最先研究超神基因工程的是神河星系的大发明家丁格黑。他创造了目前最伟大的时光神。
丁格黑与时光神把超神基因的科学理念带给了宇宙所有其他文明，并建立了超神学院。而超神基因工程的先决条件是，该文明已经经受过核洗礼，并且有了初步的进化和科技知识。
最重要的两个科技理念是：微型虫洞运载技术，和暗能量/物质解密技术。
所以超神学院在德诺星系文明、神河文明等在各大已知高科技文明中都有建立。
但文明无论如何发展，越是接近顶端，就越会遭遇到科技瓶颈，那便是虚空世界。现有一切科技理论都无法解释和理解的世界，甚至能颠覆所有现代以及未来科学。但文明接触到虚空世界后，就开始面临终极恐惧。
历史篇
【起源】
在浩瀚无垠的宇宙当中，有一个凌驾于现所有已知文明之上的地方——神河星系，而拉开故事序幕的是生活在这里的一位发明家，他的名字叫做丁格黑。
当文明等级达到一定高度的时候，并不会再仅仅局限于自己已知领域的探索，他们慢慢把目标转向那个神秘的未知世界。而一直致力于宇宙探索，随着研究深入，对于所在星际之外那个无穷无尽的黑色世界，他一次又一次从心底泛起阵阵的无力感，如果自己没有上万甚至百万千万的寿命，能探索到的成果基本是微乎其微，所以他做出了一次科学领域上的探索转折——基因工程，目的是创造出能够生活万年，百万年甚至上千万年的人种，可能只能创造出极少数，但也只有这样的人才能够有足够的时间和精力去探索宇宙，而这些人，在后来自诩为神。
丁格黑是提出“超神基因工程”理念的第一人，他希望能够发动起宇宙中接近“已知宇宙文明等级”的星系一同联合起来翻越这个科学屏障。然而，在计划即将实施的时候，不知名的原因，所在星系的所有恒星、行星突然加速聚变，而最后一刻，丁格黑却选择了和神河星系一同湮灭，从此成为宇宙历史长河中的一个神话。
作为丁格黑毕生最伟大的发明——时光神（基兰），星际的毁灭让他领悟到，无论文明如何的高度发展，都避免不了这种被湮灭的命运。这是他第一次正面接触到终极恐惧，一种已知的所有科技都解决不了的力量，甚至无法触摸而遥不可及的力量。丁格黑死后，基兰才开始踏上了宇宙旅行。
在游历宇宙的时候，基兰选择性的在其他高等级文明星球上建立据点——“超神学院”。试图通过这个载体，把神河文明的先进技术和道德理念，以及之前那种体会到的星际文明湮灭恐惧感和防范带给相对年轻的世界。其中，就有“超神基因工程”一些最重要的科技理念，比如微型虫洞搬运技术，宇宙中暗能量和暗物质揭秘技术。当然，建立“超神学院”的先决条件是，这个高等级文明上除了有初步的进化和科技知识，还要经历过核洗礼。
所以，除了最先的神河星际，在德星、诺星、烈阳星等一系列高度发展的星系上也先后出现了超神学院。
在刚开始的时候，这些星球的统治者们对于基兰所宣扬的丁格黑那些科技理念，无不啧啧称奇，他们没有傲慢，嫉妒，暴怒，懒惰，贪婪，贪食以及色欲，而仅仅是，出于对自己星系一切的热爱，去学习去保护。
直到这么一天，和平的契约被打破……
【发展】
落后永远是暂时的，更不用说那些本身就屹立于宇宙文明中顶端的星系，随着基兰建立的超神学院根深蒂固深入人心，这些星系的科技文化再一次得到质的飞跃，但是，无论文明如何发展，只要越是接近金字塔顶，就更加的要面临科技的瓶颈，那便是虚空世界——所有已知文明拥有的科学技术加起来都无法解释和理解的世界，丁格黑曾预言过，如果在未来的某天这个潘多拉魔盒被人开启了，那么现代以及未来科学都将面临一场革命性的颠覆。
超神学院的高层们突然发现，伴随而来的，还有那个慢慢靠近这些文明的黑色气氛——终极恐惧。为了应对这个最大的挑战，他们开启了“造神计划”。核心内容分别是：点亮黑暗的光——太阳之光、划破恐惧的剑——德星之力、披荆斩棘的斧——诺星之手。
