只听见一声巨大的爆炸声，一个身着白色大衣，棕褐色头发的少年正一边扔着精灵球一边从黑雾中走出来。“你们深渊团的实力也不过如此，还想着改变卡洛斯？看来那小子一个人应该就够了，好无聊啊。”而面对他的深渊团干员则是浑身颤抖的坐在地上，看着面前的少年以及身边的电击魔兽，嘴里发出颤抖的声音：“这...这个人简直就是个怪物...！”
嘟嘟嘟...此时的通讯器响了起来
“什么事啊，我可是正在和深渊团的家伙们愉快的玩耍呢。”少年打开通讯器，略带些调皮的腔调说道。通讯器的另一边正是莉拉以及小智他们：“我说小茂，这个时候了就速战速决吧，没必要闹这么大的动静吧。”莉拉无奈的看着自己不远处一团团的黑雾，头疼的说道。“好啦好啦，我这就跟你们汇合，小智，我为你扫清了前方的障碍，你可不要给我丢脸了。”小茂看到通讯器里的小智，一改刚刚玩笑的态度，突然变得正经起来。小智没有多说什么，因为他知道，现在不是说话的时候，要尽快与小茂汇合，前往深渊团基地。
小智一行人在莉拉的带领下准确无误的与小茂汇合，小智与小茂互相点了点头后便继续前进了。
“我说小智，你们怎么在那边拖了这么长时间，这么弱的敌人现在都搞不定了吗？”小茂一边跑着，一边带有些许嘲笑的语气问道。“这件事待会再说吧，总的来说我们刚刚的对手是盖欧卡...”小智叹了口气的回答道。在听到盖欧卡的时候，小茂险些摔跤：“你们说的盖欧卡难道是丰源的那个盖欧卡？”小智点了点头说道：“是啊，只不过它是...”话还没说完，众人面前出现了几道由飞沙脚组成的小型沙尘暴，阻拦了他们前进的脚步。“看来，有的忙了。”小茂闭上眼睛微微笑了笑，他看了看莉拉，又看了看小智他们后说道：“你们先走吧，我和莉拉还有那个戴眼镜的一起留在这里，我们会速战速决跟你们汇合的。”小茂说完，露出自信的笑容以及对小智的肯定，小智也就没有多说什么，只是说了句注意安全，便继续前进。
“前面就是深渊团基地了。”艾岚对小智和星宇说道“多亏了他们留下给我们争取时间。”星宇为此感叹到。“小茂莉拉和希特隆的实力都是非常强的。我相信他们。”小智自信的笑了笑，随后望向基地的大门表情又开始严肃起来：“机会只有这一次。深渊的狂潮就由我们来力挽！”“是！”三人一齐喊道，说罢，星宇的雷吉艾斯，艾岚的喷火龙以及小智的甲贺忍蛙都做好了战斗准备摩拳擦掌。大门洞开，三人进入基地如入无人之境，本以为会有数不清的喽啰纠缠，没想到长驱直入毫无阻拦，走廊上，三人既谨慎又快步的小跑着。这时候星宇先开口说话了：“我有点担心这是亚特姆的陷阱。我心里有点不安。”“别害怕，有我呢。”“我们是组合对吧。”小智和艾岚两人非常有默契的鼓励着星宇。这时前方出现门框一样的光拉的非常长。三人头也不回的跑入光中。
“欢迎来到深渊！”满头银发的男人扫视着站在门口的三人，男人看到小智的时候又说出了第二句：“少年，对于你来说应该是欢迎回归深渊。不是吗？”“别开玩笑了，我是绝对不会再次受你的蛊惑了！”小智愤怒的回敬道。“吼？少年当初是你来我这里寻找答案，而我给了你想要的答案，但是你为什么还离我而去？”亚特姆明知故问道。“因为你的答案是错误的。我看到了我自己真正的渴求。我看到了我力量的来源。我看到了我的挚爱之物。”小智铿锵有力的回答道。站在一旁的星宇发话了：“你为什么要做这些伤天害理的事。难道把卡洛斯地区混乱化就是你的目的吗？”亚特姆一脸堆笑：“呵呵，这位少爷就错怪我了。卡洛斯地区混乱化？不不不，这是我的家乡，我没必要把我自己的故土搞乱。因为这里本来就很混乱！我的目的是为了重建秩序！”艾岚说道：“你现在的说法做法，跟当初闪炎团的弗拉达利代表一模一样。”亚特姆面不改色：“我又被卡洛斯的冠军阁下给教训了。不过你可能跟那位少爷一样误会我了。我跟那个与难民闹翻的乡巴佬不一样。他通过削减人类来降低人类的劣根性，但是那个做法治标不治本。即便是成功消除一部分之后，剩下来的人和新生的人依旧还会存在劣根性。人类依旧是还会出现争斗和争吵混乱依旧不会停歇。因为人是本能驱使的动物！为了不输给本能，我不断打磨自己不断超越自己！少年们你们体验过无论怎么努力都无法逾越那堵高墙的绝望吗？那种感觉现在还在我的头脑里回想时刻催促我那种束缚感无法打破。我从小就不被人看好，人们唾弃我把我当成异类。