在一个平凡的城市里，茫茫平房之中，一座一百多层的摩天大厦显得尤其显眼，三个金光大字就摆在楼顶，但是却很少有人能够有幸看得到这三个字，只有过往的飞机才偶尔能够近距离看到这高耸入云的楼顶的三个大字:任天堂。任天堂，孰人不知孰人不晓？这是一个非常厉害的日本大公司，出品了数不胜数的精彩游戏，而其中最为耳熟能详的，莫过于他们的王牌游戏，以神奇宝贝为背景的史诗级游戏:口袋妖怪！
某一天，从表面上看这栋大楼风平浪静，其实内部已经炸开了锅。一个研究员模样的眼睛男嘶声大喊:“沈经理不好了，游戏出现未知错误！”一个肥头大耳的男人缓缓走过来，目光犀利地说:“废物！堂堂名牌大学计算机专业尖子生博士后毕业，居然连这种小问题也解决不了，真是白领我们的工钱！难道查杀病毒这种简单的问题也要我来教你吗！”另一个女研究员说:“不，沈经理我们试过了，杀不掉！”那个男人有些诧异地说:“怎么可能？我们公司可是拥有全世界最先进的安全系统！区区病毒查杀不掉岂不是叫人笑话！”此时又一个干瘦的男人走进来说:“沈经理，你可记得病毒角色？”
沈经理愣了一下，然后迟疑地说:“罗经理，你的意思是说……他们终于动手了？”罗经理点了点头说:“没错，掐指一算的确是半年之期期满了吧？如果真的是他们做的，任何安全系统也拿他们没办法！”沈经理着急地说:“可恶，难道我们这么久以来的心血就要这样功亏一篑了吗！”罗经理很冷静的样子，淡定地说:“我还有一个办法……”
在一间很普通的房子外，几个人带着大包小包，似乎是准备出行的样子，那个年长一些的女人朝着里面喊道:“智杰，我们要去东南亚旅游一个月，这个月就拜托你看家了，厨房里有足够的方便面！”呆在屋子里的孩子不耐烦地说:“好了啦老妈，你已经说了好多遍了！”只见这个孩子双眼清澈如泉透着一股纯真，全身的皮肤并不是很黑但也算不上白，体格偏孱弱。那些人提着行李离开了，那个叫做“智杰”的孩子无力地瘫软在沙发上，或许大家会有疑惑为何他家人都去旅游休闲却留他在家看家？他拿出一沓纸片，这是……期末考卷还有成绩单！上赫然写着:高智杰，语文62，数学71，英语39……总之没有一科是及格的，也难怪为何会被留下看家了。高智杰叹了一口气，他已经十七岁了，但是却还从来没有出去外面见识过世面，就如同一只井底之蛙一般对外面的世界充满了好奇。他之所以不能出去游玩并不是家里没钱，而是老爸老妈非常看重成绩，他们显然对自己的成绩非常不满意，所以从来没有带他出去旅游过，而身为尖子生的姐姐却几乎要逛遍了世界的每一个角落，这样偏心哪个孩子受得了！但是，不管受得了受不了还不是得受着，高智杰只有以叹气来表达自己的愤懑。
高智杰到各个房间走了一圈，父母实在是太苛刻了:电脑上了新的密码锁着令他无法使用，PSP，NDS，3DS，GBA之类的娱乐设施全部都被锁在保险箱里没办法拿出来，叫人如何这样度过无聊的一个月，这暑假就要在练习册中度过了吗！此时高智杰在阳台上看到他的几个死党从门口经过，小杰招呼他们，问他们去哪，他们回答:“嘿，小杰，我们去网吧啦！”小杰心想这样也不失为一种消磨时间的好办法，问:“请问，可以带我一起去吗？”网吧这个地方小杰是憧憬已久，听说所有的成绩差的孩子都去过网吧，自己居然没去过感到自己格格不入，很想去见识见识那里到底是个什么地方，但是进网吧需要身份证，他没有这种东西于是无法进入。那么与他同龄同样没有身份证的孩子是如何进去的呢？他听说只要有人带进去就行了，而此时就有这么个机会。他的好朋友斜眼看着他说:“说了多少次了，你去网吧玩神奇宝贝游戏很丢脸啊，难道你就不怕被人嘲笑幼稚吗？不行！你不怕丢脸我还怕被你丢了我的脸呢！”于是头也不回地走了，任小杰怎么呼喊也不回头。