这巨大的造神工程，分别给三个第二文明等级星系（烈阳星、德星、诺星）揽下，三个星球倾尽人力物力，开始了一场军备竞赛，耗时数千数万年之久。
烈阳星统治者在进行“太阳之光”研发的时候，带着个人欲望，加入了不少负面情绪的破坏力量，还有对所在恒星所具有的能量进行支配，将整个太阳系纳入支配之下，太阳神就此诞生。而烈阳星人拥有了毁灭一个星系的能力，也是唯一的一个。
诺星则是显得中规中矩，传统高效的管理秩序和氛围让他们顺利的进行着“诺星之手”计划，并且制造出了终极武器。
德星在致力于“德星之力“开发的时候面对文明发展的瓶颈，他们需要的是接触终极恐惧，因为设计理念是创造出一把能够撕裂终极恐惧的剑，还有找到能够驾驭这把剑的超级战士。
然而，在德星已经摸到突破技术瓶颈的关键时刻，一场突如起来的战争爆发了……
战争结束后，德星生灵涂炭遭受灭顶之灾，而烈阳星球则被劈成了两半，至于诺星则是元气大伤……
【不是结局的开始】
一千年前，杜卡奥带着“超神基因“来到了地球，在一次偶然的情况下认识了流浪瑞兹，两个人悄悄将”超神基因“融入部分人体中。
由于地球太过年轻，杜卡奥和瑞兹等人的计划是等到10000年以后——当地球文明等级能够发展到成为银河系主人的时候，让那些人选最终能够成长为抵抗终极恐惧甚至其他外来威胁的新一代超级战士。就这样，他们百无聊赖的等待着，直到卡尔带着时光神的大时钟突然出现……
地理篇
【神河星系】
位于宇宙次生物文明中金字塔塔顶，开始着手于暗能量、暗物质的解析，“超神基因工程”的起源，并在后来由基兰将丁格黑这一理念传播到其他宇宙文明。
扩展：宇宙中很多文明已经进入了“基因工程时代”，而神河文明传播的是更发达的“造神理念或者超神理念”更为先进的技术。类似于地球上，发达国家帮助发展天朝家建立/恢复科技这一举动，并同时建立质询，灌输道德理念。
【超神学院】
作为“神河文明”向其他已知文明传播交流的载体，这是一所由基兰建立并代表着丁格黑意志理念的学校，当星球文明发展到一定程度（经过核洗礼并且接近第二文明等级），便奠定了建立的初步基础。
扩展：根据进化论，适者生存，优胜劣汰。核洗礼后，生物可能会灭绝，但是少数生存下来的高等生物那种求生渴望会让体内的基因变得更强，核能量辐射遍布整个世界，无论用怎样的秩序，也改变不了面临一次又一次核战争的事实。当这些星球上的高级生物了解到这个最终都无法避免的事实之后，认为只有当基因超越了核辐射（核能量免疫），才是最终避免核威胁的办法。而已知文明中神河文明就率先解决了反核辐射的科技。
【德星】
生存在这个星球上的人类对于自己的星球极具归属感，常常高呼“德玛西亚”以表示对自己统治者的拥戴，严谨细实的态度和刚正不阿的精神烙印在这个星球的每一个人身上，造神工程中负责“德星之力”计划，研究进展不明，被太阳神毁灭。
扩展：星球毁灭后血脉遍布宇宙，而且一些还在宇宙中漂流，但他们的皇室血脉则是出现在地球。
【诺星】
整颗星球都弥漫着军国主义色彩，空气中都是庄严的气息，统治者直至整个上下阶层都为自己森然有序的社会氛围感到自豪，物质和精神的双方面强大让这个星球的人无所畏惧，热爱战争和军备竞赛，造神工程中揽下“诺星之手”计划，成功的标志是创造出了终极武器——黑暗切割。
【烈阳星】
这是颗有着极其古老文明的星球，每当恒星进入衰竭期，也就是烈阳星的恒星日渐枯萎的时候，烈阳星人就面临无数巨大的灾难，在经历一次次恒星衰竭的变故之后，星球上的人口越来越少，但是体内的基因却越来越强，对于恒星的研究和控制也是变得越来越深入，以至于在所在星系中对恒星领域研究的遥遥领先其他星球，也就是这个原因，他们可以接下造神工程中的“太阳之光”计划，而也进一步把控制恒星的科研成果与人体基因学相结合，诞生了“太阳神”，已知文明中唯一一个掌握了毁灭恒星以下级别的星球。
