用第五部部分设定）
另一边，世界树被大门英说服，认为数码兽与人类共存能创造更多的可能。同时为了解决掉数码世界数据膨胀的现象，它将数码兽分散到了各个虚拟世界并创建了守护这些世界的队伍——皇家骑士团。然而，01的时空因为科学家的分歧导致自家的虚拟世界出现混乱而被废弃，成为了里世界。
但是，另一部分渴望获取神树力量的科学家们，联同几个平行世界的人让当初的病毒成形——‘理想乡’——阿卡迪兽，引发了世界树、皇家骑士团与超究极体的圣战。大战中人类偷袭摘下了神树千年结果一次的果实，并将其用来后面的研究。枝干则是后来被巴古拉兽捡走。
圣战以阿卡迪兽的倒下结束，但由于人类对世界树的偷袭，导致世界树一方并没有消灭掉阿卡迪兽的核心。扩散开来的病毒引发了进一步的混乱。
果实的失去引发了世界树的暴走，囚禁了大门英后，出现了将病毒——X程序扩散到各个虚拟世界的错误指令‘方舟计划’。（果实被拿，神树暴走，是不是觉得这剧情眼熟？我火影看多了，不然男主角怎么会叫辉夜（姬）呢）原本旨意是想引发虚拟世界与现实世界的碰撞。世界树一分为二，‘破坏’的一面占据一大半并与启示录兽融合，后被奥米加兽打飞进了里世界并被防火墙隔离，‘良知’的一面化身成了新神‘伊利亚斯’。
在暴走之前，世界树以防万一改写了大门英一派的人类科学家意识留作后手——恒常性。圣战造成的扭曲现象导致人类世界与数码世界的重合——光丘事件，在这里恒常性看到了人类的力量，也选召了第一任被选召的孩子以及黄龙兽，最初的神圣计划也被成为最初之作。。
方舟计划中，皇家骑士团出现纷争并且覆灭，却也出现了新的生命体——能与病毒抗争的X抗体。
人类科学家在拿到神树果实后，又破解了能打败病毒的X抗体，以此制造出了三分能掌控所有平行世界的力之碎片：能预测未来的【终端获取之力】，能取回过去时间的【开端获取之力】以及将短时间内现实与梦境对调的【极端获取之力】（嘛，就是强化版的伊邪那岐）。
之后就是已知剧情了。
人类想为神子制造七只数码兽作为手下，结果被一心想保护数码世界的伊利亚斯黑了电脑，七大魔王暴走。
六翅兽掌控了暴走的能量并打败了被病毒控制的黄龙兽，在那段时间带来短暂的和平。之后收到巴鲁巴兽的影响得知真相后黑化却与十斗士同归。几年后，另一个组织渐渐崛起——听命于伊利亚斯的奥林匹斯十二神。利用世界树的枝干穿越到平行世界的巴古拉兽，认定伊利亚斯就是世界树的转世，重振旗鼓回来与其率领的奥林匹斯十二神开战。
黑暗四天王想趁机侵略数码世界获取负向数据加强启示录兽的能量，遭遇到了恒常性的阻拦。恒常性破解了部分X抗体后解除了黄龙兽的控制，但却使其力量大损以至于分解后输给了黑暗四天王。
简而言之就是，01数码世界是主时空，其余为次时空或者支线，里世界——黑暗之海为废弃世界。而启示录兽将穿越到平行世界的资料大部分都带到了黑暗之海。圣战当中引发的扭曲，也让不少平行世界的岛屿发生了错位。以上为剧情背景。
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