我的双亲也。因为奥玛茨财团的嫉妒心而丧生。就在同一天。连我最喜欢的我的第一个精灵都离我而去，那一刻我被精灵猎人打入了深渊。那一刻，我落下了眼泪，海水和泪水交融在一起眼泪不能改变任何东西，那种痛不欲生的挣扎甚至超越了死亡的寒冷你们能体会吗？根本不能！那一刻我发现跌入深渊并非绝望，为什么？因为我看到了这才是我力量的根源，为了凌驾在所有人之上，我宁愿把灵魂出卖给恶魔。所以我在深渊之中找到了这份礼物。以前我相信人类和精灵是羁绊作为纽带紧密相连的，直到那一天，我发现了羁绊理解、心灵感应都抵不过本能的驱使，所以本能才是最大的武器！深渊只不过是把本能放大了而已，现在我已经攫取了这股力量，这绝对的力量在我体内涌动，在这力量面前，你们皆为蝼蚁！最终灰飞烟灭。而深渊的意志。必将实现！出来吧我的王牌！”
白光闪烁之后一只帝牙海狮显现出来，亚特姆大声吼道：“我的意志，我的计划，就在铲除你们这些不自量力还要奋起反抗的蝼蚁之后实现，到那时，一切挚爱之物都会失去。到那时你们就看着这世界的将会在我的手里重塑秩序，而现在我要打倒你们，帝牙海狮！本能解放！”帝牙海狮被黑色的大浪吞没。紧接着猩红的眼睛显现出来异常狂暴。大浪退去后帝牙海狮变成了黑色，周围还飘着一层令人不舒服的黑雾。亚特姆此时的眼睛也变得如同他的宠物一样猩红：“这就是深渊的化身。本能的力量，本来的面目！”小智三人被亚特姆强大的气场压得呼吸都异常沉重。但是他们深呼吸之后，三人相视一笑。自信的三人同时吼道：“我们上！”“上吧雷吉艾斯！甲贺忍蛙！让我们变得更强，喷火龙mega进化！”三人对精灵齐刷刷的一声令下：“急冻光线！喷射火焰！水之手里剑！”水手里剑宛如火力网而喷射火焰与急冻光线就像冰柱与火柱贯穿了空气笔直的向帝牙海狮逼近。“哼！”亚特姆不屑的鼻息一哼。帝牙海狮周围出现了一堵黑色水墙。小智三人的技能打到水墙上全部被抵消掉了。艾岚惊讶的看到：“这个技能是保护？！我第一次见到保护还可以这么使用的。”星宇突然说道：“别分心，攻击要来了！”亚特姆下令到：“帝牙海狮用冰球！”帝牙海狮像车轮一样滚动起来，笔直的冲向甲贺忍蛙它们三个精灵，小智三人喊道：“快避开！”甲贺忍蛙突然跳起。喷火龙顺势飞起，雷吉艾斯躲闪不及被冰球撞倒但无大碍。艾岚大声喊道：“该我出招了！喷火龙用龙爪！”艾岚的喷火龙挥舞着双爪向帝牙海狮俯冲下去。这是亚特姆露出阴险一笑：“龙之波动！”帝牙海狮突然停止滚动，即刻汇聚了龙之波动从口中喷出。喷火龙躲闪不及被龙之波动正面命中一头栽倒了地上。“喷火龙！这！居然会龙系技能，喷火龙！能站起来吗！”喷火龙挣扎着站了起来大声怒吼。这时星宇说道：“雷吉艾斯，用连续的急冻光线牵制它！别让他再攻击喷火龙！”“用冰球躲开！”帝牙海狮再度像车轮一样滚动起来夹杂着大量的冰屑冰球飞快的向喷火龙滚去。“喷火龙。快避开！”艾岚喊道。喷火龙猛然飞起躲开了冰球。但被星宇雷吉艾斯的急冻光线命中。冻住了半个翅膀。伤害巨大无法继续飞行。“趁现在龙之波动！”亚特姆的命令，像是给喷火龙画上了休止符。小智突然大吼：“甲贺忍蛙去保护喷火龙！水之手里剑！”甲贺忍蛙猛地一窜突然出现在喷火龙的前面双手结印之后像变戏法一样掏出巨大手里剑向龙之波动飞来的方向猛地掷出。手里剑飞速的旋转把龙之波动硬生生的推了回去。帝牙海狮一歪头躲开了手里剑的攻击。手里剑打到了墙上震落了不少灰尘。亚特姆闭上眼掸了掸身上的灰说道：“玩笑开到此，我要认真了。”
亚特姆猛地一睁眼：“对雷吉艾斯深渊潮袭！”大浪袭来，水源比墨还黑。滚滚流动着袭向雷吉艾斯眼看黑色的混沌大潮即将吞没雷吉艾斯。星宇大喊：“用急冻光线冻住它！”“没用的！”亚特姆的声音回响在整个深渊大厅里。深渊大潮的水完全没有结冰，像海啸一样吞没了雷吉艾斯。星宇说道：“没事的，水系技能对雷吉艾斯没有太大伤害不用担心。雷吉艾斯用急冻光线！”哪知道急冻光线笔直的向小智的甲贺忍蛙飞去。甲贺忍蛙躲闪不及直直的被急冻光线命中。小智说道：“星宇你在干什么？”星宇一脸无辜的说：“我瞄准的是敌人啊。”亚特姆大笑道：“哈哈哈你们已经开始起内讧了吗。”小智被挑衅之后顾不上说什么了：“甲贺忍蛙用试刀！”“口噶！”“用破坏死光！”亚特姆说道。“这是往枪口上撞啊！”