这天，小智等人在旅行途中，顺路来到了一个名为黑暗市的城市，可是这个城市大白天的街道上一个人也没有。
“不太对耶，大白天的，为什么一个人影也没看见呢，真的好奇怪。”走在路上，小刚看着四周十分的不解，该不会是一座死市吧。
“皮卡丘，十万伏特。”突然从屋顶有人扔下了几块石子，小智立刻反应过来，然后石子就被电流击中了，落在了地上。
“皮卡丘。”小智看到石子落到地上后，又再次对皮卡丘说道，“pika~。”被皮卡丘的电流击中后就看到有三个小孩子从屋顶掉了下来。
“啊，是小孩子。”看到孩子掉下来后，小刚很是吃惊。
“对不起啊，可是，是你们先丢我们石头的。”小霞立刻走上前去抱歉的说道，毕竟还只是三个孩子嘛。
“你们是宝可梦训练家吗？”其中一个小男孩不太友好的说道。
“是的，我们正在旅行的途中。”小智解释说。
“我是以成为世界第一宝可梦饲养家为目标的小刚。”
“我是世界级的美少女，我叫做小霞。”小霞和小刚做着自我介绍。
“啊，好痛啊。”不过这时她和小刚的头被其中的一个孩子拿着棍子打了一下，而小智则是眼尖的立刻后退，躲过了这一劫。
“不管是训练家，还是饲育家，前面加了宝可梦三个字，我们就讨厌。”一个孩子生气的喊道。
“宝可梦哪里不好了。”而小智则是十分的不同意，自己和自己的伙伴在一起这么久了，自己很是开心。
“请等一下。”就在这时，一个大叔出现了，“对不起，这些孩子好像对你们制造困扰了，你们到我家来一下好吗？让我好好的向你们道个歉。”大叔抱歉的说，并且邀请小智、小霞和小刚去他家做客。
到了大叔家后，从大叔口里得知了这里如今景象的原因，为了成为宝可梦联盟正式承认的道馆，这里的亚斯道馆和卡兹道馆聘请旅行的宝可梦训练家当打手，一有事情就不分场合的搞起宝可梦决斗，而此时皮卡丘也找到了自己最喜欢的东西，那就是番茄酱。
而就在小智等人吃东西的时候，外面传来一阵骚动，“是亚斯道馆和卡兹道馆之间的小斗争，你们几个赶快躲到二楼去吧，如果被卷入斗争中，那就糟糕了。”大叔赶紧拉着大家去二楼避难。
“他们常常这个样子吗？”到二楼后，看着下面亚斯道馆和卡兹道馆不断地打架，而且四周的房屋也受到了波及，小刚对三个孩子问道，而得到的答案是“是的”。
“他们这样子不算宝可梦决斗，只是打群架啊，他们是不是对宝可梦训练家的定义有什么误解啊。”小霞也说道，并且心里很是难受。
这时一楼突然传来大叔的惊呼，大家当然是担心的向下跑。
“…………（火箭队经典台词）。”大家刚赶到一楼就听到火箭队在念开场白，不过这次他们是被卡兹道馆聘请了。
“火箭队，是你们。”小智看到火箭队后当然得打个招呼。
“小鬼头，原来你们也来了，这样正好，可以一网打尽。”武藏看到小智他们随后说道，“阿柏怪，去吧。”然后武藏就派出了阿柏怪，“双弹瓦斯，你也上吧。”小次郎也派出了双弹瓦斯。
“水伊布，决定是你了。”小智看到火箭队派出宝可梦后，立刻派出了水伊布。
“双弹瓦斯，污泥攻击。”小次郎让双弹瓦斯使用了污泥攻击。
“水伊布，溶化。”小智看到双弹瓦斯的污泥攻击，知道若是被击中的话，会有30%几率中毒的，所以让水伊布使用溶化，如同当初臭臭泥一般，水精灵变得如同水一般，化成一滩，污泥从头顶而过。
“水伊布，水枪。”随后就是小智这边的攻击了，一道水流狠狠的打中了双弹瓦斯，双弹瓦斯被打了回去。
“阿柏怪，毒针攻击。”武藏看到双弹瓦斯被打了回来，就让阿柏怪使用了毒针攻击，阿柏怪嘴里吐出紫色的毒针，向这边打来。
“水伊布，电光一闪。”不过小智这边水伊布一个加速，避开了毒针，随后把阿柏怪也撞飞了回去。
“水伊布，极光束；皮卡丘，十万伏特。”黄色电流和蓝白色的泛着寒气的射线交融在一起攻向了火箭队。
“好讨厌的感觉啊。”打到火箭队后，产生了爆炸，火箭队就这样飞走了。
“我们去阻止他们吧。”小智又再次看着外面的打斗对着两个同伴提议说。
“不行啊，太危险了。”大叔听了小智的话后立刻担心的劝阻。
“没事的，这也是修行的一部分。”说完小智就率先跑了出去，小霞和小刚也随后跟了上来。
刚出来就看到电击兽把攻向它的亚斯道馆的炮灰宝可梦全部打倒了，而飞天螳螂也用一字斩打败了卡兹道馆的路人们。
“皮卡丘，决定是你了。”“宝石海星，你也去。”“六尾，去吧。”小智、小霞和小刚都派出了自己的宝可梦，小智是皮卡丘，小霞是宝石海星，而小刚则是六尾。
“你们是什么人？”亚斯和卡兹道馆的馆主看到小智、小霞和小刚派出宝可梦后问道。
“来阻止你们的人。”小智立刻说道，“皮卡丘，十万伏特。”“宝石海星，使用水枪。”“六尾，火焰漩涡。”随后大家就一起使用了绝招，水枪向着电击兽冲去，而火焰漩涡和十万伏特则向飞天螳螂打去，电击兽和飞天螳螂还不知发生了什么就被打中失去了战斗能力。
“啊，电击兽/飞天螳螂，你们这些小鬼，觉悟吧。”收回了电击兽和飞天螳螂后，那两个道馆的馆主捡起一根木棍后对着小智等人说道，看起来是想要打架。
“等一下。”这时，出现了一位穿着长长风衣，带着口罩的人。
“你是什么东西。”两个道馆的馆主则是说道。
“我就是宝可梦联盟派过来的正义的检查官，去吧，精灵球。”这个神秘人则是拿出一个精灵球后说道。
“是吉利蛋耶，这就表示说……。”看到放出的吉利蛋，小刚明白过来。
“没错，我的真实身份是乔伊，只会利用宝可梦来打架的人所开的道馆是绝对不可能获得宝可梦联盟正式承认的。”神秘人摘掉伪装后，露出了真面目，原来是乔伊小姐。
“怎么会这样。”“可不可以请你网开一面啊。”听了乔伊小姐的话，两个人沮丧的说道。
“除非你们有重新再来的决心，怎么样？”乔伊小姐微笑着说道。
“当然有了。”他们赶紧表态的说，随后小智就告诉他们先把毁坏的东西复原。
事情终于结束了，一行三人告别了三个小孩子后离开了黑暗市，又继续前进了，走之前也是找到宝可梦中心，交换了宝可梦，目前小智带的宝可梦是皮卡丘、妙蛙种子、小火龙、杰尼龟、墨海马和多边兽。
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