在对战中要进行超级进化基本上有2个必要的条件。第1个条件是训练家身上带着的被称为钥石的特别道具，与宝可梦携带的对应超级石产生共鸣；第2个条件是宝可梦和训练家之间需存有深厚的牵绊。在《LetsGo!皮卡丘／LetsGo!伊布》中，超级石不需要携带，喷火龙和超梦可以自行选择超级进化的形态。主角与收服的所有宝可梦之间都存在深厚的牵绊，能够使自己的同行宝可梦进行超级进化。只有对应的宝可梦携带对应的超级石进入对战才能进行超级进化。与超级石不相对应的宝可梦，即使利用变身为对应宝可梦也不能进行超级进化。烈空坐是目前唯一不需要超级石就能进行超级进化的宝可梦，只需学会画龙点睛后就能够超级进化，因此它是唯一可以携带其他物品的超级进化宝可梦。但是携带了属性Ｚ纯晶的烈空坐不能进行超级进化。对战中NPC的可以进行超级进化的宝可梦在上场后会尽可能快地进行超级进化。
所有可以超级进化的宝可梦超级进化之后，其新名字都是在原名之前加上超级（日文︰メガ，英文︰Mega）。对于喷火龙和超梦而言，则再根据形态的不同，在名称后面加上Ｘ或者Ｙ。所有超级进化后的宝可梦的叫声最后都有回音。超级进化形态都没有性别差异。部分异色宝可梦超级进化后颜色会发生很大改变，例如异色耿鬼、异色沙奈朵和异色烈咬陆鲨。超级进化能极大激发宝可梦的潜能，因此某些宝可梦会变得冷酷无情*、暴躁好战*、充满破坏本能*，甚至有可能攻击自己的训练家*。超级进化后，宝可梦的种族值总和会增加100，ＨＰ不会改变*。由于超级进化属于对战中形态转换，游戏数据中能力、特性、属性都会改变，之前的变化会被覆盖。
在第六世代中，超级进化动画有两部分：1.训练家启动钥石与宝可梦的超级石共鸣；2.宝可梦被超级进化的能量覆盖全身进行超级进化。每次进入游戏后，主角首次在与对战宅第外的训练家角色的单打对战中，或者在与冠军对战中进行超级进化时才会出现完整版动画，其它时候都是只有第2部分的简要版动画。其他训练家进行超级进化时也全部都是简要版动画。第七世代起，超级进化的动画统一使用简要版动画。
超级进化每个训练家每场对战中只能进行1次。一旦超级进化就会始终保持这个形态，直到战斗结束或者陷入濒死状态为止。即使超级进化的宝可梦陷入濒死状态，这个训练家的其他宝可梦也无法超级进化，而且如果使用道具使该宝可梦脱离濒死状态，它会以未超级进化的样子出场而且不能进行超级进化。变身为超级进化的宝可梦不视为进行超级进化，不占超级进化次数。超级进化不需要消耗整个回合，在满足所有超级进化的条件之后，下屏会出现超级进化的图标，点击启动后再选择招式便可进行超级进化和攻击。如果选择超级进化的图标后直接返回菜单，超级进化的选项将会取消，因此无法在替换、逃走或者使用道具时让宝可梦超级进化。不能选择招式时也无法进行超级进化，而能选择招式却无法使用时则可以进行超级进化。如果宝可梦被自由落体抓到空中的话，回到场地上的那一回合虽然能够正常进行超级进化的操作，却无法使宝可梦成功超级进化。
在华丽现场大赛中沙奈朵超级进化
超级进化在双方替换宝可梦和使用道具之后发生，如果多只宝可梦在同一回合进行超级进化，则会按照速度判定超级进化的先后顺序。所有宝可梦都超级进化后，如果有宝可梦获得了入场时发动的特性，则会立即发动一次，发动的先后顺序按照速度判定。第六世代中，每回合的所有先后顺序依照回合最初时的状况判定；第七世代起，先后顺序依照即时的状况判定。超级进化宝可梦的友好度不会让它在对战中有特别表现。宝可梦在对战中进行了超级进化，对战结束后其原本拥有的离场时发动的特性依然会发动。例如自然回复特性的七夕青鸟即使在对战中超级进化，对战结束后也会自动解除陷入的异常状态。
