《名侦探柯南》是于1996年1月8日开始在日本读卖电视台播放的长篇推理动画剧集，至今（2016年）仍在连载中。该动画片是据日本漫画家青山刚昌创作的侦探漫画《名侦探柯南》改编而成，主要讲述了高中生侦探工藤新一因意外身体竟回到发育期的孩童状态后发生的故事。
高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”，“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲，担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
宫野厚司与宫野艾莲娜结婚，进入黑衣组织，参与APTX4869的研究，生下宫野明美与宫野志保，后“意外死亡”。志保到米国留学，之后回到日本继续APTX4869的研究。
黑衣组织杀手贝尔摩德杀害了一直在调查组织的FBI探员茱蒂·斯泰琳的父亲，并放火烧了茱蒂的家，年幼的茱蒂幸免于难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。小茱蒂对贝尔摩德所说Asecretmakesawomanwoman”印象深刻。
女明星莎朗·温亚德（即贝尔摩德）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习易容术并成为好友。
307-308龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。
286-288
工藤新一和毛利兰到纽约游玩，有希子招待他们，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗·温亚德，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。后来兰在路上先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）
——莎朗假造了自己的死亡，以女儿克里丝的假身份继续生活下去。
1、2、4
新一在与青梅竹马的兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。
5
52
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
13
漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
43
工藤夫妇得知柯南身份。
48-49
服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54
柯南偶遇黑衣组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57-58
服部平次知道柯南身份，并开始合作。
128-131
宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后灰原哀还透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176-178
柯南和灰原偶然发现了琴酒的保时捷，意欲跟踪时被琴酒发现了跟踪器。但柯南依然得知组织成员皮斯克（Pisco）将在杯户饭店进行暗杀。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了皮斯克，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。皮斯克暗杀成功后发现灰原，将她迷昏后藏在饭店酒窖里。柯南与灰原取得联系后让她喝下白干。灰原恢复身体，从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼，在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖。此时白干效力已过，灰原身体变回。皮斯克露出真面目，在准备处决灰原时，柯南再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因暗杀中出现了重大失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员。）
170-171
新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。
——长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
——-
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。
226-227
茱蒂首次登场并与柯南相识，并看见他借助园子破案。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
新出医生（贝尔摩德假扮）可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
柯南等人认识了来自芝加哥的老人詹姆斯·布莱克，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走，同时詹姆斯也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、CoolGuy。
269-270
高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
289-290
灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美，另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇），了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑衣组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
329-330
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个ying国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃（最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338-339
340-341
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛社平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。
343-344
茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346-347灰原哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出医生回归。
374-375
385-387
394-396
山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
429
本堂瑛祐登场。
462-465
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
491-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，四年前身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509
水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。
511
柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521-523
工藤新一第三次恢复。
563-564
疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581
伤疤秀一再次出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616-621
工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
646-651
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
671-674
冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676
世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
681-683安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。
684-685灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。
690-691
冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”
699-700
世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
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