顾邪来到了女海贼亚尔丽塔的海贼船上，女海贼亚尔丽塔攻击了一艘客船，正在收刮财物的时候，却从一个大酒桶里面蹦出了一个男孩，这个男孩全身像橡皮一样，把海贼们整得哇哇叫，他就是立志要成为海贼王的路飞，同时也是海贼王的主角。
路飞遇到了被海贼强迫在船上打杂的男生克比，胆小的克比被路飞的勇气所感动，自己也股起了勇气反抗亚尔丽塔，最后两个人终于趁乱驾小船离开了客船。
路飞和克比为了找到索隆，来到了海军所在的小岛。顾邪也跟着来了，见到了索隆之后，他们发现索隆并不像传说中的那么凶狠，反倒是海军统领蒙卡父子的行为比较蛮横无理，他们愚弄岛上的居民、滥杀无辜，还把无罪的索隆抓起来。于是路飞决定要让索隆当他的伙伴，并且说服索隆跟他一起离开，结果却受到蒙卡父子的追杀。
面对残暴的海军大佐蒙卡的攻击，索隆终于答应加入路飞的海贼团队，于是他们联手打倒了蒙卡，也解救了基地官兵和岛上的居民。可是海军中佐基于身为海军的职责，却不得不赶他们走。为了让克比加入海军，路飞和克比打了一架，让海军以为他们不是同伙。结果克比如愿加入了海军，而路飞的海贼团队也朝着伟大的航道前进，展开了寻宝的旅程。
之后，路飞遇到了专偷海贼财宝的小偷娜美，得知娜美懂得航海术之后，路飞力邀娜美加入他们的海贼团队，娜美却带着路飞一起去找巴基船长，想趁机偷取伟大航道的航海图。巴基船长要假装投靠他的娜美杀死路飞来表现忠诚度，娜美下不了手，于是巴基船长下令杀死她，幸好索隆即时赶到，想救他们两个离开，但是索隆的剑却杀不死身体会四分五裂的巴基船长。
索隆让巴基尝了自己的特制巴基炮弹之后，身受重伤的他还是不支倒地。巴基派出了驯兽师摩奇来对付他们，摩奇指挥狮子来攻击路飞，却被路飞打得落花流水。村长布多斯不忍心辛苦建造的村子被巴基摧毁，自己一个人去找巴基决斗。
原先痛恨海贼的娜美看到索隆和路飞的友谊和正义感，觉得非常困惑，却也渐渐改变了对他们的看法，终于答应跟他们合作，担任航海员。
为了帮助村长保卫村子，路飞和索隆又去找巴基船长。这回是耍剑的杂技卡巴吉出来应战，身受重伤的索隆为了大剑客的名誉，只好负伤出来迎战。卑鄙的卡巴吉故意攻击索隆的伤口，不过最后还是败在索隆的剑下。而巴基船长弄坏了路飞的草帽，激怒了路飞。
巴基说出了他跟香克斯的一段恩怨，原来他们曾经是同一艘海贼船上的海贼见习生，因为香克斯让巴基不小心吞下了恶魔果实，永远不能游泳而失去了当海贼的资格，因此巴基非常痛恨香克斯。路飞和娜美联手，破解了巴基的四分五裂功，瓦解了巴基海贼团的势力，把村子还给了村长和村民们。
为了补充人员和物资，路飞他们来到了一个小岛，结果在岛上遇见了爱吹牛的乌索普。原来乌索普就是香克斯船上耶稣布的儿子，他自称是乌索普海贼团的首领，手下有青椒头、红萝卜头和洋葱头三个部下。但是因为他爱吹牛，村子里的人都讨厌他。为了得到大船，路飞他们来到村子里最有钱的人家，也就是乌索普的好朋友，可雅小姐的大宅邸。
路飞一伙人闯入可雅家，想跟他们要一艘大船，却被管家克拉巴特尔赶了出来。乌索普的三个部下和娜美在路上遇到了一个怪人，怪人自称是催眠师赞高，让他们全都睡着了。路飞和乌索普发现克拉巴特尔管家居然就是最有智谋的海贼克洛船长，他和赞高里应外合，计划要攻击这个村子，并且杀害可雅小姐，夺取庞大的财产。
乌索普得知克拉巴特尔要跟海贼里应外合攻击村子、杀害可雅的事情，急忙去告诉村民们，结果村民们根本不相信他的话，连可雅也觉得乌索普是怨恨克拉巴特尔，才编出了这个谎话。伤心之余，乌索普决定自己去对付那些海贼，保卫他最喜欢的这个村子。而摔落山崖的路飞并没有死，他只是睡了一觉被娜美和索隆叫醒。听了乌索普的决定，他们决定要帮助他对付海贼团，保护这个村子和可雅小姐。
