走至蜀山混乱，此后立下门规只有出家弟子才可成为掌门（此制度至第二十三代掌门时被废除）。
蜀山派第十二代掌门制降妖谱。
蜀山派弟子道臻为其弟道闰私情而盗取了一颗赤雪流珠丹。
江湖铸剑名师九州散人在剑冢举行散剑大会后加入蜀山派，是蜀山历史上入派时年龄最大的门徒。魔剑重新封印于锁妖塔顶。
蜀山清微、净明、和阳、苍古、幽玄五长老为求修仙，自身邪念以古法排出体外。然邪念无法化去，五长老无奈其送入锁妖塔。
蜀山弟子清冷即修成仙之际被同门的殊明夺取修为成仙，清冷又寻五灵轮自行成仙，之后脱离蜀山派，隐居绿萝山。
清微成为蜀山派第二十二代掌门，并且与蓬莱派掌门商风子交情甚好。（清微可能是蜀山派在位时间最久的一位掌门，据商风子所言，到仙剑三故事发生时清微等五长老已有二百岁高龄。）
女娲后人紫萱找到徐长卿，并千方百计安排徐拜入蜀山派。
狼妖周赤炎被蜀山长老净明擒住，投入锁妖塔。
十多年后，紫萱终于找到机会制造与徐长卿的相识。她行险狼妖赤炎分化为人之赤炎与妖之燎日带出锁妖塔。燎日则锁妖塔看守、已是掌门入室弟子、继任掌门人选徐长卿重伤且使其中毒，然终被紫萱、徐长卿合力制服，投入锁妖塔。徐得紫萱舍身以蛊法疗毒，顿生情愫。然被二十二代掌门清微撞见，加之紫萱为异族类，欲其打入锁妖塔。徐因此与清微发生争执，被逐出蜀山派，与紫萱浪迹江湖。
重楼闯入锁妖塔顶，寻飞蓬佩剑未果，得魔剑，赴渝洲交与景天。锁妖塔因重楼损坏，大量妖魔逸出。五长老当年排出之邪气因日久合为一体，乘此机会逃出，称之邪剑仙，并冒充清微扰乱蜀山。景天等奉清微之命寻找五灵珠，并入锁妖塔取得镇妖剑，天妖皇杀死。邪剑仙夺镇妖剑，杀死唐雪见，清微。蜀山派由苍古长老代行掌门职务。景天一行人最终于锁妖塔前大战邪剑仙，最终四长老和邪剑仙皆身亡，紫萱内丹给予徐长卿后结合五灵珠的力量稳固了锁妖塔，徐长卿因而成仙。事后，徐长卿任蜀山派第二十三代掌门。重楼因紫萱献身修复崩溃的锁妖塔而悔极，从此竟全力守护锁妖塔。
燎日进入里蜀山，成为了里蜀山的领导，后燎日为寻回曾经记忆失手杀害了于石村隐居的周赤炎，周赤炎的妻子丝缎自绝身亡，他们的长子周煊身体损坏，灵魂被燎日投入赤炎尸体中带到里蜀山，改名星璇；次子周煌被蜀山长老南宫纪带回蜀山养大，取名南宫煌。
其后十多年间，蜀山派在徐长卿领导下进入全盛时期，大兴土木扩建了蜀山派，独孤宇云则入蜀山派并逐渐成长为骨干弟子；司徒钟入蜀山，成为独孤宇云师弟，并与年纪相若的南宫煌结为好友。
燎日圈养火魔兽，扰乱地脉，致使蜀山地气异常，南宫煌受徐长卿之命打通地脉使蜀山恢复原状。殊明调任锁妖塔看守（后成为镇狱明王），同时锁妖塔在神界干预下强化，五灵法阵被改为七星盘龙柱压制。徐长卿一颗赤雪流珠丹给予苗疆圣姑以解傀儡婆婆的蛊毒。
徐长卿受太清真人于地脉的留文启示后隐退，任命长老常浩为第二十四代掌门；南宫父子被常浩赶出蜀山；司徒钟因政见不同、回护南宫父子，被逐出蜀山派（其后数年，在独孤宇云力谏下，司徒钟重回蜀山修炼）。蜀山派遣散了女弟子。地脉最终在南宫煌等人努力下归回原状。
数年之后，一魔尊危害人间，仙剑派二十四代掌门常浩欲以三十六天罡剑阵对付魔尊。由于魔族掌旗使孔麟奸计，师弟姜清入锁妖塔。常浩大怒，命数十精锐弟子入锁妖塔追杀姜清与月柔霞。司徒钟阻止未果，结果精锐部队全灭，司徒钟再次下山。姜清的离去导致余下弟子良莠不齐，更无法凑齐人数，所以用三十五人强行组织剑阵欲魔尊封印。而魔尊其力量灌注在三魔器中，送出五华山，三十五人亦因魔尊之反扑全部丧生，但也勉强魔尊封印。常浩引咎辞职。
多年后，独孤宇云任二十六代掌门，任太武为大弟子。
南诏拜月教杨教主圈养水魔兽，使得蜀山气候异常，苗疆洪水。神魔之井异变，人界发生大地震，夜叉国龙溟、魔翳趁机向人界投放缚魂珠，龙溟潜入人界。
余杭客栈的李逍遥受云游的司徒钟指点而学会了蜀山剑法，与仙灵岛的赵灵儿结为夫妻，后奉婶婶之命两人前往苗疆寻找赵灵儿母亲。赵灵儿因两族纠纷被黑苗石长老强行带走。随后石遭遇白苗盖罗娇，双方血战，死伤殆尽。赵灵儿被剑圣独孤宇云误会为主凶，带上蜀山，投入锁妖塔。李逍遥、林月如二人在司徒钟协助下上蜀山。与独孤谈判失败后，李、林遂杀入塔底，救灵儿，灭镇狱明王殊明，毁锁妖塔，孔麟等大量妖魔逃出，林月如身陨，锁妖塔倒塌后，底部本来连向里蜀山的空间连接到了神魔之井。赵灵儿生下李忆如。后赵灵儿与李逍遥，阿奴一起，打败了拜月教主。