【地球】
除了这个星球的原住民以外，似乎夹杂着越来越多的外来“人种”，外表兴许与地球人没有多大差异，或者兢兢业业或者安居乐业，随着虫洞和卡尔萨斯的出现，似乎平静的只有正常的人类世界而已。
扩展：虽然这个星球暂时处于“核发展”阶段，但是一千年前杜卡奥的到来，还有之后的外来入侵，超神学院提前出现了。
文明篇
【主生物文明】
行星等级。
此等级的文明所掌握的科学技术可以完全掌控他们星球上的一切可利用资源，以及一切事物。可以说是星球上的绝对主宰，并且经历过核洗礼，统治阶级自身基因有了一定程度进化。
动漫中设定的地球正在向这一文明等级过渡。
【已知宇宙文明】
恒星等级。
此等级比第一文明等级更进一步，这个级别的文明可以充分利用他们星球附近恒星的能量，并且完全纳入支配之下。他们在所在恒星系内的各个行星上自由生活活动，并且已经解决了能源问题，能够高效的利用恒星上无穷无尽的能量。
动漫设定中的“德星”、“诺星、”烈阳星“（三个星球在同一个星系）属于这一阶段，其中烈阳星在恒星能量利用支配上遥遥领先。
【次生物文明】
星系等级。
顾名思义，这个程度的文明已经不局限于所在的恒星系，而是整个星系内所有的恒星能量，他们的文明发展程度已经超出想象，能够在所在的星系内自由移动。
动漫中设定的“神河星系“就是第三等级文明，但在向第四等级过渡的时候遭受不知名原因，整个星系的星体一同爆炸，神河文明湮灭。
【未知宇宙文明】
宇宙等级。
未解密，不知道发展到这个文明等级的生命体进化到何种程度。
动漫中设定的“无尽虚空“属于这一范畴。
文明等级划分
【0级文明-创世者】能够随意地旅行于各种宇宙，
超神学院
超神学院(5张)
随意的创建和改造生物和生态链，掌握并能使用于多维度的科技，已知达到该科技水平的种族有：①先驱者光晕，②宇宙联盟半条命2，③但可瓦什人自由枪骑兵,归零者三体,魔眼人三体等等。
【1级文明-星系群主宰者】拥有完善的空间跳跃系统和完善的人工智能（AI）系统，拥有极高的建造能力，可以创建星球级别的建筑物（例如戴森球）。已知达到该科技水平的种族有：①先行者光晕，②先祖家园2，③Xelnaga星际争霸,歌者三体,边缘人三体,维度海洋三体,魔戒墓三体等等。
【2级文明-高阶星系文明】拥有准确快速的空间跳跃系统，高度自动化的工业生产和能量供应，拥有稳定成熟的人工智能系统，使用能量武器和能量护盾.已知达到该科技水平的种族有：①瓦肯人、克林贡人星际迷航，②银河帝国星球大战，③星盟光晕，④星灵、虫群、人类星际争霸,三体人三体等。
【3级文明-中等星系文明】进入中等星系文明的种族可以使用基本的空间跳跃系统来旅行于各恒星系，使用非制导的轨道兵器，拥有通过上传宿主思维制造的人工智能系统。已知达到该科技水平的种族有：①UNSC光晕，②洪魔光晕等等。
【4级文明-初级星系文明】进入初级星系文明的种族拥有高度发达的初级工业化水平，能够有效的利用原子层面的能量(就是核能)来代替化石能源,以及尚不具备足够实用化水平的人工智能，但是可以使用简单的空间旅行装置进行恒星系内的旅行，还可以建造人工的空间站和进行简单的行星成土作业。已知达到该科技水平的种族有：①当代人类核前文明。
【5级文明-行星文明】进入行星文明等级的种族能利用简单的机械能，使用化石能源，能从分子层面控制和改造自然。已知达到该科技水平的种族有：①初级工业化水平的人类。
【6级文明-封建/帝制/原始/混乱】所有未分类级别的种族，低于工业化水平的种族或者不能产生文明的种族统称为6级文明。
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