小杰失落地坐在铺满瓷砖的地板上说说:“我只是喜欢神奇宝贝……这也有错吗？难道大孩子……就不能喜欢神奇宝贝吗！可是我除了神奇宝贝以外也没有爱好了啊！”的确，在小杰三岁的时候他的舅舅就送给他一片神奇宝贝动画片的光盘，小杰那时候就被那些或可爱或凶猛的神奇宝贝深深吸引住了，从此一发不可收拾地迷恋上了神奇宝贝，他不断地追看没看过的每一集神奇宝贝动画片，并且爱屋及乌地喜欢上了口袋妖怪这个游戏。小杰的PSP、NDS之类的娱乐设施里面只有神奇宝贝的游戏，上电脑他也只是玩神奇宝贝的游戏和看神奇宝贝的动画片，几乎没有其它爱好。小杰看了看床头的书柜，还有一大摞书籍，全部都是神奇宝贝图鉴、神奇宝贝游戏攻略以及神奇宝贝漫画之类的有关于神奇宝贝的各方面书籍。小杰拿了一本坐到床头说:“看来这一个月只能拜托你了……”于是认真地看了起来，完全不因为这本书已经被看了很多次而感到厌烦。
家里的大钟已经敲了七下，已经是晚上七点了，小杰居然不知不觉中看了好几个小时。小杰放下书自言自语说:“马上就要八点了，赶紧吃晚饭！”为什么小杰这么注意八点的时间呢？因为每天晚上八点电视上是会有神奇宝贝最新剧情的直播的，小杰作为资深神奇宝贝迷当然不能错过。
小杰经过一番折腾吃完饭看了看时钟，七点五十，还有十分钟。小杰打开电视，果然，还是广告。小杰不敢换台，因为他怕换了台会错过任何一个精彩瞬间，于是耐心等待着。突然一个以前从来没看过的广告映入眼帘。
只见一位知性女郎进行解说:“你是神奇战斗迷吗？神奇宝贝实体作战器，让你进入神奇宝贝世界真正体验神奇宝贝的强大。活动期间免费试用，名额有限快来体验！”根据广告最后的商标注明这是任天堂的广告。
能进入神奇宝贝的世界？这也未免太扯了吧？这年头骗子手段未免太“高明”了，谁会相信……小杰等的神奇宝贝动画片来了但是他却无心去看，真的可以进入神奇宝贝世界吗……小杰经过一番思想斗争决定，明天去看看！反正自己也没什么东西好骗的，基本上不会吃什么亏……
第二天小杰难得地起了个大早到了目的地，场上真是人山人海····天啊，这么多人都想一探究竟吗，那要猴年马月才能轮到自己？小杰正在心里打着小九九，突然一个声音讲他的注意力抓了回来。“大家淡定！”一个漂亮的女主持走出来了，很明显这正是广告上的那个女郎！“大家好我叫刘红玉，现场的主持人。大家的热情高涨啊如此热烈地响应，我们感到很高兴。但是由于人数太多了，而名额有限，所以我们决定举行一场比赛，只有获得冠军的选手才可以获得使用我们的机器进入神奇宝贝世界的权利！
接着便是如火如荼的一场又一场恶战，参赛选手都并非泛泛之辈，对付起来都有些棘手，不过小杰凭着丰富的经验披荆斩棘顺利来到了决赛。“河马王，使用水波动！”随着小杰做出了最后一击，对手的鬼盆栽应声倒地，小杰成功地击败了所有的对手成为全场的冠军！（具体的比赛请期待第两百章的特别篇）场上爆发出热烈的掌声，而加冕冠军的小杰获得了机器的使用权！
小杰雄赳赳气昂昂地按照工作人员的指示走进了一个机器的一个舱内，刘红玉对他说:“接下来就开始运行机器咯，请闭眼放松……待会你就会发现你身处神奇宝贝世界了。”小杰按照她的要求闭上了眼睛，感觉到虽然脚一直没动却有在快速运动的感觉，似乎是脚下的地面在不停滑动。“好了，睁开吧。”小杰听到了这句话也就睁开了眼睛，自己不知何时身处一个隧道之内。前方有亮光，想是出口了。小杰大摇大摆地走向出口，忽然四周一黑，小杰张皇失措之际又重新亮了起来，这中间不过是三秒钟的时间。
“怎么回事？”小杰疑惑地问。“额……不好意思，刚才发生瞬间停电，有一个零件烧坏了……”刘红玉不好意思地说。
