一个未知的空间中，其中有着无数彩色气泡，它们间互不干扰，直到有一天突然产生一股波动，一个体形偏小的气泡撞到一个略微更大的气泡身上，本来互不干扰的它们，被这突如其来的撞击，让它们之间产生了一丝联系，而那莫名的波动则钻入大的气泡之中消失不见。
地球上出现某种不知名的变化，面积开始扩大，植物开始枯萎或出现变异，动物，昆虫也开始了变化，变化的方向各不相同，唯一没有变化的就是人类。
神奇宝贝世界，正在沉睡疗伤的阿尔宙斯和正在属于自己空间中的帕鲁奇亚察觉到一股异动，纷纷离开自己的空间，前去查看。
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