某个阳光明媚的上午，小智三人终于抵达了百代市，百代市是将过去联系到今日的城镇。
小智也没有着急去百代道馆挑战，而是先是去了一趟宝可梦中心。
然后三人围着百代市转了一圈，在百代市的东边，看到了伫立在那里的两个大大的雕像，就是帝牙卢卡和帕路奇亚，掌管时空的二神。
接着去往百代历史博物馆参观了一番，见到了收藏在那里的金刚宝珠，而且小智也看到了“时空之塔”的模型。
值得一提的是，他们在博物馆碰到了尚志先生，原来尚志先生昨天挑战了百代道馆得到了徽章，现在则是来博物馆丰富历史文化知识，提高个人素养，尚志先生目前有一个徽章和一个缎带。
尚志先生也向小智他们讲述了神奥地区的创世传说。最初始所存在的只有混沌与波动而已，一切混杂在一起，由中心诞生出了最初之物，最初之物创造了两分身，时间开始转动运行，空间开始扩张延伸，其后，又由自己身上诞生出三条生命，两个分身一祈祷，诞生了称为物之物，三条生命一祈祷，诞生了称为心之物，因为世界被创造出来，所以最初之物便就此沉眠。
小智知道那个最初之物是阿尔宙斯，两分身就是帝牙卢卡和帕路奇亚，三条生命则是湖之众神三圣菇，不过小光和小刚听后一头雾水，不太懂，小智也没有多做解释，有些事情还是越少人知道越好。
中午，大家回到宝可梦中心吃过午饭后，稍微休息了一会儿，然后小智就带着小光和小刚来到了百代道馆。
走进百代道馆后，就有一位带着眼镜，身穿紫色运动衣的大姐姐接待了小智他们，她旁边跟着一只长鼻叶，应该就是之前在百代森林给菜种递消息的长鼻叶。
“哇，百代道馆里面种满了树木和草啊。”一路直接来到了对战场地，小光就看到对战场地几乎是被绿色圈起来的了，而且上面顶棚也是开着的，阳光铺洒下来，和之前的岩石道馆光秃秃的场地形成非常鲜明的对比。
“不愧是草系宝可梦的道馆啊，的确是非常优良的地方。”小刚点评说。
“小智，欢迎来到百代道馆。”菜种也从旁走了出来，和小智打招呼，“今天是适合道馆战的天气，来进行一场大家都不后悔的战斗吧。”
“好的。”
“现在开始进行挑战者真新镇的小智和道馆训练家菜种的道馆比赛，使用的宝可梦是三只，当有一方的三只宝可梦全部失去战斗能力的时候，比赛即为结束，比赛中只有挑战者可以交换宝可梦，比赛开始。”话不多说，双方站好对战位后，裁判宣布比赛开始了。
“去吧，樱花宝。”
“哇，好可爱啊。”看到菜种派出的樱花宝，在观战席为小智加油的小光开心的说道，的确小光是比较偏爱可爱类型宝可梦的人，樱花宝和波加曼、卷卷耳、帕奇利兹完全可以说是同一种小巧可爱类型的宝可梦了。
“雨翅蛾，决定是你了。”小智派出了雨翅蛾，是他上午在宝可梦中心临时交换来参战的，雨翅蛾一出场就发动了威吓特性。
“樱花宝，大晴天。”
“触发叶绿素吗，雨翅蛾，黏黏网。”
樱花宝头顶上的绿色叶片发出几条光线曲折着打向空中，天气变为了大晴天，樱花宝的特性叶绿素发动，速度翻倍；雨翅蛾嘴中吐出几张黄绿色的网子，打到了樱花宝的四周，而后网子隐于四周，对樱花宝没有任何作用。
“樱花宝，日光束。”
“避开，冰冻之风。”
雨翅蛾之前传回大木博士研究所可不是去享福的，它是去向其他宝可梦学习的，小智的可以飞的宝可梦都是可以完美避开这种直线条的攻击的，小光都可以让波加曼旋转来闪避，更别说小智这个利用风压和气流的大师了。
雨翅蛾乘着日光束打来所带起的高强气流飞上空中，反身就是大片蓝色寒气风暴，樱花宝身上有些许冰霜，速度被降低了，效果拔群。
“雨翅蛾，空气斩。”
“樱花宝，避开，魔法叶。”
雨翅蛾上空快速聚集一颗风暴能量，打出途中变为一片刀刃，不过虽然樱花宝速度被减了一级，但是叶绿素的翻倍还是生效的，樱花宝直接就闪了过去，必中的魔法叶也打中了雨翅蛾，不过，雨翅蛾对草系技能四倍抵抗。
“冰冻之风。”看到空气斩无法命中，雨翅蛾再次发出冰冻之风，大面积的寒风，樱花宝无处可躲，效果拔群，速度再次被减，叶绿素的速度加成已经被冰冻之风完全抹掉了。
“樱花宝，再一次魔法叶。”
“空气斩。”
面对泛着绿光的叶片，可以划破天空的空气刀刃直接全部切断，随后打中了后面的樱花宝，效果拔群。
“樱花宝失去战斗能力，雨翅蛾获胜。”
“樱花宝，辛苦了；干的不错，小智。”菜种收回了樱花宝，“上吧，草苗龟。”之前见过的草苗龟上场，不过草苗龟一上场，四周就出现了黏黏网粘在草苗龟身上，草苗龟速度被减。
“菜种小姐的宝可梦速度都不是一般的快，所以我特地让雨翅蛾使用了黏黏网，雨翅蛾回来吧，姆克鸟，就决定是你了。”同时小智也换棒姆克鸟出场，姆克鸟同样是威吓特性，草苗龟攻击被减。