“什么零件？”小杰紧张得菊花一紧，自己已经倒霉了一辈子，好不容易交了一次好运不会突然就这样“中奖”了吧。
“真不巧，把你传送回现实世界的零件烧坏了……”
刘红玉很遗憾地说。小杰有些害怕了，说:“赶紧把机器拆开修啊！”
“不行，如果把机器拆开的话……估计你就永远回不来了。”刘红玉说。
“这么说，如果不拆开机器难道还有办法回去？”小杰找到了刘红玉说话的重点。
“是的，不幸中的万幸，这个游戏在获得大满贯以后会自动安全删档，当你通关六次，系统会自动查杀，然后会将你扫出来。这本来是我们用来驱赶赖着不走的训练家的，没想到却在这时派上用场了。”
小杰十分无语，通关六次再扫除还来的及？这都过了多久了还有意义么。“那么，通关六次指什么？”小杰又问。“一两句话说不清楚，总之，你要到达六个地区，完成每个地区的目标，具体目标是什么你都会知道的。你每展开一个地区的旅行都会有人联系上你，告诉你接下来的动向。”小杰震惊了:“要求那么高！我怎么可能完成？”
刘红玉鼓励他说：“在比赛的时候我就发现一个神奇的玩家，那便是你，我相信你能带来奇迹，怎么样，试试？”
小杰心想再怎么样也只好认命了，而且这个游戏貌似会很有趣呢，半是兴奋半是无奈地说：“好吧……等一下！完成需要不少时间呢！我的学习什么的怎么办？我可不想耽误我的学习！”真是的，要是平日就这么关心学习还会惨淡到每一科都不及格吗。
“这你放心，游戏中一年等于现实一天，还有好多天才开学呢！以你的技术难道还不够吗？”刘红玉答复他说。小杰稍微松了口气说:“那我放心了。开始吧。”
“那么游戏开始咯！欢迎来到神奇宝贝世界，这个世界是一个新的地域，它有一个名字叫做——幻境，希望你玩的愉快！另外以后我可能很少机会可以与你通话了。”刘红玉说。
“等一下，每一款神奇宝贝游戏都有一个版本，这版是……”小杰问。正如他所说神奇宝贝游戏有许多个版本，每一个版本的剧情和神奇宝贝都不尽相同，所以他有必要搞清楚。
刘红玉自豪的介绍：“这可是最新版本:彩虹版，弥补红蓝绿、金银、宝石、钻珍、黑白版精灵少的缺陷，这一版每个地区都是一到六百四十九号精灵全部都有！对了，你要去的第一个地区叫做洛奇地区，你的目标当然是打败八个道馆，获得联盟冠军……”她经过喋喋不休的介绍终于将一个大陆的情况呈现在小杰面前，小杰突然对这个游戏充满了期待，穿过了亮光。刘红玉在小杰进入游戏以后默念:“这个游戏的救赎之神……就是你吗……拜托了。”
另一边，一位少年在火海中无助的看着眼前的几个人被大火侵蚀，自己也即将被火舌吞噬，突然一股不知书名东西“嗖”地一下窜入了他的脑中。他渐渐感觉意识变得模糊了，然后大叫一声：“啊！”纵身一跳居然跳出了被火焰包围的森林……
他再醒来时，是躺在一张床上。一个女人说：“啊，你终于醒了！”少年按着脑袋说：“这是哪？我是谁？为什么我什么也记不住了？”女人说：“这就是你家，我是你母亲高美丽啊！哎，昨天意外发生你爸爸哥哥弟弟全部遇难只有你不知道怎么逃了出来。你爸爸当警察也挺得罪人的，这次事故肯定是黑鹰教搞的，为了你的安全你还是改个名字，叫什么好呢……”
此时少年脑中突然涌出小杰的记忆，对，他就是小杰！可是他原来可是十七岁的孩子，这个身体看起来有些“袖珍”了，只有小杰十岁的体型啊！高美丽起了几个名字小杰都不满意，于是他说：“叫高智杰如何？”高美丽高兴地说：“高智杰……好！就叫高智杰！”又看了看钟说：“十点了，快睡觉吧，明天你就十岁了，可以领属于你自己的神奇宝贝了！”小杰一听十分激动，没想到时间还碰得真准啊。他在振奋到半夜以后终于睡着了……
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