艾岚大吼道！小智露出了他招牌的笑容说：“影子分身！”突然甲贺忍蛙早已一分二。这时破坏死光命中了甲贺忍蛙…………的分身。甲贺忍蛙的真身冲了过去试刀命中了帝牙海狮的头部。“怎样！”小智说道。“不错不错，很精彩的指挥。”亚特姆鼓了鼓掌。“用冰球攻击甲贺忍蛙！”小智听到了对方的目的：“甲贺忍蛙快避开。然后用燕返。”高速滚动的帝牙海狮和飞速冲击的甲贺忍蛙撞在了一起，但是由于冰球光滑的表面加上刚才急冻光线的冰冻状态甲贺忍蛙滑了出去。“就是现在对喷火龙用龙之波动！”刚刚死里逃生的喷火龙又要面对巨大威胁。艾岚本能的大喊：“爆炸烈焰！”这是他最引以为豪的技能，霎时间爆炸烈焰与龙之波动像气功波一样激烈碰撞。“好机会！雷吉艾斯用暴风雪！”星宇大喊道。雷吉艾斯制造出大量暴雪。笔直的喷火龙飞去。喷火龙受到了巨大伤害。嘴里的火焰也渐渐的小了下来。帝牙海狮的龙之波动正中喷火龙头部。喷火龙的mega进化退去失去战斗能力。倒在地上。无法再度爬起。艾岚怒吼道：“喷火龙！星宇你在干什么你真的叛变了吗！”“不，不是的，我没有。我瞄准的是帝牙海狮。”星宇辩解道。小智这时候说道：“现在不是我们互相指责的时候。我们的敌人还在眼前。甲贺忍蛙，用试刀”“口噶！”忍蛙收到命令像子弹一样冲了出去，但是冲锋的过程中由于冰冻作用速度降低，导致出招动作被帝牙海狮看的一清二楚。“把它咬住！”亚特姆一声令下。帝牙海狮一口咬住了甲贺忍蛙的上肢不得动弹。“可恶快放开它！雷吉艾斯！超级冲击！”星宇歇斯底里的大吼道。“没用的！用甲贺忍蛙做肉盾！”亚特姆嘲笑道。但是雷吉艾斯不知道为什么攻击了自己。星宇顿然醒悟：“这难道是混乱状态？”“没错，小少爷。不过你知道的太晚了！帝牙海狮对甲贺忍蛙用泰山压顶！”帝牙海狮猛地用头把甲贺忍蛙甩到地上使劲全身力气压在了甲贺忍蛙的身上。甲贺忍蛙动弹不得，陷入绝境。“甲贺忍蛙！”小智含着泪水大吼道。“这下你们就没有什么可以反抗的了！接下来就该送你们和你们的碎冰块去另一个世界吧”亚特姆不可一世的大笑着。“去吧帝牙海狮，连续的破坏死光！呵呵呵，哈哈哈哈！”
光线即将命中雷吉艾斯，星宇喊道：“！！！”此时星宇心想：甲贺忍蛙，喷火龙都被眼前的男人压制住了，我没有小智艾岚那么可靠。但是为什么现在这个最重要的时刻。偏偏要让我来做出这艰难的抉择。我没有那么强的力量！星宇闭上眼睛好像看到了什么：夏科：少爷，老夫可是把所有期待都寄托在你身上了。别让老夫失望啊。
雪见：我是个没有家的女孩，但是我现在有了一个很爱我的哥哥。
星宇母亲：星宇，妈妈一直相信你。“母亲。雪见。夏科。还有我现在周围的伙伴们。我怎么能在这里认输呢，我怎么能输给这种企图毁灭世界的混蛋呢。雷吉艾斯！把你的力量借给我！”星宇睁开眼睛，他的精灵似乎与他感受到了同样的东西，霎时间雷吉艾斯周围风雪交加，形成了暴雪柱。雪柱散去。雷吉艾斯羁绊进化。就在这时破坏死光像连发激光炮一样疯狂的喷射过来。“雷吉艾斯，让他看看我们可以守护一切的力量。用冰之盾！”雷吉艾斯猛力一敲地面。地面瞬间崛起了一道道冰之城墙。拼尽全力的守护的星宇的所有羁绊。“我不会放弃，因为我知道还有人在等着我接她回家！”小智看到了星宇的爆发。自己也战意高昂，热血起来：“甲贺忍蛙，这不是你所有的力量吧，让他看看，我们的力量！”就在这时，甲贺忍蛙像冲破桎梏一样，把帝牙海狮用双手高举过了头顶。顺势扔了出去。“这怎么可能！”亚特姆非常惊讶。“我们的力量可不止这些！”小智自信的说道。“明明只是蝼蚁，却还要展现固执的一面，蚍蜉撼树很有意思吗？你们简直比小丑还滑稽！帝牙海狮，用冰球从城墙上滚过去！”高速滚动的帝牙海狮像车轮一样飞越了雷吉艾斯的冰之城墙出现在了雷吉艾斯的头顶。“就这样。用龙之波动！”雷吉艾斯由于操控着冰之盾根本没有时间躲闪。“来不及躲了。用急冻光线！”星宇头脑很清醒。他现在就宛如雷吉艾斯冰冷的智慧。“不可能的，你没有与我匹敌的力量！”但是实力差距的悬殊还是让星宇意识到亚特姆绝非常人。龙之波动与急冻光线的激烈碰撞以帝牙海狮的胜利所告终。雷吉艾斯受到了不小的伤害，倒了下来。这时冰墙倒塌，场地上帝牙海狮与甲贺忍蛙怒目而视。场地外亚特姆微微一笑，小智则紧咬嘴唇。亚特姆的话语打破了暂时宁静的场面：“看来我们要单挑了。