闪焰队
卡洛斯地区的邪恶组织，他们的主要目的是想抓住传说中的神兽基格尔德，借用他的力量创造一个美好的世界。小智和他们有过多次交手，曾经和甲贺忍蛙羁绊进化后暴虐过他们。卡洛斯大危机的罪魁祸首就是他们，最后小智和阿兰在多方势力的帮助下成功干掉了他们。
等离子队
合众地区的邪恶组织，他们打着解放神奇宝贝的幌子，然而实际上却是为了掠夺别人的神奇宝贝。他们组织里的科学家制造出了一台可以控制神奇宝贝的机器，其威力甚至能控制传说中的神兽，然而却并没有控制住小智的皮卡丘。皮卡丘凭借自己的意志成功摆脱了机器的控制，这让那些坏人感到非常不可思议。也正是因此，他们的阴谋彻底被小智一伙粉碎了。
银河队
神奥地区的邪恶组织，和猎人J是合作关系。他们主要是想利用传说中的2大神兽帝牙卢卡和帕路奇犽创造出一个全新的世界。结果被小智一伙和冠军竹兰成功阻止。他们的老大赤日也是非常疯狂的，为了自己心中的理想世界，葬送在了传送门里。
熔岩队和水舰队
芳缘地区的2大邪恶组织，彼此之间互相对抗着。在神奇宝贝超时代中，熔岩队最终利用宝珠控制了大地之神固拉多，而水舰队则是控制了海洋之神盖欧卡。在最后的对决里，水舰队的首领被宝珠控制了心智，连自己的部下都想毁灭掉。固拉多也因此和盖欧卡打起来了，这2大神兽之间的对决是非常恐怖的，山崩地裂完全可以用来形容当时的惨状。不过最后小智一伙和成都地区的冠军渡顺利平息了这场纷争。有趣的是，小智的皮卡丘当时也被宝珠控制住了。
火箭队
这个大家应该都非常熟悉了，关东地区的邪恶组织。他们的目的非常简单粗暴，就是为了控制世界。为此他们经常派遣部下去各地寻找强大或者稀有的神奇宝贝。
我们所知道的火箭队三人组就是其组织里的手下。其首领坂木是个非常厉害的人，曾控制过超梦。
后来超梦叛逃，把火箭队的总部都破坏掉，后来被修复了。
武藏小次郎和喵喵三人最大的愿望就是得到坂木老大的重视，让他们升职加薪做领导。
为此他们跟了主角20多年！这种强大的意志力也是非常值得大家称赞的。
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