在宝可梦华丽现场大赛的“表演审查”环节中也能进行超级进化。比起在对战中超级进化，除了要满足上述2个条件外，还需要在表演审查阶段让观众兴奋度在宝可梦表演后达到5★。满足条件后宝可梦会进行现场表演，将超级进化过程结合在表演中，并获得8分加分。
在对战外，通过无限之笛召唤的无限宝可梦会超级进化，即使当前游戏中并不存在携带对应超级石的无限宝可梦。
动画中出现的部分超级进化宝可梦
超级进化最早出现于超梦～通往觉醒的序章～，剧中觉醒形态的超梦即为超级超梦Ｙ，不过它不需要钥石和超级石。后来它又出现在神速的盖诺赛克特超梦觉醒中与盖诺赛克特军团对战。
在抵达卡洛斯地区！梦想与冒险的开始!!中，小智在机场看见了一只神秘的宝可梦，那就是超级进化后的火焰鸡。在下一集中，超级火焰鸡救下了从棱镜塔掉下来的小智和皮卡丘。
在超级进化与棱镜塔！中，布拉塔诺博士提到他和助手们正在研究超级进化，此时出现了超级电龙和超级喷火龙Ｘ的剪影。
在冠军卡露妮登场！雾中的超级沙奈朵!!中，卡露妮的沙奈朵超级进化成超级沙奈朵，并击退了火箭队三人组。
可尔妮和她的爷爷可可布尔各有一只能超级进化的路卡利欧。可尔妮的路卡利欧在路卡利欧对火焰鸡！试练的洞窟!!初次进行了超级进化，在精练之塔！超级进化的历史!!则讲述了可可布尔的祖先和路卡利欧如何发现钥石及路卡利欧进化石，并发生了首次的超级进化。
在互相呼喊的心！前往波导的远方!!中，超级电龙在可尔妮的幻想中出现。
在超级路卡利欧对超级大嘴娃！超级进化的牵绊!!中，梅普露有一只能超级进化的大嘴娃，它战胜了可尔妮的超级路卡利欧。
在破坏之茧与蒂安希中，雁铠的超级巨钳螳螂和卡露妮的超级沙奈朵进行了对战。之后出现了超级蒂安希。
在特别篇最强超级进化～序幕～中，主角艾岚带着喷火龙（超级喷火龙Ｘ）以成为最强的超级进化训练家为目标而旅行，他挑战了绚香的超级阿勃梭鲁、路易的超级烈咬陆鲨、及四天王志米的超级水箭龟，其中只有对志米一战吃了败仗。同时在本片片头，出现了《Ｘ／Ｙ》中所有的超级进化宝可梦。
在特别篇最强超级进化～第二章～中，艾岚从卡洛斯地区前往丰缘地区，并在那遇见了大吾，与他的异色超级巨金怪进行对战，中途出现了弗拉达利，似乎与艾岚有什么关系。随后他们在遗迹让烈空坐觉醒了，还超级进化成超级烈空坐。同时在本片最后，出现了《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中新增的超级进化宝可梦。
在特别篇最强超级进化～第三章～结尾，艾岚的超级喷火龙Ｘ在对战中打赢了一只超级班基拉斯。
在被盯上的超级进化！烈咬陆鲨的牵绊!!中，布拉塔诺博士首次让他的烈咬陆鲨进行超级进化，打败了火箭队。
在光环的超魔神胡帕中，由胡帕召唤来的拉帝欧斯、拉帝亚斯和异色烈空坐进行了超级进化，不过它们也不需要钥石和超级石。
在特别篇最强超级进化～最终章～中，艾岚跟十位拥有超级进化宝可梦的训练家对战。最后一位是有超级黑鲁加的四天王帕琦拉。
在超级差不多娃娃VS超超极机器喵!!中，出现了乔伊的超级差不多娃娃。
在小智版甲贺忍蛙VS超级暴雪王！发动巨型飞水手里剑!!中，得抚的超级暴雪王被小智的甲贺忍蛙打败。
在卡洛斯联盟开幕！超级喷火龙Ｘ与Ｙ的对决!!中，多罗巴在密阿雷大会中派出超级喷火龙Ｙ与艾岚的超级喷火龙Ｘ对战。
在超级蜥蜴王对雷丘！我要学到许多的经验!!中，翔太的超级蜥蜴王进行初次超级进化，与提耶鲁诺的水箭龟和雷丘对战。
在波尔凯尼恩与机关人偶玛机雅娜中，姬美雅拥有异色超级沙奈朵，贾维斯拥有异色超级耿鬼。贾维斯还发明了超进化波，能够忽视宝可梦与训练家之间的情谊，强制性地让好几只宝可梦超级进化。
在冲击的基格尔德对基格尔德！崩毁的世界!!中，显示弗拉达利有一只异色超级暴鲤龙，最终在巨石开始进攻！卡洛斯的防线!!被打败。
