成功保护下海之神殿的小智带着玛纳霏回到了故乡真新镇。
“这就是我的故乡哦，玛纳霏。”小智看着怀里的玛纳霏指着山脚下的城市道。
“纳~霏”玛纳霏看着城市叫了声。（这就是妈妈的故乡啊！）
“好了，快点回去吧，这么久没有回来了，研究所还不知道怎么样了。小智等会带着玛纳霏到研究所来一下。”大木博士说完就带着小茂和芽衣赶往研究所了。
“我们也回家吧。”小智抱着怀里的玛纳霏往山下房间跑去。
小智在回到家换了身衣服就抱着玛纳霏和瑟蕾娜来到了大木研究所。
“小智，你总算来了。”大木博士打开大门，一把夺过小智怀里的玛纳霏就往研究室跑。
“玛纳霏！”这时赶过来帮忙的莉安与桑兰看着大木博士怀里的神奇惊讶道，虽然之前是被咲儿强制安排到研究所帮忙，但是随着时间的推移，两人也是越来越喜欢这种工作起来，至少比当怪盗时候开心百倍，而且在研究所也见到了各自各样的神奇宝贝，但是幻之神奇宝贝这个世界上连看到的人都没有几个，没想到小智竟然会遇到，而且还带了回来。
“纳~霏”玛纳霏一进入仪器就一边不停的敲打仪器表面玻璃，一边放声大哭起来。
“小智！”大木博士只能无奈的转身看了小智一眼，小智立马将手放在仪器玻璃上，一阵波导传送进去后，玛纳霏终于安静下来。
看到玛纳霏安静下来后，大木博士飞快的在仪器上操作起来，一边对着桑兰报出各种数据，莉安连忙在本子上面记了下来，一切完成之后，玛纳霏也被重新释放出来，立马跳入小智怀里撒娇起来。
“成功了，小智你带着玛纳霏跟我进来吧。”大木博士将仪器关闭，转身带着小智向房间里走去。
众人来到一处完全封闭的实验室之中，大木博士经过巩膜与指纹的几重认证终于打开了大门，里面俨然是仿造奥多马雷庄园设计的，拉帝欧斯与拉帝亚斯立马从空中飞了下来化作小茂与卡侬。
“拉帝亚斯与拉帝欧斯。”芽衣看着化成人形的两只神奇宝贝惊讶道。
“这个是你们新收服的神奇宝贝吗？”卡侬（拉帝亚斯）看着小智怀里的玛纳霏道。
“不是…”小智将玛纳霏的事情从头到尾说了一遍。
“这么说，你已经得到海洋的认可了。”小茂（拉帝欧斯）激动的看着小智道。
“可以这么说吧。”小智对着旁边的水潭一挥手，一道水柱从水潭中吸附至小智手上形成一颗悬浮的水珠，小智再将水珠还了回去。
“这的确是大海的力量。”小茂（拉帝欧斯）闭上眼睛感觉了一下，睁开眼睛激动道。
“什么大海的力量啊。”卡侬（拉帝亚斯）和瑟蕾娜聊天的时候，听到‘大海力量’时疑惑的看着小智道，不知为何，心里有一种和小智亲近的感觉。
“大海的力量可以让水系神奇宝贝对自己更加亲近，因为这就是‘他’的力量”小茂（拉帝欧斯）对着妹妹解释道。
“原来是这样。”明白心里的感觉之后，卡侬继续和瑟蕾娜交谈起来。
“好了，想要聊天的话下次吧，小智，这里就是玛纳霏的新家了感觉怎么样。”大木博士打断几人道。
“这里啊，玛纳霏觉得怎样。”小智看了这里的环境非常满意，但还是想要听听玛纳霏的意见。
“纳~霏”玛纳霏在怀里看着小智道。（那妈妈了。）
“我要继续旅行，不能带着你了，不过这里是我的故乡，不管旅行到任何地方，我都会再次回来看你的。”小智对着怀里的玛纳霏道。
“纳~霏”玛纳霏只好失望的答应下来，毕竟比起海之神殿的永不再见，在这里还可以和小智继续在一起。
“噗嗤~妈妈，小智你是玛纳霏的妈妈吗？哈哈…”但卡侬（拉帝亚斯）明显听懂了玛纳霏的话，指着小智和玛纳霏哈哈大笑起来。
