风间彻离开多罗碧加游乐园后便往家里走去，与此同时，已经变成小学生的工藤新一，在摆脱警察后赶往自己的家，由于身体变小的缘故，导致连家门都进不去。
正在大门上吃力爬行的工藤新一忽然被隔壁的爆炸声吸引。原来是住在他隔壁的阿笠博士又在搞新发明，并且还失败了，引起了爆炸。
看着从碎石堆里爬起来的阿笠博士，工藤新一停止了爬门，跳了下去直奔阿笠博士跑去。
经过一番解释和揭底后，阿笠博士最终相信了眼前这个小孩子就是工藤新一，于是便帮他打开了工藤家的门，从那里把工藤新一小学时期的衣服拿出来给他换上。
“小学时期的衣服穿着刚好合身，博士，你不是说你是天才吗？那你能研制出这种药的解药吗？”工藤新一一边穿好衣服一边问道，阿笠博士听到这话有些绷不住了，说道“我又不知道这种药的配方和用什么材料，怎么给你做出解药来”。
工藤新一闻言有些失望，难道就没有办法了吗？想要再得到这种药是不可能的，阿笠博士按着工藤新一此刻的小肩膀沉声说道“新一啊，你记住，千万不要暴露你的身份，他们如果知道你还活着，一定还会再来杀你，甚至是你身边的人，哪怕是小兰也不能说”，工藤新一也严肃的点头回道“我明白，关于我就是工藤新一的身份，我不会告诉任何人的。”
阿笠博士考虑了一会儿说道“新一，我打算让你寄宿在小兰家，她父亲毛利小五郎是开侦探事务所的，说不定有哪些人的资料，不过在此之前，你得给自己取一个新名字”。
工藤新一想了想觉得博士说得对，于是便想着要取什么名字好呢，眼睛看向四周，无意间在书架上的一本书的作者名上看到了江户川乱步这个名字，灵机一动，工藤新一大声说道“决定了，就叫江户川柯南”。
从一旁的柜子上拿来一个老花镜，扣掉镜片戴在脸上，看起来还不错。
收拾妥当后，阿笠博士开着他的甲壳虫向着毛利侦探事务所行去。
毛利侦探事务所，小兰收拾完被毛利小五郎扔的满地都是的啤酒罐后就去做晚饭了，结果刚做一半就听到了毛利小五郎的惊呼，原来是接到了委托人的电话，委托他找到被绑架的女儿，这让已经半年没有接到委托的毛利小五郎兴奋的不行。
收拾一番后，对着还在做饭的小兰说道“小兰呐，我先去办案了，你自己吃吧，”说着就直接跑出去了。
“爸爸，你还没有穿鞋！”小兰看到毛利小五郎没有穿鞋就跑出去了，急忙拿着他的皮鞋追了下去。
毛利小五郎因为太兴奋而没有注意脚下，一个跟斗直接摔倒了事务所的一楼楼梯口，这一幕刚好被刚刚到家门口的风间彻和从阿笠博士家赶来的阿笠博士和工藤新一看到。几人的目光都不约而同的看向毛利小五郎，小兰这时也赶到了，把鞋子递给了毛利小五郎说道“爸爸，你真是的，干嘛这么着急呢”
毛利小五郎夸张的大笑道“哈哈哈！我已经有半年没有接到委托了，这好不容易来了一个，说是有钱人家的女儿被一个穿黑衣服的男子给绑架了，嘿嘿，我已经感受到案件的召唤了，又在召唤我名侦探毛利小五郎啦，啊哈哈哈……”说完，拦了一辆出租车就上去了
一听到穿黑色衣服的男子，已经变成小孩模样的工藤新一条件反射般的一惊，不由想到了给他灌药的两个黑衣人，也急忙充上了车后座，小兰看到一个小孩冲进了车里，不由的也上去了。
看着远去的出租车，阿笠博士一脸的无奈，于是在给小兰打了电话说明情况后也开车回去。
对面，目睹这一切的风间彻此时内心正在纠结着，“我到底要不要去救那个叫谷晶子的小女孩呢？嗯，还是去吧，虽然想过平静的生活，但是，既然碰到了总不能当没看见吧”心中如是想着，风间彻朝着剧情中的哪所学校仓库赶去。
工藤新一如愿的和毛利小五郎去到了谷家，路上通过卖萌蒙混过关，又有阿笠博士的电话说明，毛利小五郎也是接受了这个叫江户川柯南的小屁孩暂住自己家。
在毛利小五郎询问案情时，柯南又本性暴露了，完全忘记了自己现在是个小孩子，一通操作后，成功的被毛利小五郎在头上开了一个大包。
随着剧情发展，管家的供认以及真正绑匪的电话，再加上柯南这个假小孩的分析，于是狗骑士柯南诞生了。
柯南骑着狗在前面跑，毛利小五郎和小兰在后面追。
与此同时，风间彻也赶到了绑匪所在的学校仓库，走到门口二话不说就是一脚踹去，大门直接被踹开。“是谁？！”绑匪一惊，大声问道。看到门口的人影后还不犹豫，拿着小刀就冲了过去。
“勇气可嘉，但是，太弱了”说完风间彻一脚踢在了绑匪的胸口，瞬间，绑匪倒飞进去撞到了墙壁上昏死了过去。
帮谷晶子解开绳子后对她说道“别害怕没事了，小妹妹，我已经把坏人打倒了。”谷晶子留着眼泪抽泣着，好一会儿才好，见她不哭了，又看着远处的一个骑着狗正在往这边跑来的身影，风间彻对着谷晶子说道“小妹妹，接你的人到了，我就先走了”，说着，不给她反应的时间，直接转身快速离去。
刚刚赶到的柯南也只是看到一个人影一闪而逝，也没有过多理会，在看到谷晶子在仓库门口站着，连忙走过去询问情况，随后小兰和毛利小五郎以及谷老爷和管家也都陆续赶到，在了解到情况后众人也是惊讶不已，“竟然还有人先我一步找到这里，到底是谁呢？还有刚刚那个人影，应该就是他救了谷晶子吧，他是怎么知道这里有绑匪和人质的？”柯南疑惑的想到。
在谷晶子坦白后，谷老爷也向谷晶子表达了歉意并表示要带谷晶子去澳洲旅游，父女二人和好，之后毛利小五郎带着小兰和柯南也回到了事务所，风间彻看到对面的毛利一家回来了，也关掉灯睡觉了。
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