由于黑暗扎基的设定很乱，也不知道到底是以哪个为准。
所以本书的设定中黑暗扎基是诺亚的黑暗面。
‘来访者’造出诺亚的人造复制体，是终极兵器扎基，两个不一样。
在终极兵器扎基被造出来后的不久，黑暗扎基成功绕开了时刻看守他的诺亚，溜进了终极兵器扎基的体内，将其吞噬，获得了实体，这也是终极兵器：扎基突然狂暴的原因。
官方设定中，当初黑暗扎基到光之国宇宙的时候，去了怪兽墓场，和佐菲，初代，赛文一起大战了一场，最后在三奥不敌的时候，诺亚降临，施展诺亚·最终将黑暗扎基带回了奈克瑟斯的宇宙并封印了起来。
本书设定和官方设定差不多，不过，不同的是，扎基不仅在怪兽墓场大闹了，还去了光之国的本土。
全盛时期的黑暗扎基甚至能隐隐地压奥特之王一头，然后，诺亚降临，将黑暗扎基带回了奈克瑟斯宇宙封印。
上述提到的诺亚，都是有翅膀的状态。
而本书设定，无翅膀状态的诺亚打不过全盛时期的黑暗扎基。
十八年前黑暗扎基舍弃自己的身体，偷偷突破封印，来到地球，强行附身并控制了山冈一，也就是后来的石崛光彦。
之后的事情就和正剧一样了。
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