次世代主机是在方舟计划中世界树陨落后，为了管理网络世界而建立次级区域管理系主机，虽然这些主机的力量远强于一般的数码兽，为视为“神”而受到崇敬，但其本身并没有世界树级别的权限，并且受到组织势力中的首领数码兽节制。本文中的次世代主机有：
1，辅佐皇家骑士管理DWC区域，负责派给皇家骑士任务的“中央控制台”。
2，帮助朱比特兽管理奥林匹斯圣山，指挥十二天神的“荷马改良型”。
3，监控龙系数码兽进化和发展，守护龙之怒吼领域，现代龙国的领袖“龙神”。
4，在天界中长期保持超然地位，独立于神之列队之外的“梵天”。
5，潜伏于黑暗区域内，拥有令七大魔王俯首称臣的恐怖实力，鲜为人知的“暗狱殿”。
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