就像邀请赛那时候一样。”小智毫不让步的回答道：“但是邀请赛的胜利者是我。”“吼？那是我为了收集资料而故意放的水。难道你没有感受到吗？”亚特姆说出了实情。而小智则一脸不屑：“我会用我的实力证明，我的胜利不是对手放水给予的怜悯。甲贺忍蛙，水手里剑！””用冰球弹开！”亚特姆用行动表达了了对小智信心的不屑。冰球滚过的路上结了一层厚厚的冰“就这样踏在冰上高速接近它！然后用火焰手里剑！”小智见招拆招。“火焰！”“手里剑！”一旁的艾岚和星宇被震惊道。“不错，少年你已经可以轻松驾驭第三属性了。但是以你现在的经验还早得很。帝牙海狮。龙之波动！”“用影分身躲开他！”小智没有时间思考只能随机应变。在一旁的艾岚想到：这个帝牙海狮，不是等闲之辈，龙之波动龙系，难道？“小智！他的帝牙海狮也是觉醒了第三属性的强敌。你要……”就在艾岚说话的同时，小智的甲贺忍蛙与亚特姆的帝牙海狮技能碰撞在一起发生了巨大的爆炸打乱了艾岚的话语。好像听到艾岚呼喊的小智气喘吁吁的说道：“什么第三属性无所谓了，你真是个强敌，不过我越来越兴奋，我不会就这样认输的。伟大的亚特兰蒂斯！将这罪恶的生物赶出这片土地，水龙破！”亚特姆也加以回敬：“哦，我看你还能撑到什么时候。这一招终结你和你天真的幻想！亚特兰蒂斯的战士永远逃不出他的低语！深渊潮袭！”刚刚纠缠的帝牙海狮与甲贺忍蛙分离片刻之后，又收到了自己主人的命令，两只宠物怒目而视，随后各自身边迸发出巨大的水柱。黑色的水柱包裹着帝牙海狮，蓄力之后漆黑如墨的水柱从帝牙海狮的口中向甲贺忍蛙喷涌开来，另一面蔚蓝的水柱包裹着甲贺忍蛙，结印完成水龙一般的水柱从相反的方向笔直的向着帝牙海狮飞去。霎时间两条螺旋的水柱在大厅中间处碰撞，一侧漆黑，一侧蔚蓝，一个似要把世界拖入永恒的深渊，一个似要把世间的污秽全部荡涤。双方势均力敌僵持不下。“少年，我敬佩你。但是你要看清楚你有几斤几两！”“亚特姆，我不会输的。因为我的身后有着不可代替的一切！”这时亚特姆的身后突然出现一个可怕的黑影，他的眼睛从猩红变成了黑暗。帝牙海狮似乎也受到了这股黑暗力量的影响。变得更加狂暴，更加的强大。宛如深渊化身。胜利的天平开始向亚特姆倾斜。这时的小智一脸紧张。但是又别无选择，只能大喊：“甲贺忍蛙，我们不能输！我们的羁绊，我们立下过一起变强的誓言！”“没用的！澄清之水和混沌之源已经在我体内涌动。深渊神的权能已经恢复。而我则是这权能的完美体现！”就在甲贺忍蛙的技能快要完全不敌深渊化身时，突然从基地外飞进来一到绿色的光线。在深渊化身的身上写下了大大的Z字。帝牙海狮被打断了技能发生了爆炸。
紧接着一阵烟雾过后。基格尔德完全体出现在众人面前。：“小智君，吾来帮你了！”“基格尔德！”小智回头笑道。“卡洛斯将会面临一场大风暴，现在就是风起之时。不只是吾，其他人也来帮忙了。”“呵呵，虚伪秩序的化身出现了。省得我去找了。”亚特姆依旧面不改色的笑道。紧接着，在他的脚边，飞出了三个向飞镖一样的树枝嫩芽。亚特姆闪避之后习惯性的喊道：“不用躲了我知道你在那！哲。”这时一个白发少年从建筑上方出现。“父亲，不，亚特姆·里弗迈特，现在我已经看清楚你的真实面目，我从我（哲尔尼亚斯）那里看到你所谓的秩序重塑。现在我的神性已经觉醒。我不再是任你摆布的棋子！”突然白发少年变身成了哲尔尼亚斯。哲尔尼亚斯说道：“我，即是生命！”突然小智显得很不对劲。眼睛突然变成了红色：“看你们两个都出手了。我也没必要继续睡下去了是时候把死亡凋零奉献给深渊的代言者了。”突然一个巨大的鸟凭空显现出来，这是伊裴尔塔尔！XYZ三神威风凛凛的的站在了亚特姆的面前。就在这时亚特姆突然狂笑起来：“哈哈哈哈哈哈哈！卡洛斯地区的伪神们！就由我深渊神来抹杀！去吧深渊化身，深渊潮袭！”大浪再次袭来。XYZ三神一齐出招月亮之力，死亡之翼，核心惩罚者，三道光束汇成一束光，与深渊潮袭的水柱激烈碰撞起来。神与神之间的角逐。就要在这一瞬间分出胜负。
