宁志远还对各级部队做出了一定的调整，除三旅六团外，各师还直属炮兵团、辎重营、装甲骑兵侦察营、警卫营、防空营、装甲营、通信营、工兵营、医疗营、宪兵连，第五骑兵师所属炮团为装甲炮兵团、侦察营为装甲侦察兵营，且不辖装甲营，步兵师满编后每师约25800人至26500人，骑兵第五师满编后约23400人！
师属炮兵团辖三个12门的九四式75MM山炮的山炮营、一个12门105MM榴弹炮的榴弹炮营；装甲骑兵侦察营辖两个骑兵侦察连（每连120名骑兵）、两个装甲侦察兵连（每连装备八辆通用装甲车、四辆多功能步兵战车、两辆LT-38坦克、十二辆挎斗摩托）、一个支援连（装备六辆自行火炮，暂时没有自行火炮，以三级自行防空炮代替）；防空营装备6门105MM防空炮、6门40MM双联装防空炮、六门20MM双联装防空炮）；装甲营辖四个17辆LT-38坦克的坦克连、一个维修连、一个支援连（拟装备六门自行火炮，暂以三级自行防空炮代替）。
旅辖炮兵营、侦察连、警卫连、反坦克连、防空连，每旅约6200至6500人，炮兵营装备12门九四式75MM山炮；反坦克连装备12门KwK38型37MM反坦克炮炮；防空连装备六门40MM双联装防空炮。
步兵团辖三步兵营、团部连、反坦克连、勤务连，每团约两千四百至两千五百人，团部连装备六门九七式90MM迫击炮或六门九四式75MM山炮（以后视部队作战性质，增加六门105MM榴榴炮、120MM迫击炮、76.2MM加农炮，也就是说团一级的炮火竟然达到了五种之多）、四门双联装20MM防空炮；反坦克连装备12门KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26轻机枪（后换装MG-34、MG-42）。
步兵营辖三步兵连、火器连、营部连，每营约650至700人，火器连装备六门米国M-1式81MM迫击炮（原来部队普遍反应原本营一级装备的重达一百七十多公斤的九七式90MM质量过重，不利于步兵营快速机动，朱正刚等人建议换装一款80MM口径的迫击炮，宁志远遂解锁了米国M1型81MM迫击炮，这款只有六十一公斤的迫击炮拆开后三个后可以拿着满山炮，很适合步兵营）、九挺马克沁重机枪（后易M2HB型12.7MM高平两用重机枪）；营部连装备3门KwK38型37MM反坦克炮、四挺捷克ZB-26轻机枪（后易MG-34、MG-42）。
步兵连辖三步兵排、机炮排、连部，每连约150人，机炮排排取消掷弹筒编制，装备三门M2型60MM迫击炮，三挺捷克式轻机枪（后易MG-34、MG-42）。
步兵排三十八人，辖三班，每班十二人，包括一个二人机枪组，一个狙击手，一名班长，一名副班长，七名步兵。二人机枪组装备一挺捷克ZB-26轻机枪（后易MG-34、MG-42），副射手使用M1931冲锋枪，狙击手使用毛瑟98K狙击步枪，正副班长使用M1931冲锋枪，步枪手使用M1加兰德步枪，机枪主射手、狙击手、正副班长每人一支M1911手枪。
这只是上报军事委员会的编制，除此之外，新二军还将统辖两个补充旅、一个教导旅、一个重炮旅、一个辎重旅、一个独立骑兵旅，装甲团、警卫团、装甲侦察团、工兵团、宪兵团、防空团、通信营、军属野院各一个，四个基地守备营以及四个要地防空营。
按照此时国民政府保安团的普遍编制，一个团只有区区数百人，但是这显然满足不了宁志远，在他眼中，保安团可不只是保障地方治安的民团性质部队，而是正儿八经的作战部队，主力远征后需要负责西北的安全，如果需要，甚至要随时整编为正规军，走上不久后的抗日战场，所以委员长给的二十个保安团，宁志远打算全部按照正规军编制来组建，只是在炮兵数量上略少，每个团的人数在两千人左右。
除上述各部外，另组建有一个未公开的军事情报处，军事情报处有生化特工三百余人，普通人约一千余人，目前主要活动在西北、华北，慢慢会延伸到华中、华南，乃至整个种花家、全球。