在道馆对战！Ｚ招式对超级进化!!中，小刚的大钢蛇的小霞的暴鲤龙进行了超级进化，并分别与爆焰龟兽和皮卡丘对战。
在光辉与黑暗的棱镜，其名为奈克洛兹玛！中，出现了葛兹的超级波士可多拉。它击败了库库伊博士的勇士雄鹰以及扎奥博的胡地和引梦貘人，但之后它被库库伊博士的炽焰咆哮虎击败。
在玛奥与水莲！友情的全力对战!!中，伊利马和古兹马进行了16进8的对战比赛，选择了超级袋兽对抗古兹马的巨钳螳螂，并成功让袋兽完成了超级进化。
在生命力爆发的对战庆典！VS超级路卡利欧!!中，她再次派出路卡利欧，并让其进行超级进化。尽管超级路卡利欧展现出非比寻常的强大实力，但在一番激战过后，超级路卡利欧还是先一步倒下，惜败于快龙。
Ｚ招式是由训练家发动自然之力“Ｚ力量”让宝可梦的招式增强为强劲的特殊招式。该招式的威力远比目前为止宝可梦的招式强劲得多，但是会对训练家和宝可梦造成极大的负担，因此每场对战中只限一次。在《究极之日／究极之月》中，训练家可以借助Ｚ洛托姆之力多使用一次Ｚ招式。
攻击招式变为Ｚ招式后，按宝可梦使用范围可分为两种：第一种是包括了使用范围为各自招式的属性，所有学会该属性招式的宝可梦皆可使用的泛用Ｚ招式，例如绚烂缤纷花怒放、超强极限爆焰弹等；另外一种则适用范围限定的宝可梦，例如卡比兽的认真起来大爆击。属于全力攻击的Ｚ招式，对手即使是守住状态也无法全部防护，会受到等同于原本14的伤害。
变化招式会借助Ｚ力量在原来招式效果的基础上增加新的效果。新增的效果包括提升自己的能力和回复替换的宝可梦的ＨＰ等，不同的变化招式拥有不同的Ｚ力量效果。
为了发动Ｚ招式，训练家必须把镶嵌Ｚ纯晶的Ｚ手环或Ｚ强力手环环戴自己手腕上，透过让宝可梦携带和嵌入了的Ｚ纯晶同一种类的纯晶，会产生共鸣。使用Ｚ招式的条件是宝可梦须学会和Ｚ纯晶对应的招式，并且携带着Ｚ纯晶。攻击招式的Ｚ招式与一般的招式相比拥有极大的威力，但也会失去所有正面或负面的招式附加效果。同时，按原有招式的威力高低，变成Ｚ招式后的威力亦会有所不同。
动画中发动Ｚ招式的条件与游戏稍有不同，宝可梦只需学会对应的Ｚ纯晶属性的招式，并不需要携带Ｚ纯晶。训练家将镶嵌Ｚ纯晶的Ｚ手环佩戴在手腕上，再跳出对应的舞步，训练家、Ｚ纯晶、宝可梦三者产生共鸣，就可以让宝可梦使出相应的Ｚ招式。在大量出现中！皮卡丘山谷!!中，火箭队三人组发现，如果能够保持使用Ｚ招式的姿势，则Ｚ招式的力量可以一直保留而不会消失。使用Ｚ招式时，部分宝可梦会根据训练家的舞蹈跳出相应的舞步，与训练家同步跳出。
目前动画中还未展示过的Ｚ招式的有：强酸剧毒灭绝雨、至高精神破坏波、可爱星星飞天撞、驾雷驭电戏冲浪、起源超新星大爆炸、炽魂热舞烈音爆以及焚天灭世炽光爆。
精灵宝可梦特别篇中的Ｚ招式首次出现于研究！招式博士库库伊！。丽姿和默丹在对战中使用了毁天灭地巨岩坠与黑洞吞噬万物灭，不慎将一旁的哈拉击飞，幸好被穿着熊所救。哈拉对此表示庆典舞台通过了强度测试。
在乱入！破坏者古兹马！和决赛！意外的结果！中，昇阳在全力庆典的比赛中伤到了左手。满月使用强颚鸡母虫的丝线帮他治疗，并使用昇阳之前捡到的“细长的石头”光辉石进行固定。昇阳在全力庆典的决战中，在无意中凭借光辉石让元使出了Ｚ招式。此时昇阳手腕上的光辉石看起来就像一只Ｚ手环一样，从而能让昇阳使出使出Ｚ招式。
后来在乱舞！炎之全力之姿！中，根据卡奇的说明，Ｚ招式需要在“Ｚ手环”、“Ｚ纯晶”、“全力姿势”三个条件备齐下才能使出。昇阳在学会了全力姿势，并且拥有了完整的Ｚ手环之后，让元使出了完善的超强极限爆焰弹。
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