亚特姆大笑道：“哈哈哈哈，什么生命，死亡，秩序神，哲尔尼亚斯与伊裴尔塔尔的神性不过是从被封印的深渊神那里分走的，而且基格尔德，你早就被我研究透了。伪神们，THEEND！”XYZ三神眼看就要不敌亚特姆的深渊化身。无计可施之时。红帽子的少年突然大喊道：“不要放弃，这不只是你们的战斗，这是保护卡洛斯地区秩序不能输的战斗。所以不到最后一刻都放弃的。甲贺忍蛙，水龙破！”甲贺忍蛙化为水龙，释放出巨大的水柱加入了XYZ三神的光束之中一齐飞向亚特姆的深渊化身。就在这时。莉拉与一只拉鲁拉丝，从外面赶了过来。拉鲁拉丝瞬间移动到亚特姆的身边看了一眼亚特姆，亚特姆也下意识的瞟了一眼这只拉鲁拉丝，四目相对之时，亚特姆瞬间露出一副紧张而且一脸写着：“不可能！”的表情。猛然间，深渊化身的攻势似乎露出了一瞬间的破绽。“就是现在好机会！集中攻击！”
“不可能的，帝牙海狮，躲开！”亚特姆立刻回过神，再度化为深渊化身。突然雷吉艾斯的方向突然传来一个声音：“我被你小看了亚特姆！但是我不会放弃，这是我最后的力量！极寒之心！化为锁链，雷吉艾斯，冰之牢笼！”原本已经倒下的雷吉艾斯并不是失去了战斗的能力，在它身后愤怒的星宇觉醒了他与雷吉艾斯真正的力量。冰一样剔透的锁链束缚住了帝牙海狮，化作牢笼。帝牙海狮动弹不得。在星宇的帮助下，小智指挥着XYZ三神与他的甲贺忍蛙，四道光柱，四个技能，不打折扣的命中了帝牙海狮。由于能量过大，引发了巨大爆炸。帝牙海狮失去了战斗能力，解除了本能解放。他的主人亚特姆犹如强弩之末，气喘吁吁的立在那里。“这家伙，我还以为她死了呢。哼”亚特姆叹息之后拉鲁拉丝又回到了莉拉身边。“亚特姆你输了！伏法吧！我作为国际刑警组织逮捕你”莉拉说道。“呵呵呵，逮捕我。我的新世界里没有你们的位置。你们以为我已经输了，实际上是你们已经输了，这个世界即将被清洗，我在深渊亦在，我不在深渊也不会消失！”亚特姆开始了疯狂的笑。紧接着发生了一连串的爆炸，炸断了承重墙，深渊团基地开始坍塌，坍塌速度极快。火光中狂笑的亚特姆被坍塌的碎石埋没。XYZ三神打破了天花板，在布拉塔诺博士带来的直升机的帮助下小智一行人逃出生天。三神分离之前一齐望了一眼小智，并对他说：“秩序与你同在。不论遇到什么样的风暴都不要放弃。”小智笑了笑：“我就是一个坚持到最后也不会放弃的人。”三神在小智的手上留下一个印记之后便退了去，小智开始想另一个问题：“我该回去找瑟蕾娜了。我出来这么久她现在应该非常担心我了。但是……我在，深渊亦在。我不在，深渊也不会消失。算了不想了。他已经消失在虚假的深渊中了。”小智抛下所有烦恼，离开了深渊团基地。
返回密阿雷市之后，一群人决定先分散各忙各的事情。画面转到小智这边小智发现瑟蕾娜不在，于是急急忙忙的去问乔伊小姐：“乔伊小姐，有没有看到一个带着红色帽子，蓝色缎带的女孩。”乔伊小姐回答道：“这个啊，你是说瑟蕾娜小姐吗？她说她不放心需要去找人，三天前就离开了。”“这………”就在小智叹息的时候，电视上突然播报了一条在卡洛斯地区西部海域阿特拉斯海发现新岛的新闻，小智无心去看，他现在的心思完全只有瑟蕾娜，正在他准备动身的时候，一个熟悉的身影出现在了小智的面前，这个人，确切地说是个精灵，她不是别人，就是拉帝亚斯。拉帝亚斯化成人形，用心灵感应告诉小智：“我是能感受水变化的神兽。我感受到了卡洛斯地区西部阿特拉斯海。海流异常，而且在那座岛上感受到了异常邪恶的存在。”小智挠了挠头，但是又突然想到了几天前发生的事情与亚特姆说过的话，亚特姆确实对他造成不小的影响。尤其是在他被洗脑的时候亚特姆对他说过的所谓的“宏伟计划”深渊秩序的实现，人们会失去一切挚爱之物。想到这他想起了瑟蕾娜：我会失去她？不可能！历尽千辛万苦我终于再次找到了她，为什么要失去，这也太悲伤了。但是小智现在完全没有去哪里寻找瑟蕾娜的头绪，但是直觉告诉他：无论那个岛上到底有什么，我都要去看一看。他暗暗的下了决心。此时的希特隆出现在一旁说道：“话又说回来那个岛现在还没有航线，要怎么去呢？”拉帝亚斯早就发现了希特隆知道他会问这个问题她用心灵感应告诉他：“那个岛如果没有错的话就是亚特兰蒂斯，小智的忍蛙是亚特兰蒂斯的战士，它应该知道回去的路，而且我也可以给你带路，只不过我从关东地区飞到这里，已经非常疲惫了。现在只能用人型。”
“事不宜迟我们快出发吧！”小智拉起拉帝亚斯的手说，“等等小智，你有没有想过船从哪里来？”希特隆突然问住即将离弦的小智，小智突然回答：“没有！”所有人都摔了一个大跟头，这时希特隆说：“我记得我的父亲有一艘是去希尔曼岛的联络船现在停放在海翼市的港口从这里坐火车去海翼市应该很快。”
