第一始祖，先觉天（PrimaPrime)
神器：星辰剑（已失踪）
专属武器：无
元始天尊创造的第一位元祖金刚，是十三元祖的领导者，持有星辰剑时是实力最为强大的元祖。在元始天尊沉睡后领导新生的赛博坦文明。于四亿年前失踪。
时空始祖，引天行（VectorPrime）
神器：时空之刃（已失踪）
专属武器：无
掌握着时间与空间的元祖，时间的守护者，负责消灭任何胆敢扰乱时间秩序的不法之徒。于四亿年前失踪。
智慧始祖，钛师傅（AlphaTrion）
神器：天尊圣约（已失踪）
专属武器：（智神权杖）
十三元祖中的智者，掌握的神器记录着一切知识和已发生的事情，并可以通过在上面写下名称的方式显示出任何自己想知道的事物所在。于四亿年前失踪。
锻造始祖，赛天骄（SolusPrime）
神器：天骄之锤（已失踪）
专属武器：无
第一位女性变形金刚，十三元祖中唯一的女性。掌握的神器天骄之锤可以锻造出神器级别的武器，并能够修复任何损伤。和最强始祖震天尊是恋人。于四亿年前失踪。
变化始祖，幻天灵（AmalgamousPrime）
神器：万变齿轮（已失踪）
专属武器：无相镰（已失踪）
能够将自身躯体在所有物质形态中任意转换，也可以凭此变化成任何一种物体。拥有十三元祖中最多的变化形态。后世赛博坦人赖以变形的变形齿轮即脱胎于此。于四亿年前失踪。
合体始祖，经天纬（NexusPrime）
神器：组合玄器（已失踪）
专属武器：万象剑、赛博坦之刃、混沌之刃（已失踪）
组合金刚始祖，躯体可以分化成五个拥有独立意识的不同个体，分离状态下只要有一个分身存活便永远不会死亡。掌握的神器组合玄器可以赋予多个变形金刚合体能力。于四亿四百万年前脱离赛博坦，从此下落不明。
谋略之神，马克西姆大帝（LiegeMaximo）
神器：纷争之手（已失踪）
专属武器：无
十三元祖中的战术大师，黄金时代赛博坦国防军的建立者，后世的赛博坦国防军以此将其面容作为徽章。持有的神器可以将任何物质转化为武器。于四亿四百万年前脱离赛博坦，从此下落不明。
野兽始祖，锐天骁（OnyxPrime）
神器：兽王之心（已失踪）
专属武器：猎神之矛（已失踪）
野兽金刚始祖，十三元祖中体型最为庞大的存在，拥有最强悍的防御力。掌握的神器可以令他感应到所有生物的内心所想，并赋予自身近乎无限的恢复力。于四亿四百万年前脱离赛博坦，从此下落不明。
微型始祖，微天星（MicronusPrime）
神器：合体神石（已失踪）
专属武器：无
元祖金刚中体型最小的存在，可以赋通过神器与其他变形金刚融合并大幅提升对方战斗力，也可变形成武器由对方使用作战。于四亿年前失踪。
炼金始祖，撷天萃（AlchemistPrime）
神器：洞悉目镜（已失踪）
专属武器：无
十三元祖中的研究学者，可以通过神器解析任何物质的微观结构，甚至可以创造出不存在的全新物质与元素。于四亿年前失踪。
生命之神，无常天（QuintusPrime）
神器：余烬之石（已失踪）
专属武器：无
十三元祖中的和平主义者，热爱生命，对自己所追求的事物异常执着。可以通过自身神器为无生命的造物赋予意识。于四亿四百万年脱离赛博坦，从此下落不明。
最强始祖，震天尊（MegatronusPrime）
神器：镇魂枪（已失踪）
专属武器：碎魄矛（存放于赛博坦至圣所）
十三元祖中不持有神器状态下的最强者，于讨伐宇宙大帝的最终决战中打出最致命一击，奠定胜局，是赛天骄的恋人。于四亿四百万年前脱离赛博坦，从此下落不明。
传承始祖，终元天（OmephaPrime）
神器：永生火种（已失踪）
专属武器：无
十三元祖中最为神秘的存在，唯一的已知信息是其神器可以赋予其不断转世重生并无限强化自身的能力。于四亿年前失踪。
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