阴差阳错，小杰来到了一个奇妙的世界，他一醒来就遇到一个自称他母亲的女人，并且得知……第二天他就可以领到第一只神奇宝贝了！旅行，即将展开……
小杰，起床了，今天是你领神奇宝贝的日子啊！”小杰睁开眼，发现一个女人在叫他。“妈妈……”小杰不由自主地叫了这两个字，据她所说她是小杰的母亲。
“好了好了，你看都几点了，你想不想领到神奇宝贝啊？”高美丽(也就是小杰的母亲）半开心半生气地说。“糟了！”小杰一看表，十点了，果然熬夜是不好的习惯啊！别和小智一样弄个叛逆神奇宝贝，否则那可就伤不起了。小杰换好衣服就出去了。到了研究所，小杰发现柳木博士已经在等他了。“对不起，我又迟到了！”小杰抱歉地说。得，看起来又要重蹈小智的覆辙了……
博士生气地说:“怎么这么重要的日子你也会迟到！算了，你自己看看吧。”博士一指，小杰呆了，神奇宝贝球全部被领走了，博士解释说:“本来今天只有三个新人的所以我只准备了三只神奇宝贝，没想到突然加入一个由于疏忽被遗漏掉的孩子，所以就少了一只。”真是的，这是什么神棍剧情，怎么运气总是这么好！而且，为什么神奇宝贝的日本世界大家都说中文？好吧，任天堂的汉化工作做得不错啊。
小杰当然非常沮丧，失望之余发现有一个神奇宝贝球放在高处，便问：“博士，那只神奇宝贝可以给我吗？博士惊愕地说：“你确定要那只？”小杰问：“对呀，怎么了。”博士摇头说：“那一只神奇宝贝也有许多新人感兴趣，但是它太凶狠孤傲了，所以新人们都放弃了……罢了，反正也没有多余的神奇宝贝了，你先把它叫出来吧，看你能不能驯服它。”
神奇宝贝球一抛出场的是一只黑目鳄（生面孔，黑白精灵，编号551属性地加恶，特性威吓和自信过剩。自信过剩特效:每打败对手一只精灵攻击升一级，这便是自信过剩特性）他戴着一个墨镜，这不就是动画片里面那个和跟屁虫一样对小智穷追不舍的黑目鳄头领吗！小杰发现自己并没有料想的那么害怕，看来他对神奇宝贝的喜爱已经超过了恐惧。
小杰对黑目鳄说：“黑目鳄，做我的伙伴吧。”说着去抱它，被它一个冲击撞飞。黑目鳄头偏向后院，博士解释：“每个想要带走它的训练家必须去后院与它对战，只有胜利了才能使它心甘情愿地跟随。”小杰为难地说：“我只是一个普通人而已，又不会什么技能，怎么可能打败神奇宝贝呢？”
黑目鳄一扭头，转过去了。博士解释说：“这个动作表示胆小可以离开，黑目鳄不会承认你为它的训练师的。”小杰被这么一激斗志彻底被激发了，也不顾实力悬殊就贸然同意了：“好，我接受它的挑战！”
后院，小杰被打的灰头土脸狼狈不堪……黑目鳄想用咬咬给小杰来个最后一击，没想到用力过猛一甩头墨镜飞池塘里了。黑目鳄开始手足慌乱，小杰知道，这一只特殊的黑目鳄没有墨镜是绝对不行的，会变得很懦弱，黑目鳄又是地系，不敢下水去打捞墨镜，这怎么行，小杰最见不得神奇宝贝受苦了！为了救黑目鳄小杰奋不顾身立刻跳入池塘，潜到池塘底捡起墨镜然后浮到水面扔给黑目鳄，正好扔中目标位置，然后小杰想到一件很重要的事——他自己也不会游泳！小杰挣扎了几下，沉到池塘底了……此时黑目鳄乱叫了几声，意义不明，然后跑掉了。
小杰再醒来时，发现自己躺在病床上，边上是博士和黑目鳄。博士说：“真是的，不会游泳别逞强呀，这么浅的池子你也能淹着。还好黑目鳄及时提醒我，否则你就可能成为我后院池塘的冤鬼了！”
小杰笑着说：“黑目鳄，谢谢你救了我。怎么样，愿意成为我的伙伴吗陪我一起旅行吗？”黑目鳄立刻跳入小杰怀中，小杰大喊：“我收服黒目鳄啦！”博士也鼓掌说:“嗯，看来你已经用你的人格魅力征服黑目鳄了呢。”