于是一行人在希特隆的指引下来到了海翼市，踏上了希特隆的父亲，迪沃内拉之前去希尔曼岛用的联络船。“甲贺忍蛙，就决定是你了！”小智大喊道，“请指引我，前往梦中的地方，亚特兰蒂斯，在我的梦中出现过，你的故乡。”拉帝亚斯也望向忍蛙，用心灵感应交换着它们两个的所需的信息。“口噶！”甲贺忍蛙似乎答应了。一行人在忍蛙和拉帝亚斯的带领下。扬帆起航前往新岛。船出港之后。全卡洛斯地区，被一个新闻广播强制插播进来，一个白发身着深蓝西装有点苍老的成年男性发出低沉的且非常有穿透力的声音。：“愚蠢的旧人类，以及作为人类工具的精灵们，你们自以为自己的秩序和平稳定，实际一切都是虚伪的，你们虚假的秩序将被我毁灭，而我作为新秩序的神在此宣布。神说人在地上罪恶极大，于是宣布将使用洪水，毁灭天下地上有血肉有气息的活物，无一不死！”他顿了一声又说道：“这次，没有诺亚方舟！”新闻广播结束之后，人们都觉得，这人神经病吧，不对，这是里弗迈特财团的首席执行官啊。他疯了吧。随后大屏幕与各家的电视机突然插播一条紧急新闻：这里是方源地区，据茵郁市气象研究所观测。在距离水静市X海里检测到异常，现已形成海啸。距离登录还有X小时。这里是阿罗拉地区，据以太基金会的观测，在距离波尼岛X海里检测到，现已形成海啸。距离登录还差X小时。这里是合众地区，根据飞云气象台观测，距离合众地区X海里检测到异常，现已形成海啸。距离登录还有X小时。…………这里是…………这里是…………”直至最后一条新闻：这里是卡洛斯地区，在东部阿斯特拉海新岛附近检测到异常海流，现已形成海啸。距离登陆海翼市还有X小时，
画面转到小智这边，由于忍蛙的领航，外加船的航速很快，不过多久。他们到达了小智梦中见过的岛屿。这是只存在传说的都市，这里似乎没有四季变化。并且是一个没有寒冷与饥饿的理想国，原野和青山总是一片翠绿，只不过在此时，一个人的出现，让小智觉得很是煞风景。深渊团的首领。熟悉的白发男子身着深蓝色西装出现在众人面前。“少年，看来你明白了那时候我跟你说的话。”小智非常惊讶：“为什么你还活着！亚特姆笑道：“基地爆炸之后，我按了逃生按钮，通过秘密逃生通道逃出生天。随后通过潜艇来到亚特兰蒂斯。使用深渊化身的力量解开了亚特兰蒂斯对深渊的封印。所以这传说之都才会浮出水面。现在这里还是传说之都。大洪水之后，它就会变成新的深渊族圣地。而你们，愚蠢的旧人类，将会随着我的大洪水被洗刷。而我将会成为新秩序的神，统治这焕然一新的世界！”小智愤怒道：“我要阻止你”亚特姆嘲讽的看着他说：“你要挑战一位神吗？”这时黑色的大潮中显现了混乱的身影，漆黑的帝牙海狮再度出现在小智面前。小智不屑一顾的看着他：“你是深渊的混乱的化身，在这依旧神圣的秩序的传说都市里，我的忍蛙，亚特兰蒂斯的战士是不会败给你这个伪神的！”蓝色的水柱包裹着忍蛙从海中跃起。羁绊进化之后威风凛凛的站在了帝牙海狮的面前。而这时，在一旁伺机而动的一群深渊团残存喽啰把小智一行人围了起来。这时艾岚，莉拉小茂，希特隆，星宇站了出来：“喽啰就交给我们，你专心对付他！”受到了同伴激励的小智异常兴奋：“喽啰就交给你们解决了，拉帝亚斯你躲在我后面“小智示意拉帝亚斯不要乱动后又说道：“亚特姆，这是你的最后了！去吧甲贺忍蛙，双重属性手里剑！”“用龙之波动然后用急冻光线！”亚特姆连续用了两个命令。两个光线分别抵消了两个手里剑抵消之后，出现了很大的烟雾。在烟雾的左边突然一个巨大冰球滚动过来，不知道亚特姆什么时候下达的命令，在右边，甲贺忍蛙似乎早就知道会发生这样的事情用试刀疯狂的劈砍着帝牙海狮。双方的碰撞迸发出火花。激烈程度可见一斑。“破坏死光！”“巨大手里剑！”光线与手里剑再度碰撞，双方又一次不分胜负难解难分。亚特姆笑着夸赞道：“打得好少年，你已经能撑住我三招了。不过我已经玩累了，用这招解决你然后我就要发动大洪水了。帝牙海狮！深渊潮袭！”小智咬着牙说道：“或许我一个人的力量是微不足道，但是在打到你之前，我是不会倒下，甲贺忍蛙！水龙破！”水龙与深渊开始碰撞。但是这次帝牙海狮明显占下风。亚特姆也开始紧张起来但是他心生一计突然变脸：“事到如今，我就把一切告诉你。