末日的开始
一抵达了人类的区域之后，Tassadar的斥候发现了这些神秘的外星人已经开始入侵人类的殖民地。在仔细的观察之后，塔沙达发现边境殖民地Chau?Sara已经被外星人的有机体给感染了。整个行星的地表都被一种厚重、剧毒的物质所覆盖，持续的腐蚀这里的表土。更糟糕的是，异形们已经将这里所有的人类都消灭殆尽，或者是寄生在他们身上。Tassadar看见了这种恐怖的景象，开始怀疑为什么人类没有赶来救援这个已被摧毁的殖民地。
最高议会一得到了消息之后，立刻下命毁灭整个星球上的所有感染。Tassadar知道这样做将会杀死所有的生命，但也只能无奈的服从。巨大的神民战舰从轨道上瞬间降下了天火，烧尽整个殖民地。虽然这里的异形被全部清除了，但是很明显的附近还有几颗行星也有受到感染的迹象。上级命令Tassadar摧毁所有可能受到感染的殖民地，宁可错杀，不可放过。Tassadar在前往Chau?Sara殖民地的途中，开始质疑这项命令的合理性。
人类战士被神民族对于Chau?Sara的攻击打得措手不及，正准备派出大群舰队抵御这些入侵者，而Tassadar却正好下令他的舰队撤离。塔沙达没有办法说服自己摧毁原先前来保护的行星，他想要找到一个方法可以打败这些异形，却不需要将人类彻底消灭。因此，他拒绝服从上级给予他的无理命令。他带着庞大的舰队藏匿到地球人的侦察范围之外，静静的观察异形接近人类的殖民地。
Aiur的沦陷
在摧毁了第一个Terran行星Chau?Sara之后，被派来清洗星球的Tassadar决定在人类都撤离出行星之后再动手。Tassadar发现了黑暗圣堂武士们能有效地杀伤Zerg，未经过最高议会的同意就与他们结了盟。通常下一个Zerg族群的领导－－脑虫（Cerebtare）在杀死后会重生，只有黑暗圣堂武士的能量才能使其真正死亡。不幸的是，当Zeratul领导的黑暗圣堂武士摧毁第一个脑虫的时候，Zerg主宰突然和他的精神建立了链接。他们的秘密都被对方知道了。结果就是主宰知道了Aiur的位置。在一段战役之后，Zerg最终征服了Aiur，同时Tassadar被囚禁在了Char的空间平台上，而Zeratul又被Kerrigan堵在了一个人类的科学站中。
主宰亲自在Aiur降临了，但是在一场惨烈的战役中，Protoss军队杀死了数只脑虫使得主宰也受到了伤害。趁着Zerg的慌乱，Tassadar在Jim?Raynor的帮助下，结合光明以及黑暗圣堂武士的力量，牺牲了自己与主宰同归于尽了。最后将近有70%的Protoss死于Zerg手中，失去领导的Zerg开始在Aiur肆虐，最高议会也瓦解了。有趣的是，直到Tassadar与主宰决战之前，最高议会意识到了Tassadar、Zeratul和Jim?Raynor做出的贡献远远大于最高议会，对自己拘泥于传统感到后悔。Aldaris说在现在处于最暗淡时期的Aiur，他们才是真正的英雄。
幸存者
Zerg四处肆虐，Zeratul建议他们去黑暗圣堂武士的家园Shakuras避难。虽然残余最高议会的领导Aldaris坚决反对，最终还是执行了。然而他们很快就发现Zerg尾随他们也来到了Shakuras，并且在XelNaga神庙附近筑巢。黑暗圣堂武士的女酋长Raszagal说他们需要两块水晶－－Uraj和Khalis，分别象征光明与黑暗的力量，才能击败Zerg。
然而已经被主宰感染并且变成Zerg的前Terran幽灵特工Kerrigan来到了这里，告诉他们有一个新生的主宰在Char诞生了。她指出如果让主宰成长成完全体，自己就会再度被它操控。于是他们答应帮助Kerrigan阻止主宰孵化，作为回报的是Kerrigan要帮他们收集两块水晶。
在两块水晶都收集完毕以及主宰瘫痪之后，Aldaris和他的人民突然向Artanis，Zeratul，Fenix以及他们的Terran联盟James?Raynor宣战了。Aldaris的军队被击败了，当Zeratul和Artanis问他为什么这么做的时候，Kerrigan突然出现并且杀死了Aldaris。Zeratul异常愤怒，将Kerrigan驱逐出了Shakuras。
Protoss继续攻占XelNaga神庙，并且同时运用两块水晶的能力。这清除了Shakuras表面上的所有生物，只有进入神庙避难的Protoss存活了下来。不管怎么说Protoss击败了Zerg。
虽然Kerrigan被驱逐了出去，但是不久之后她带着Sanir?Duran又回来了。她的Zerg军队进攻了Telematros（Shakuras首都）的Protoss。
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