“这…”小智立刻满脸通红起来，玛纳霏一直不肯改掉对小智的称谓，其他人又听不懂玛纳霏的话语，小智也就没有继续理会了，没想到在这里却被拉帝亚斯暴露出来。
众人想到玛纳霏对小智的亲近程度，又想想玛纳霏对小智的称谓，一个个想笑又憋住不笑，满脸都被憋的通红。
“想笑就笑吧。”小智悲愤的看着众人道。
“没事的，小智，玛纳霏毕竟才刚刚出生，等他长大一点明白过来的时候，会改过来的。”瑟蕾娜安慰小智道。
“希望如此吧。”小智看着怀里的玛纳霏道。
“纳~霏”玛纳霏看着奇怪的众人不解对小智叫道。（妈妈，他们怎么了。）小智突然觉得想要玛纳霏改变称谓会很难。
小智将玛纳霏留着研究所后，被大木博士带到了客厅，桑兰与莉安继续调查神奇宝贝去了。
“小智，接下来你有什么打算。”大木博士给每个人上了一杯红茶对着小智询问道。
“不知道。小茂你了。”小智拿起红茶喝了一口，转身看着小茂道。
“我…我准备继续前往神奥地区开始我研究学者之路呢。”小茂看了大木博士一眼道。
“啊，你不考虑我的建议吗？”这时芽衣却对着小茂道。
“我说过，我对于神奇宝贝保育家没有任何兴趣。”小茂却不客气的对着芽衣道。
“不要这么坚定的拒绝吗？神奇宝贝保育家也是一份非常了不起的工作了，而且小茂你也很有天分，这是组织交托给我的任务，你就帮帮我吧！大不了你可以做个自由人，不接受他们的调配嘛！对了，小智你也来这么样。”芽衣却不死心的继续劝说，顺便还想把小智拖下水。
“不要再说了，如果你还执意这样的话，我只好请你离开了。”小茂却丝毫不为所动。
“好吧，反正我有的是时间，我们慢慢耗吧。”芽衣小声嘀咕道。
“神奥地区啊，哪里有什么神奇宝贝吗？”小智却被小茂提起了兴趣。
“神奥地区啊，那里确实有我们关都所没有的神奇宝贝，小智你想去神奥地区旅行吗？”大木博士看着小智道。
“恩，新的地区就有新的冒险，我已经迫不及待了。”小智激动道。
“好了，爷爷，我现在也要回去了，那边还有很多事情要我处理，我今天就走。”小茂放下手里的红茶站起来道。
“这么急，不在家里住个两三天吗？”大木博士惊讶的看着小茂道。
“没办法，我也是抽出时间过来的，再不回去的话就说不过去。”小茂无奈道。
“这样啊，那我就期待你下一次送过来的报告了，你要多多保重啊。”大木博士看着小茂道。
“小智，我们神奥地区再见了，到时候我会让你大吃一惊的。”小茂说完转身就离开了。
“等等我啊。小茂！”芽衣也连忙跟了上去。
“大木博士，我也决定要去神奥地区继续旅行了。”看着小茂的背影，小智也站起来坚定道。
“这样啊，好吧，那今天你就好好休息一下，明天我会去替你送行的。”大木博士看着小智点了点头。
第二天一早，小智穿上妈妈新做好的衣服也是重新准备出发了。
庭院里，小智和瑟蕾娜还在等待着大木博士。
“呼呼~总算赶上了，研究所里的事情太多了，好不容易才抽出点时间。”大木博士带着玛纳霏跑进庭院道。
“玛纳霏，在研究所可要乖一点哦。”小智抚摸着玛纳霏道。
“纳~霏”玛纳霏点头叫道。
“大木博士，玛纳霏就拜托你了。”小智看着大木博士道。
“恩，抵达神奥地区以后，你可以去找住在真砂镇的山梨博士，他是我的前辈，也是研究神奇宝贝进化领域的专家，还有这个！我已经将图鉴升级了，里面拥有了各种各样的神奥地区神奇宝贝，好了，旅行也要继续加油了。”大木博士将两份图鉴交给小智和瑟蕾娜道。