亚特兰蒂斯，在这秩序之都中有一个名叫深渊操控器的神器只有纯秩序的人可以启动它。只要启动它，大洪水就会重新洗刷这个世界。少年你有想过吗？”“毁灭世界的邪恶梦想，我没有想过，还有你不是说用盖欧卡吗”小智反问道。由于小智的分神。甲贺忍蛙的攻势明显小了下来。亚特姆继续说道：”那是捷路特的障眼法。少年你真是过于天真。不过少年你有没有想过另一个事情。纯粹秩序的人是受过基格尔德病毒而且还治愈的人。你和那个卡洛斯冠军都有成为钥匙的资格。”小智说：”只要我和艾岚还在跟深渊战斗大洪水就永远不会降临。”亚特姆又说：“谁跟你说纯秩序的人只有你和艾岚！，还有一个感染了Z神病毒的人，而且已经痊愈了。”小智猛然想起来大喊道：“难道是瑟蕾娜！”亚特姆大笑说：“没错！就是你的恋人！现在她就在我手上！”小智突然暴怒手上的XYZ三神印记开始发光：“哲尔尼亚斯，伊裴尔塔尔，基格尔德把你们的力量借给我！在这神圣的传说之都中，没有深渊化身的位置！甲贺忍蛙最大力量的水龙破！作为亚特兰蒂斯的战士封印深渊族！”在XYZ三神的力量下在亚特兰蒂斯的加成下。亚特姆帝牙海狮的的深渊大潮显得异常渺小。小智的怒吼传到了甲贺忍蛙的耳朵里。巨大的水龙不费吹灰之力的吹散了深渊潮，帝牙海狮被巨大的水龙吞噬。显得不堪一击。随后失去了战斗能力，亚特姆也被巨大的水流吹飞了好远。小智望着倒在地上的亚特姆说：“邪不压正，最终秩序会打败混沌的。”亚特姆笑了轻蔑的对小智说：“少年你还是太年轻。你以为我会在我落败之后发动大洪水吗？我早就用心灵控制操控着你的恋人启动了深渊控制器。潮水正在上涨，小智你能打败我，但是你无法剪断深渊的意志。它是不可阻挡的…………”说罢亚特姆化作一滩水，消失了。
这时。清理喽啰的众人也集中到了小智身旁。布拉塔诺在这时电话打了过来说：小智，气象台发布了海啸警报。海啸距离登录还差不到一个小时。你们安全吗？”电话的那头还滚动播出着海啸预警：这里是什么什么地区…………大浪极高！”突然尤莉佳哭了。希特隆蹲下来安慰自己的妹妹。小智回头说道，我已经打败了亚特姆，大洪水应该退去了才对。这时，拉帝亚斯变成精灵用心理感应告诉小智：“你阻止了深渊的化身，我们来阻止深渊的意志。你跟我说过的，人与精灵在一起没有什么事情是做不到的。从上次奥多马雷遇见你的时候我就相信你。”拉帝亚斯吻了小智的脸颊之后飞走了。这时拉帝亚斯开始呼唤同伴：“精灵们这次深渊的大潮不只是人类的灾难，也是我们的灾难。所以请我们团结起来，一起面对这次没有方舟的大洪水。用我们的力量守护好我们的唯一的世界吧！”这时XYZ三神感受到了拉帝亚斯的呼唤，紧接着固拉多，盖欧卡，裂空座神兽们纷纷出现在自己的地区，开始退潮。在神兽的威力之下深渊大潮渐渐退去。海啸预警也随之消失，但一个声音的出现让众人刚放下的心又悬了起来：“不，还没有结束。”艾德博士在布拉塔诺博士的帮助下跟小智通了话：“只要深渊操控器还没有关闭，大洪水就不会停止，第二波海啸就要来了。恐怕这次连哲尔尼亚斯他们都无法阻挡，总之快点关掉深渊控制器！”小智收到艾德博士的警告之后，径直的跑向亚特兰蒂斯的波塞冬神殿中。在神殿里小智找到了瑟蕾娜：“瑟蕾娜，快醒醒，是我！快醒醒。”瑟蕾娜睁开朦胧的眼睛望着小智：“我们这是在哪？”小智抱住了瑟蕾娜，眼泪止不住的流出：“我不会让你在从我身边消失了。”
“是吗？那你们都走不出这里了”一个阴森的声音伴随着一个人从黑暗中一点点浮现，小智看清这人之后大喊道：“捷路特，你真是阴魂不散。亚特姆已经输了。”捷路特吸了一口气闭着眼睛仰天说道：“是的，我知道。但是boss给我最后的命令是守护好深渊控制器，也就是说有我在，大洪水就不会停下！还有不到一分钟，无法退却的大洪水就会吞没大地，一切都将回归原初，而boss将会在澄清之水和混沌之源的力量下重生！”捷路特看了一眼在深渊控制器上的两颗宝石一颗纯白一颗混沌，这就是澄清之水和混沌之源。“时间不够了，我们要关闭它”瑟蕾娜说道。
小智一马当先：“我去！”
“不，你去牵制捷路特，我无法与之抗衡”瑟蕾娜似乎抱着必死的决心。小智大喊道：“不，我不能失去你。”
