上官家族因为当年太傅一事，家族男子发配充军，女子入宫为奴。
上官婉儿在很久很久后的某一天偶然见到了明世隐，几乎是瞬间她就回忆起了本不应该失去的记忆，祖父是被明世隐陷害的，自己正是这一切的见证者。
她一纸诉状找到狄仁杰，狄仁杰早就觉得明世隐居心叵测，一直苦于没有证据，
借此机会彻查后得出结论：当年是牡丹方士撺掇的太子谋反，也是牡丹方士模仿了上官祖父的笔迹告发废太子，这是一个非常大的局。
狄仁杰推断明世隐就是牡丹方士，他的终极目标是控制武则天，夺回长安城。
狄仁杰、李元芳、上官婉儿赶往武则天封禅仪式。
封禅，是帝王向天地报告重整乾坤的伟大功业，这个仪式完成后就意味着女帝对河洛的统治得到上天的认可，
在这个仪式最重要的部分登高书写丰碑时，必须是女帝一个人。三人在路上被裴擒虎、杨玉环、公孙离所阻止，三人打得昏天黑地的时候，
魔种从天而降，一片混乱。
狄仁杰独自跑走赶往大典，裴擒虎三人正要拦下他，突然上官和元芳身后围拢了许许多多的百姓，
三人一直被明世隐所骗，以为自己的正义组织才是真正的正义，却在百姓质疑时陷入了动摇，魔种袭来，
三人没法，决定先保护百姓再说。而赶往大典的狄仁杰则遇到了明世隐和弈星。
明世隐嘲笑狄仁杰根本不懂自己的真正目的，自己的终极目标是夺取长城并毁灭，
得不到的终究都要毁灭，这就是自忘川归来的牡丹方士的报复。
与此同时，李白在用自己的方式寻找真相，他试图在千窟城废墟中寻找记载着上古秘密的古籍，
这时出现了众多魔物，他与魔物厮杀，
终于得到了上古的一些资料。此时长城也正在面临大量魔种入侵，
长城第三次危机，铠、花木兰、百里守约等奋勇杀敌。李信坐在高位上沉默着看着这一切（谁让他是明世隐内应，魔种入侵的助力者）。
长城眼看要守不住了，李信再也无法旁观:
“没错，我想重回长安，但我也想守护自己的家，长城也属于我的家！”
游戏里四级之前模样的李信站了起来，蜕变为统御形态，率领众军，誓死拼杀。
大典上武则天不断被蛊惑，步入黑暗的最后时刻她突然想起了与狄仁杰的初遇：
什么权力和力量，不过是实现理想的手段罢了。她爆发出身体内的巨大力量驱散黑暗。
“公理，就在我们手中。”
光明终究驱散黑暗，武则天静静地站在丰碑前扔掉了手中的笔，丰碑上没留下一字，
功过任由后人评说，因为更重要的是守护好眼前的东西。
长城是奇迹，可以摧毁奇迹的只有奇迹。明世隐想要夺取长安城这个奇迹，用来摧毁长城。
虽然这次失败了，但也许他还有什么新的阴谋（比如囚徒晟）。
后来，花木兰跑去找兰陵王求合作，以期共同寻找昔日悲剧的幕后主谋，
但兰陵王选择了孤身一人，独自面对邪恶力量（可能是“湮灭之眼”）。花木兰带玄策回到长城。
（关于这点我其实有点疑惑，漫画里这件事发生在明世隐事件结束后，
可幕后主使不就是明世隐么，还找啥？
难道花木兰发现了堕世之神？还是说花木兰在找长城的叛徒（李信）？）
李白跑到稷下学院告诉了老夫子所有他找到古籍中关于方舟核心的事，
文明不能再度毁灭，要比堕世之神先找到奇迹钥匙，阻止宇宙之力被错误使用，
夫子将厚望寄托于李白和其他被征召的英雄。李白三入长安是在一个夜晚，他来长安城找方舟核心。
李白在长安城的守护者、强大的机关造物钟馗巡逻时与之大战，赢了后正准备开长安城最神秘的那个大门，
马克拿枪指了他的脑袋，俩人僵持的时候，宫本冒出来要和李白单挑，这时候狄仁杰李元芳也赶过来了
马克趁乱用拿到机关钥匙打开了大门，发现门内就是被封印的方舟核心，原来方舟就是整个长安城。
时间突然静止，钟馗在静止的时空中复原身体，关上大门，一切仿佛恢复如初。
至于程咬金，是个河洛名将。
达摩则是因为自己国家残破不堪。东土大唐来了个唐僧看起来道行很深，
达摩寻思着原来东方还有这么有智慧的人，那么，东方或许有能让自己国家重新活过来的办法，达摩往东而去。
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