“草苗龟，寄生种子。”
“影子分身，燕返。”
草苗龟头顶上的枝条发出一颗种子，姆克鸟则是迅速分出许多的分身，种子从一个身影穿了过去，只是落到了地上，而后姆克鸟带着分身一起冲向了草苗龟，直接命中，把草苗龟撞飞了出去，效果拔群。
“草苗龟，撞击。”
“姆克鸟，再一次燕返。”
草苗龟一个后蹬，虽然速度被减，但是依旧不慢，姆克鸟也冲了过去，就在两只要对撞的时候，姆克鸟一个变向，从草苗龟身侧穿过，一个回转，从后方把草苗龟再次击飞，效果拔群。
“草苗龟，飞叶风暴。”
“姆克鸟，烈暴风。”
草苗龟发出大量的叶片形成绿色风暴，姆克鸟这边也快速的扇动翅膀，无色风暴形成，两边风暴在中间对拼着，互不相让，最后消散，而飞叶风暴副作用发动，草苗龟特攻大幅下降，如果再一次对拼，姆克鸟就绝对会获胜了。
“草苗龟，咬住。”
“燕返。”
“草苗龟失去战斗能力，姆克鸟获胜。”这一次的对拼，草苗龟再次中了效果拔群伤害后，下场了。
“进化成姆克鹰了，太好了。”“皮卡~。”而打败了草苗龟后，姆克鸟进化为了姆克鹰，发型鸟上线，威风凛凛，小智、皮卡丘高兴的和姆克鹰庆祝进化。
“小智，你的姆克鹰实力真的很强，但是我不会轻易把徽章交出来的，上吧，罗丝雷朵。”黏黏网生效，罗丝雷朵速度被减。
“罗丝雷朵是我很喜欢的宝可梦。”小智看着对面的罗丝雷朵想起了自己的罗丝雷朵，每个人总会有偏爱的宝可梦，罗丝雷朵就是小智来这个世界之前偏爱的宝可梦，而他的罗丝雷朵正在努力训练着，相信一定会成为假面侠客的。
“姆克鹰，继续战斗。”小智让刚进化的姆克鹰继续战斗了，而进化为姆克鹰后，也学会了新的技能。
“罗丝雷朵，魔法叶。”
“勇鸟猛攻。”
罗丝雷朵一个旋转，大量叶片打出，而姆克鹰就硬顶着叶片的攻击，用出勇鸟猛攻，收起翅膀，低空飞行，直接撞飞了罗丝雷朵，效果拔群，不过姆克鹰也受到了1/3的反伤。
“罗丝雷朵，闪光。”
“因为反伤，没来的及闭眼吗。”
罗丝雷朵身体发出强烈的白色光芒，如果正常情况，小智的宝可梦都是知道通过闭眼来抵抗这一招的，不过姆克鹰因为刚刚的反伤没来得及，现在它晃动着头，眼睛有点睁不开，命中率受到了影响。
“不要慌，我来做你的眼睛，波导之力，存于我心。”小智喊了一句后，和姆克鹰一起闭上了眼睛，直接发出波导，和姆克鹰心灵感应，蓝色的3D影像出现在小智和姆克鹰眼前，小智用波导来辅助战斗，和娜姿、莉拉相似，这是上天眷顾他们的能力。
“罗丝雷朵，不要放它走，打草结。”
此时姆克鹰还停在草地上，罗丝雷朵眼中发出绿光，地上小草打上结，想要绊倒姆克鹰，但是只见姆克鹰一个振翅就飞上了高空，然后加速回转，用出燕返，在菜种和罗丝雷朵毫无反应的时候直接击飞，效果拔群。
用出波导后，小智完全都不需要口头下指令了，对面体会到了和莉拉对战的那种感受。
“罗丝雷朵，小心，使用气象球。”
看着姆克鹰一直在低空盘旋，而小智也没有下指令，菜种让罗丝雷朵稍微注意，然后一颗气象球打出。
姆克鹰则是一个加速避开后，再次收拢翅膀，一下撞飞了罗丝雷朵，是勇鸟猛攻，罗丝雷朵被狠狠的撞到了后面的树干上。
“罗丝雷朵失去战斗能力，姆克鹰获胜，所以胜利是真新镇的小智。”
“太好了。”小智看到比赛结束了，睁开了眼，姆克鹰也慢慢的睁开，适应了一下，“皮~皮卡丘~。”皮卡丘开心的跑到了姆克鹰的背上，姆克鹰载着皮卡丘在场地上空盘旋。
“小智，你和宝可梦之间的羁绊真的太厉害了，这就是打败百代道馆的证明，森林徽章。”菜种递给小智一枚整体绿色的徽章，形状像森林中的三棵树，白色的是树干。
“谢谢。”小智开心的收下了自己神奥地区的第二枚徽章。
小光和小刚也跑过来和小智祝贺。
三人告别菜种后，回到宝可梦中心，小智把雨翅蛾再次交换回去，然后三人踏上了去往下一个城市的旅途。
不过有一个地方让小智纳闷了很久，那就是菜种送了小光一只樱花宝，这就让小智很莫名，难道是小光之前在百代森林和菜种相谈甚欢，还有在观战时那句赞美樱花宝的话，又或者是小光的光环，不过不管怎么说，小光非常的开心，小智也没有再想其他的。
这只樱花宝也就宣布着小光的宝可梦出现了变数，虽然之前泳圈鼬就已经是变数了，但是泳圈鼬是会和双尾怪手交换，双尾怪手又会被放生的，所以这个变数可以忽略。而樱花宝却是实打实的变数，小智考虑送小光一只宝可梦，不过暂时没想好。
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