“好的，我知道了，喷火龙，我们走。”小智两人接过图鉴和瑟蕾娜一起坐上喷火龙往神奥地方飞去。
“小智他们又走掉了。”大木博士看着飞远的喷火龙嘀咕道。
“喂，你儿子又把我女儿拐跑了。”咲儿看着旁边的花子不满道。
“这也是没有办法啊，毕竟他们还有寻找剩下的…”花子看着远方的天空呢喃道。
经过几天的旅行小智两人终于成功的抵达神奥地区真砂镇。
“哇，总算到了，我们先看看有什么地方可以吃饭的吧。”抵达新地区后，小智收回喷火龙首先关注的就是自己的肚子。
“皮—卡”皮卡丘无奈的扶额道。
“我们去那边吃点东西吧。”瑟蕾娜指着不远处的拉面馆。
“好的，要走了，皮卡丘。”小智连忙呼唤皮卡丘跑了过去。
拉面馆里，两人点了两份拉面刚准备开动时，一名少女打开拉面大门大喊道：“你好，请给我神奇宝贝。”
小智诧异的看着少女，还是第一次遇到有人在拉面馆索要神奇宝贝的。
“你是要一份神奇宝贝吗？”店员懵逼的看着少女，还在想神奇宝贝要怎么做，少女马上关闭大门骑着脚踏车离开了。
“吸~溜，奇怪的家伙。”小智将拉面吸进嘴里咕喃道。
“估计是新手训练家吧，看样子是找错地方了。”瑟蕾娜道。
“不管了，吃完东西就要去找山梨博士了。”小智端起碗将拉面汤也全部喝下。
瑟蕾娜也随意的吃了点，两人就结账离开了。
两人来到研究所，却发现山梨研究所里一片混乱，研究资料散落一地，4个研究员不断的对一名穿着风衣的大叔鞠躬着，之前拉面馆遇到的那名少女也在其中。
“这里发生什么事了。”小智连忙走上前询问道。
“你们是？”大叔转身看着小智两人道。
“我们是来自真新镇的神奇宝贝训练家，您就是山梨博士吧。是大木博士要我们找您的。”瑟蕾娜走上前回答道。
“原来是这样。”山梨博士点头道。
“这里到底发生什么事了。”小智再次询问道。
“临时出现了一点状况，准备交给新人的小火焰猴和波加曼跑到后面的森林里去了，同时还有在进化研究中的姆克儿与姆克鹰也一起跑到外面去了。”研究员对着两人解释道。
“那个…让我去找他们吧。”少女对着山梨博士道。
“你想帮忙。”山梨博士看着少女道。
“是，毕竟他们是有可能成为我同伴的神奇宝贝啊。”少女看着博士道。
“这…”山梨博士看着少女为难道。
“小智！”瑟蕾娜看了少女一眼转身对小智道。
“不介意的话，可以让我们一起帮忙吗？”小智走上前对着山梨博士道。
“这样啊，那就不好意思麻烦你们了。”山梨博士看着小智两人道。
森林之中。
“原来你叫小光啊，我叫瑟蕾娜，这是你是第一次出来旅行吗？”瑟蕾娜很快与小光打成一片，询问道。
“没错哦，我希望成为像我妈妈那样的协调训练家。”小光点头道。
“这么说的话，那就是瑟蕾娜的劲敌了哦。”小智看着两人笑道。
“原来瑟蕾娜已经获得两座缎带奖杯了啊，好了不起哦。”小光羡慕的看着瑟蕾娜道。
“没什么啊。”瑟蕾娜看了小智一眼摇了摇头道。
这时小火焰猴从树丛钻出来，波加曼也紧跟着从草丛中跳出来对着小火焰猴发动攻击，小火焰猴在树丛中荡漾着躲开。
“小火焰猴和波加曼，波加曼，快住手。”小光看着两只神奇宝贝互相攻击，准备阻拦道。
“波~加”波加曼却气愤的转身对着小光发动攻击，小光好不容易跳跃着闪避开，波加曼转身继续追赶小火焰猴而去。
“等一下，你们两个。”小光连忙跟了上去，小智和瑟蕾娜也紧跟其后。
但是转眼之间，三人就跟丢了。
“小智。”瑟蕾娜转身对小智道。