这时捷路特大喊道：“看来你们还没决定好啊，那我来帮你们做决定吧！去吧盖欧卡！把这里淹没吧！”希特隆，艾岚，莉拉，小茂分别召唤了自己的精灵与盖欧卡进行周旋。小智一把将瑟蕾娜推倒在地上，自己径直的跑向了深渊操控器。用尽全力开始把深渊操控器的阀门关闭，但是没有用，阀门似乎被什么保护着，纹丝不动。紧急关头哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔从外面冲了进来，将澄清之水和混沌之源吸收到了自己的体内。恢复了神性的XY神。加入了希特隆他们与捷路特开始大战，这时小智旋动了阀门，异常吃力。每转动一点都在消耗着XYZ三神给予他的力量。还差一点就差一点了。在最后即将关闭的时候小智手上的XYZ三神的印记消失了。小智失去了力量不论怎样用力敲打机器机器都纹丝不动。这时海啸已经形成，亚特兰蒂斯即将沉没，神殿里水已经齐腰。捷路特突然出现在小智身后一把将小智扔出很远：“这下没人能阻止boss的宏伟计划了！尽管我知道我看不到之后的世界了。但是你们也要跟着我一起被殉葬！”小智大吼：“你们撤退，我来想办法！”
希特隆一行人听到小智的呼喊，尽管很想留下但是由于即将淹没很无奈的回到了船上希特隆在临走时大喊：“小智，瑟蕾娜！船就在外面！快点过来。”小智说了一句：“都走了啊，瑟蕾娜，你为什么不走”“我要跟你在一起面对这一切。”瑟蕾娜深情的看了小智一眼。“好，我们想办法关闭那个机器去吧，甲贺忍蛙！水龙破！”捷路特面容扭曲：“不可能的！去吧盖欧卡，用旋涡！”就在小智与捷路特战斗的时候，就在这时瑟蕾娜向深渊操控器游去使出自己仅有的生命力一瞬间把操控器逆转大海啸退去海浪逆流。亚特兰蒂斯表面被海水完全淹没，即将沉入海底。少年试图抓住少女的手。少女也向他伸出了自己的手。就在这时盖欧卡刚刚制造还没有消失的漩涡突然把少年和少女打散。少女的手绢似乎被卷了出来。打到了少年的脸上。随着旋涡少年被打出了神殿，亚特兰蒂斯就此再度沉没，海面重新归于平静。几天后一个少年被一块浮起的木板托着飘到了海边，而少女则行踪不明。但少年发现他的包里多了一个手绢，上面写着。凯尔佳地区，有你想知道的一切。
“小智，接下来你要怎么办？我想你应该已经做出决定了吧。”布拉塔诺博士问道，看着小智面容上坚定的决心，固然已经决定好了接下来的旅程。“当然，我要去凯尔夹地区，去找回属于我的东西！”
“看来我们要暂时分开一段时间了。”希特隆说道、“虽然很想跟你一起旅行，但道馆那边我还是会有些不放心，所以我想要会道馆升级一下希特洛伊特的系统，让它进一步提升对战方面的技巧。”
艾岚则是很淡定的说道：“通过这次的经历，我发现了自己的实力仍然不够，所以我需要在布拉塔诺博士和基格尔德的帮助下进行不断的修行。”
“天下没有不散的宴席，也没有一直不见的一天，有缘再见，谢谢这一路的旅行，让我成长了很多，我现在要去完成自己的任务，她还在等着我呢。”说完，星宇手持着两颗闪闪发光的宝石向着森林方向走了过去。
“虽然才刚见面不久，但是我现在必须国际刑警组织汇报刚刚发生的一切，所以，再见了。”莉拉向小智敬了一个礼后，利用胡迪的念力坐在雷公身上飞走了。
“小茂去哪里了？”小智东瞧瞧西看看，发现没有小茂的踪迹，很是疑惑的问道。“这个啊，刚刚他说不想和你说再见，已经先行离开了，现在恐怕已经坐在飞机上了。”布拉塔诺博士解释道。
“既然这样，那我也没有别的顾虑了，还有个问题，我该怎样前往凯尔佳地区呢？”“想要去凯尔佳地区，就必须依靠阿尔宙斯的力量。”拉迪亚斯利用心电感应来帮小智解决心中的疑惑。“那事不宜迟，现在就前往神奥，找到阿尔宙斯！”小智向身边的人一一告别，潮水冲刷过的夕阳显得格外动人，晚霞映照在众人的脸上，每个人都朝着自己的目标不断前进，人不都是这样的吗，给自己定了目标，就要一鼓作气的将其攻克，才能不断成长，不断进步。
小智乘坐在拉迪亚斯的身上，向着晚霞的方向飞去，看着他离开的背影，众人的心里有些不舍，但更多的是对他的担忧以及期待他的凯旋回归。他的成长，已经得到了所有人的证实。
但是，一个事件的结束难道不是另一个旅途的开始吗？冒险仍在继续，小智的旅途也从未停止。
本书完天幕作
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