次日，小杰康复出院了，开始了他的冒险，临走时博士给了他神奇宝贝球、神奇宝贝图鉴、洛奇地区地图和足量神奇宝贝食物。
小杰已经走到了镇口，他回头看了看这个优美的小镇说：“再见了，红月镇。（小杰出发地的名字）”虽然小杰只是在这里生活了几天，却不知不觉对这个地方有了特殊的情感。
小杰拿出地图查了一下，最近的道馆所在城市是三色市，离这里非常近。第二天小杰起了个大早，他要在成为神奇宝贝大师成功之路上迈出第一步——收服精灵增强战斗力！小杰到处看了看，到处都是小拉达，波波，绿毛虫什么的，小杰全都看不上眼，扫兴。
他无聊地寻找目标，只注意眼前却没注意脚下，被一个东西绊倒了。
小杰大叫：“讨厌！”然后发现这居然是一只呆呆兽！很好，就是它了。“黑目鳄，就决定是你了！”黑目鳄帅气登场。“黑目鳄，咬咬！”小杰下令。
黑目鳄咬住了呆呆兽，呆呆兽虽然天性有些呆，但见到有敌人攻击也意识到了什么了，立刻甩开对手。“黑目鳄，飞沙脚！”（关于小杰怎么知道黑目鳄拥有的技能，这很简单，图鉴可以随时查询）小杰下令。呆呆兽眼睛被迷住了。“就是现在，黑目鳄，冲击！”小杰倒是还有模有样地当训练师，看不出来他还是一个羞涩手生的新人训练家。冲击命中，呆呆兽确定了黑目鳄的方位，使用水枪击中黑目鳄。
“黑目鳄，不要紧吧？”小杰紧张地问。黑目鳄甩甩头表示没事。“那好，黑目鳄，泥巴射击！”（威力55，地系，对方速度必下降一级）这是目前黑目鳄最厉害的一招，呆呆兽用水枪抵
挡，没挡住被击中了。
“去吧，神奇宝贝球！”小杰甩出神奇宝贝球，神奇宝贝球不偏不倚砸中了呆呆兽，看来以前玩丢沙包手感还在能精确命中，呆呆兽化为一道红光被收入球中，摇了几下红光便消失了。小杰捡起神奇宝贝球说：“我收服呆呆兽了！”
激战过后小杰肚子开始叫了，昨天晚上没吃东西，自己也不会煮，黑目鳄倒是有神奇宝贝饲料撑着，自己可就惨了。忽然闻到了食物的香味，小杰抓到了救命稻草，跟着味道走过去，发现一个小女孩与一只小达摩对战，（又是一个生面孔，同样是黑白版
的，编号554，火系，特性紧张，攻击上升命中下降，顺便提一下，进化以后成火狒狒有两种形态，活跃状态火系加格斗系，高僧状态，火加超能系。）边上是一锅的浓汤，很明显小达摩是来抢食的。女孩子用的是叶藤蛇，（仍然是黑白版的，草系主角，编号495，特性是大家都知道的茂盛）看来也是新人训练家。叶藤蛇的藤鞭、冲击全被小达摩避开，而小达摩一个火焰牙叶藤蛇就倒下了，果然属性问题还是有很大影响的。
小达摩准备去吃那锅食物，小杰心想：这下是和我抢东西吃么？我可要活命的！于是叫道：“出来黑目鳄，沙地狱！”
黒目鳄用沙地狱，又被小达摩闪开了，小达摩速度还不错。小达摩用火花，小杰下令：“黑目鳄，泥巴射击！”
呆呆兽的水枪挡不住这招，小达摩的火花居然与之持平！小达摩的攻击力也很厉害，看来硬打果然不行。小杰心生一计：“黑目鳄，向地面发射泥巴射击！”反冲力使黑目鳄飞了起来。
“就是现在，电光一闪！”黑目鳄下坠加强了电光一闪的威力，小达摩闪不开，被击中了。
“黑目鳄，泥巴射击！”近距离命中，效果拔群！
小达摩昏倒在地，防御方面有待提高。
“去吧，神奇宝贝球！”神奇宝贝球挣扎了几下便停止晃动，小杰又将小达摩收服了。
小杰没有注意到，站在一旁观战的小姑娘已经看呆了……
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