路飞他们要跟乌索普联手保护村民的安全，为了阻止海贼进攻村子，他们防守在坡道上，没想到乌索普居然搞错了方向，海贼是从另一边的海岸登陆的，大家急忙赶到北边的坡道，路飞和索隆却迷路了，而娜美急着保护她的财宝，跟乌索普在海贼面前争执不休，搞得海贼们一头雾水。就在千钧一发之际，路飞和索隆终于赶到了。
路飞和索隆终于赶到北边的坡道，为了通过坡道赞高以催眠术让部下变得很强悍，结果连路飞也被催眠，于是威力大增，把海贼们打得几乎全军覆没。赞高即时让路飞睡着，并且派出最后王牌猫人兄弟对付索隆，索隆的刀被他们偷走，只剩下一把刀眼看就快要招架不住了，于是娜美想去帮他把刀找回来，却被赞高杀伤。这时候，等不到部下们的克洛船长出现了，显得非常愤怒。
克洛船长因为赞高没有准时进攻村子而大怒，他要求他们在五分钟之内把索隆他们解决掉，否则就要把大家通通杀光。幸好娜美即时把刀还给了索隆，让索隆展现实力解决了猫人兄弟。这时候可雅突然出现，拿枪指着克拉巴特尔，结果还是被他把枪抢了过去。就在最后的紧要关头，一直处于睡眠状态的路飞终于复活了。
为了保护可雅，乌索普命令青椒头等三个部下带着可雅逃到树林里去，克洛船长也派赞高去抓他们，为了阻止他们前进乌索普奋不顾身的抵抗。克洛船长听到部下叫他的名字，非常生气，他说出了找替身让世人以为克洛船长已经被处死的一段往事，并要求部下们不要再叫他克洛船长了。
眼看着克洛船长居然把自己的部下杀光，让路飞大为火光，于是大发雷霆解决了克洛船长，为了感谢他们让村子免于遭受海贼的攻击，可雅小姐送给他们一艘大船，决定要出海航行的乌索普也成为了他们的新同伴，一起搭乘「黄金梅利号」出海航行。
顾邪在路飞走后，就来到了可雅的家中，将可雅强抢了过来，之后在顾邪的一番甜言蜜语下，可雅被顾邪轻易拿下了，之后，顾邪将可雅的病治好后就和顾邪一起来到了空岛，让卡莉法等人照顾可雅，顾邪就一直跟在路飞的身后，将路飞等人遇到的美女全部收了。
之后路飞他们来到了一座传说中有宝藏的小岛，但是据说接近小岛的人都会受到神明的处罚。登陆之后，他们听到一个自称是神明的声音，警告他们不要继续前进。后来才发现那是一个被卡在箱子里面出不来的人，名叫卡蒙。
他为了保护他所发现的五箱宝藏，甘愿被卡在箱子里面二十年。经过路飞确认之后发现，五个箱子根本是空的，卡蒙虽然很失望，却不愿意离开小岛，想继续留下来保护那些跟他相处了二十年的珍禽异兽。
接着路飞他们遇到了索隆的同行，抓海贼领赏金的强尼和约瑟夫。约瑟夫病得很严重，大家都束手无策，只有娜美看出他是得了败血症，并且用莱姆治好了他的病。因此为了在航海旅程上得到均衡的营养，路飞决定要找一位厨师。于是强尼带他们来到海上餐厅，路飞却因为弄坏餐厅而被大厨抓了起来。而在餐厅里耀武扬威的海军大尉芬布迪，却被大厨副手山治修理了一顿。
海上餐厅「巴拉蒂」的老板原先是海贼，他手下的厨师们也都凶狠好斗。不过也因为如此，才能阻止海贼来餐厅白吃白喝。阿金是最凶恶的克利克海贼团的成员，他虽然饿个半死，但是遇到不愿意招待海贼吃饭的厨师派迪，不但没有饭吃还被打了一顿。而山治却只把他当成一个肚子饿的人，送饭给他吃。
路飞看到，决定请他加入海贼团，但是山治却不答应，然而阿金回到海贼船之后居然提出说要带路到海上餐厅来……
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