苗疆水魔兽之乱后，独孤宇云对李逍遥多番考验，李逍遥成为蜀山派第二十七代掌门，道号一贫。且蜀山派开始重新招收女弟子。一名行医救人的女子拜入蜀山学习医术，道号草谷。海边一个村庄爱好比武的人因为痴迷和人比武而导致村庄中人皆被海妖杀死之后，拜入蜀山派，习得高深剑术，道号罡斩。
锁妖塔倒塌过后，蜀山派开始大量与人界江湖门派交往，积极斩杀在人界为恶作乱的妖魔，锁妖塔原址由于连通了神魔之井，仍然为蜀山禁地所在。
姜清的女儿姜婉儿于峨眉山创立了仙霞派，所教术法为蜀山派和魔族武学的杂合。
凌音凌波姐妹、铁笔拜入蜀山派。
锁妖塔倒塌八年后，孔麟施展诡计，蜀山派掌门李逍遥因思念赵灵儿而被吸入幻画卷轴，后被王小虎一行所救。孔麟于五华山集齐三魔器唤醒魔尊，但立马被李逍遥以一人之力催动三十六天罡剑阵强行消灭。后王小虎、仙霞派沈欺霜、李忆如一行人打败千叶，基本平息了江湖的妖魔纷争，武林称为千叶之乱。
五年后，南林北沈退出江湖，四大世家的欧阳家门主欧阳英成为新任武林盟主，蜀山派遣年轻一辈的出众弟子铁笔、凌音于品剑大会前往道贺，魔翳施展诡计，折剑山庄弟子姜承被江湖人士责为妖魔，后姜承改名姜世离，于蚩尤冢使自身蚩尤血脉觉醒，成为魔君，在覆天顶建立净天教。蜀山弟子凌波因情放夜叉国龙溟盗走蜀山至宝神农鼎，自己也因三皇法阵重创而死于流光洞，草谷和罡斩发现其尸体后，流光洞列为蜀山禁地，神农鼎在龙溟身死后由夏侯瑾轩等人还回了蜀山。
五年后，净天教发展成已威胁到武林所有正派的安危，蜀山派依旧按兵不动，直到魔翳控制的人界傀儡净天教军师枯木趁神魔之井封印松动之机怂恿姜世离率众攻打蜀山派锁妖塔，一贫和太武因正施法封印而遭到重伤，草谷强行继续施法维持封印导致身体异变，蜀山派长老罡斩一人在锁妖塔以兵解镇守住了封印并使净天教撤军。此战之后，蜀山派决定出世与江湖四大世家联手，消灭净天教。
数月之后，蜀山派与武林正道集合精英，在一贫的领导下，攻上覆天顶，姜世离拒绝逃跑，被七圣用女娲血玉封印，净天教八部尊者中的血手被蜀山长老青石、玉书封印，神农鼎被血手趁机打进神魔之井（后神农鼎被魔界夜叉国找到，安置于祭都九黎祠），其余尊者失踪，净天教从此在江湖中解散。净天教尊者之一唐风刚出生的的女儿唐雨柔病危，被草谷以血玉续二十年寿命，姜世离之妻欧阳倩隐居苍木山，一年后生下了姜云凡。
战后，一贫心灰意冷，辞下了蜀山派掌门职务，太武接任蜀山派第二十八代掌门，蜀山派建立七圣制度，由七位长老担任，建七宫。
李忆如死亡。
二十年后，一贫结识姜世离之子姜云凡，魔翳再次向人界施展手段，姜云凡在净天教尊者毒影的强迫下救出了血手，后姜云凡、龙幽一行从折剑山庄逃出，由一贫的外孙女小蛮带领来到蜀山，一贫姜云凡收为入室弟子。净天教余党袭击蜀山被击退。姜云凡为救出父亲姜世离，强闯蜀山七宫，得到了三神器，想以逆天阵同时解救爱人唐雨柔和父亲而牺牲自己，结果以唐雨柔之死解封了姜世离。
姜世离解封后重新召集了净天教人手，消灭了昆仑派、丹丘门等大量门派，最终攻打蜀山派。
蜀山派大部分弟子都决定留在山上与魔教决一死战。姜云凡回到蜀山派发现修为尽失，蜀山被净天教大肆进攻近灭派之时，却在七圣帮助下领悟了修行化境，于锁妖塔阻击姜世离，最终神魔之井封印还是被破，魔翳率夜叉大军攻上人界，小蛮因担心龙幽而使女娲血脉觉醒，姜世离与魔翳同归于尽，龙幽指挥夜叉军队回到了魔界。之后，七圣蜀山整个山体沉下封堵住神魔之井，蜀山派接纳了净天教的部分半魔留在山上，七圣和姜云凡则不计年月地守护封印，直到完全稳固。
组织结构
俗家和出家弟子
蜀山收弟子可以随时要求出家为道，但一旦为道的弟子要还俗，必须离开蜀山，对外不可再自称蜀山弟子，但原有修为如果不被滥用，一般也不会被剥夺。俗家弟子可以有妻子儿女，而出家弟子必须抛弃除修行外与自己有关的世俗事务，自蜀山第七代掌门至第二十三代掌门之间的时期规定俗家弟子不得担任蜀山掌门。
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