照这个编制的话，新二军及保安司令部总兵力将达到二十万人，而宁志远目前只有生化士兵三万余人，完成整编俘虏、起义部队一万五千余人，未完成整编俘虏及起义人员约两万，招收新兵一万一千人，即使这些人俘虏、起义人员和新兵全部编入部队，亦仅有七点六万人，还有十二万人的巨大缺口，即使宁志远有生化军营存在，也需要两年多的时间才能补满这个缺口！
宁志远只能寄希望于在西北征召普通人从军，此外，等到委员长遣送的灾民到达西北后，应该也可以从那里面召到许多新兵，毕竟对那些活不下去的灾民而言，从军不失为一条活路，再配合生化兵营的生产，应该可以在最短的时间内完成满编，在此之前，宁志远只得暂时停止组建保安团，每个旅也暂时编成一个团，军直属部队先编组警卫团、装甲侦察团、工兵团、宪兵团、、通信营、军属医院、四个基地守备营、四个要地防空营，至于其余部队，只能暂时先搭一个架子在那儿！
对于各部的驻地，宁志远也做出了安排，按照他的计划，未来独立师将驻宁厦、庆阳、平凉，三十五师驻菁海，一百师驻甘粛西北等地，骑兵第五师驻阿拉善。
军队的事情安排了，宁志远又对行政长官作了安排，宁厦省政府主.席由他本人兼任，菁海省主.席由朱正刚代理，陇北行政公署主任颜清，各级政府机构中，亦以大量中级、普通间谍为主，整个西北实际上几乎是实行的军管，这虽然会一定可能的影响当地百姓的生活，但这也是宁志远的无奈之举，谁叫他没有办法找到合格的行政管理人才？当然了，军管实际上也有好处，比如实行了军管，宁志远就可以调动整个西北的力量，往同一个方向努力，能够按照他的意愿在最短的时间内组建起一支强大的军事力量，能够集中西北所有人的力量去改善百姓的生活状况、改善教育、医疗、就业、道路状况等等！注：陇北行政公署实际上就是宁志远依靠委员长给他的西北军政公署而成立的统治甘粛西北部及庆阳、平凉等地的机构，名义上听从甘粛省政府领导，但实际上处于宁志远的控制之中。
各地警察局也和政府部门一样，一律去芜存菁，又加入一批生化士兵，既增加了警察部队的战斗力，还使警察从个别权贵的谋取私利的工具向真正保卫百姓生命、财产安全，维护地方治安的治安部队转变。
九月四日，第三座发电厂在玉门建设成功，机动基地车立即重置，变为车辆行态，在刚刚抵达玉门的第四基地守备营的保护下驶向西宁（第三基地守备营留玉门保护自动钻油井、自动炼油厂、火力发电厂等设施），幸亏钻油井和炼油厂耗电量很低，依靠发电厂内部配给的燃料也能够坚持很久一段时间了，不过燃料的问题依然存在！好在发电厂还可以直接以原油来作为燃料，宁志远对比了一下，发现用原油发电竟然比煤炭还便宜，如果加上从银川将煤炭运往玉门的费用，使用原油将更加的划算，当然了，种花家严重缺乏原油，而煤炭资源则很丰富，所以如果可能，他还是更愿意以煤炭为发电厂的燃料，就如同尽管他知道原油的回收价格几乎是普通煤炭的四倍，他还是情愿回收煤炭以换取资金一样，不过眼下嘛，一旦发电厂内燃料耗尽，他也只能暂时以石油作为玉门发电厂的燃料了，等到他的运输能力上来，再由银川等地运送煤炭前往玉门，替代宝贵的原油。
同日，四百八十七名被处枪决的原马家军官后和独立师获罪官兵被押上了银川、西宁、固原、武威等地的刑场，提前一天得到消息的西北百姓纷纷涌向了最近的刑场，他们要亲眼看到那些恶贯满盈的人被枪毙，以告慰他们死难的亲人和受到迫害的亲人！
西宁南山脚下，安立绥、马思融、马瑜等四十五名穿着囚衣的官兵被宪兵押了上去，数以万计的百姓看到这些昔日高高在上的人一脸死灰，如死狗一般从他们身边拖过，不由得激动的大喊大叫起来，“杀了他们”的呼喊声不绝于耳，如果不是宪兵把他们和罪犯隔开，恐怕他们早就冲上去，用牙齿将他们嘶咬成了碎片，然后和血吞下。
昔日威风无比的安立绥听人听到周围那阵阵喊杀声，一股温热、臊臭的液体浸湿了裤裆，双脚仿佛失去了骨头一般，不要说走路了，站都站不稳，只能由宪兵架起来拖到行刑之处，四十五名即将被执行枪决的罪犯全都被反绑着双手跪在百姓面前。
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