御坂美琴看上去进入了梦乡，事实上则是通过了单宁的同意从而发动了时间的威力，让自己的意识前往过去观测这个世界的一切。
结果，观测没成功倒是看到了久违的“御坂美琴”，只不过，她的眼睛泛着红光。
“你是？”
“我是谁你心里没数吗。”
“我一直以为，因为那个……”
“你太小看我了，我怎么可能这么轻易的死去呢？”
“总之，你没有死真是太好了。”
“你也许会好奇为什么一方通行会让你回到过去，去寻找答案，我现在就将简化版的放给你看。”
于是，御坂美琴进入了沉睡，只不过，像是戴着VR眼镜，看着主人公第一人称视角的电影，同时附赠说明。
奈亚拉齐姆，边缘世界的上位者之一，它的诞生却是所有上位者当中最迷惑的一个。
其形象为一个长着三只手，背后长着大量触手的巨人而且本应该是脸的部位却长着一个触手，并且不间断发出一种迷之嘶吼。
而大多数生物一旦听到这些嘶吼声就会立即死亡目前知晓的是该效果对上位者无效，那么，御坂美琴应该也有办法免疫这个能力。
其次，对方似乎是不情愿的去制造混乱，每一次出手都只是点到即止，其中有诸如泽鲁斯虫族这样的生物，它们就是典型的代表，虽然多次被奈亚拉齐姆追杀，但是，它们如今也活的好好的。
原因就是奈亚拉齐姆有意的没有赶尽杀绝。
或许，它是知道了什么才这么做的吧，但是，它到底是为了什么呢？
这个时候，御坂美琴来到了更加遥远的过去，这个时候世界都还是一片黑暗，一个巨大的怪物出现，从此，世界诞生并分成了三个部分。
其一代表生命存活的证据，即宇宙。
其二代表生命的起点于终点同时掌管宇宙准则，即边缘世界。
其三代表宇宙观测者和规则创造者，即虚空。
这三个才是这个世界的真相，虚空中的生物可以保证任何生物不会察觉的情况下观测宇宙中的一切，它们就是虚空行者。
它们之间也有一条不成文的规则，那就是不能干涉宇宙中任何生物的自我演化和成长。
但是，其中有一者打破了这个规则，它就是撒旦赫格拉，虽然它也不希望这么做。
自从撒旦赫格拉打破了规则之后，它就开始对宇宙的一部分生命进行干涉，并且完美的得到了从这些生物身上得来的快感，那就是恐惧和崇拜。
由这些生物的恐惧和崇拜从而诞生了奈亚拉齐姆，撒旦赫格拉将这个奈亚拉齐姆当做亲儿子一般爱护，就连生物的意识都是独立的。
奈亚拉齐姆从而有了属于自己的秘密，连撒旦赫格拉都不知道的秘密。
但是，经过了长期的观察下来，奈亚拉齐姆却开始对自己的造物主产生了不满，它无法理解这些生物的崇拜和恐惧到底算哪门子快感？
但是，作为生物的直觉却告诉它，它不能亲口问撒旦赫格拉，否则可能就会沦为这个怪物的快感提取物。
所以，但是作为旁观者的御坂美琴却觉得压历山大，没想到自己要面对的不仅仅只是奈亚拉齐姆这么一个威胁，还要面对撒旦赫格拉。
这个家伙一看就不是等闲之辈，能够让奈亚拉齐姆忌惮的家伙绝对不简单，同时忌惮于撒旦赫格拉背后的操纵者。
虽然不知道这个家伙这么做的契机是什么，但是，御坂美琴认为，她还是不要接着看下去了，说不定会造成什么没必要的压力也说不定。
御坂美琴刚准备退走，可谁知道，奈亚拉齐姆居然有意无意的看了一眼御坂美琴刚才所在的方向，一种恳求的情绪从此诞生。
不过，御坂美琴本人的意识却没有察觉到奈亚拉齐姆的意思。
接下来，御坂美琴决定去未来看一下，但是，从梦境里面来看，可能有无数种未来，而现在的选择同样也至关重要。
于是启用了时间，去往未来“御坂美琴”同样也一起去往未来，只不过，对方双眼泛着红光让御坂美琴很不舒服。
“那么，你又是怎么活下来的？”御坂美琴很是好奇，这个“御坂美琴”的气息，她之前可是半点都感知不到了的。
“我在那台机器的作用下，生命活动强度只不过是强行低于任何生命探测术可探测的最小值而已，同时，我也同化了机器，所以，我可以屏蔽包括你在内，任何生物探测术的感知。”
这也太……
这么做可是让我担心了好久的，你知不知道，不过，这句话御坂美琴还是没有说出来，而是认真思考起了接下来未来的可能性。
学园都市，表面上被称为世界上最安全的地方，实则形同虚设，这个地方的犯罪率一直都是顶尖的存在。
只不过，这个时候的御坂美琴选择了直接杀死了奈亚拉齐姆，所以，御坂美琴以为一切都结束了，她回到了过去，重新认识了一遍黑子、当麻、初春以及泪子。
但是，这一生却发生了意外，她在公园闲逛的时候，无意间认识了一方通行，并且成为了这个家伙唯一的朋友。
随后，由御坂美琴介绍，先后认识了黑子、泪子和初春，一切看上去又回到了那个美好的日子，一方通行此时拥有了朋友，整个人都不一样了，对外人的态度和对御坂美琴的态度变成了完全的两个极端。
就这样，就连绝对能力者计划项目也被割掉了，一方通行看到御坂妹妹之后，连反抗的心思都不曾升起，就差把反射关掉了。
也因此，似乎是亚雷斯塔处于无奈，只好将御坂美琴叫过来谈判，最后，和御坂美琴签订了不平等协议之下，御坂妹妹被发放到了世界各地开始形成人工天界。
看上去似乎是美好的，但是，终于有一天，浩劫来了，地球之外的黑洞里面出现了无数的诡异生物，它们体型巨大，身上有着坚硬的甲壳，有着锋利无比的手和爪。
身上散发着属于撒旦赫格拉的气息，与此同时，学园都市内部无数的传送门凭空出现，无数的穿越者出现在了这里，他们的双眼泛着绿光，随即，开始了无差别攻击。
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