过去某一天，一群疯子发动了一场全球性的核武战争。
现在离战争结束已经过了20年。人们在在核能未涉及的地方建立了移动要塞都市。第25年一种半生命体半机械的巨大生物——“叫龙”出现了。其主要目标是高纯度能源并袭击人类
过了不久，人们发现了岩浆能源。以这些能源为基础发明了FRANXX（弗兰克斯）
来对抗“叫龙”。
在一场有“Gutenberg”级叫龙的战役中，被誉为人类最强兵器的“000”失去了消息。
在15年前，有人曾见到他出现在某个“种植园”的实验室中，带走了一个三四岁粉头发的女孩。当战斗部队找到女孩时，女孩在一颗参天的樱花树下熟睡着。在时间的长河中，“000”成为了“大人”（在世界中进化的人）忌惮的存在不向“孩子”们提及。就这样，“000”淡出了人们的视野。
15年后的今天，一个身着蓝色长袍的青年来到了13都市的外面。都市设置的防护罩对他毫无作用，就这样青年旁若无物的进入了13都市。一阵风吹过，青年身上袍子帽兜向后吹下，青年用手扶住帽兜，依稀见到青年头上有着两个青色的突起物。
突然一阵沙尘刮过，青年消失在了原地
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