“恩…这边。”小智闭上眼睛感知到波加曼的波导之后，调转方向奔跑起来。瑟蕾娜与小光跟在小智身后。
这时远处传来波加曼的悲呼声，三人赶到一看发现波加曼被蛛丝缠绕在空中动弹不得，蛛网旁边还有几只神奇宝贝也被蛛丝网缠绕动弹不得，这时几只阿利多斯爬了出来看着底下三人愤怒的使出泥浆攻击，三人连忙跳跃避开，但是阿利多斯不依不饶的围绕在众人身边不断攻击者。
“拜托你了，大岩蛇，使用沙暴。”小智抛出大岩蛇的神奇宝贝球，白光闪过，大岩蛇仰天大吼一声，阿利多斯纷纷被沙暴打落地面。
“炎耳狐，使用火花。”瑟蕾娜趁机对怀里的炎耳狐命令道。
“仸~库”炎耳狐张口喷射碎火花烧断蛛丝，波加曼掉落下来，被小光轻松接住了。
而这时掉落的阿利多斯纷纷再次爬起来对着众人发动了攻击，而波加曼却直接从小光怀里跳出来全身带着白色光芒将阿利多斯的绝招全都接了下来。
“这个是忍耐！”这只波加曼竟然会使用忍耐，小智看着挡在前面的波加曼惊讶道。
“波~加”随着波加曼的怒吼，一道白色的光柱打向了阿利多斯群，阿利多斯们就这样被光柱打飞了。
“好厉害的绝招啊。”小光激动的看着波加曼道。
“波~加”波加曼也疲惫的倒了下来，瑟蕾娜连忙帮波加曼治疗起来，一会之后，波加曼再次恢复活力了。
“波加曼，你不是追赶小火焰猴的吗？为什么会被阿利多斯抓住了。”小光再次抱起波加曼询问道。
“波~加，波~加。”波加曼听到小火焰猴，又开始气愤的叫了起来，同时波加曼的肚子也跟在一起叫了声。（都怪那只小火焰猴抢走了我的食物，要不然…）
“这样啊，我这里还有一点小精灵食物，要是不介意的话，你就吃了吧。”小光打开背包拿出神奇宝贝食物喂给波加曼道。
“现在只要找到小火焰猴就可以了。”瑟蕾娜看着小光和波加曼其乐融融的样子道。
“姆~”这时一只姆克鹰抓着小火焰猴带着姆克儿往研究所飞去，小火焰猴还不好意思的看了下面的波加曼一眼。
“看样子，事情完美解决了，我们也回研究所去吧。”小智收回大岩蛇对着两人道。
研究所。
“虽然发生了一些意外状况，但是今天是你出发的日子，你想好要携带的初始神奇宝贝了吗？”山梨博士带着三只初始神奇宝贝看着小光道。
“我已经决定好了，我要波加曼。”小光蹲下抱起波加曼开心笑道。
“好的，那么这个是神奇宝贝球与神奇宝贝图鉴，为了你的梦想出发吧。”山梨博士拿出六个神奇宝贝球和一本神奇宝贝图鉴对着小光道。
“恩，我会的，波加曼，以后要请你多多指教了。”小光将波加曼收回神奇宝贝球开心道。
“那么我就先走了，希望可以在旅途中再次遇见你们。”小光背上挎包骑上脚踏车离开了。
“小智，神奥地区的联盟比赛已经开始了，如果你想要参加的话，可以去附近的神奇宝贝中心登记哦，距离这里最近的是钢铁市的钢铁道馆哦。”山梨博士转身对小智道。
“神奥联盟啊，我一定会参加的。”小智激动道。
“神奥地区也有华丽大赛哦，瑟蕾娜想要参加的话可要早点报名哦。”山梨博士继续对瑟蕾娜道。
“华丽大赛是吗？我明白了。”瑟蕾娜点了点头道。
“那我就在这里祝你们一路顺风了。”山梨博士看着两人道。
“恩，知道了，那就再见了。”小智和瑟蕾娜两人也转身离开了山梨研究所。
就这样，小智和瑟蕾娜来到了新地区——神奥，面对新的挑战，小智和瑟蕾娜究竟能否获得成功了，让我们拭目以待吧！
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