在消灭了杰罗尼蒙以后，皮古蒙因为帮助了人类，因此被特搜队赋予特别队员的称号，和皮古蒙成为了好朋友。
在这以后的日子里，特搜队去V2号太空站救援，并且在Q星球战胜了宇宙沙尘怪兽萨伊哥，初代则消灭了眼睛能发射爆炸闪光，身体能抗下斯派修姆光线的光热怪兽奇拉，众人又过上了一段时间的舒服日子。
然而，特搜队不知道的是，地球最大的危机已经来到了。
宇宙中，有一大群宇宙飞船正在以压倒性的气势接近地球。
世界各国都收到了消息，全世界陷入了恐慌之中，特搜队本部也收到了消息。
萧宇若等人在家里也收到了消息。
萧宇若表情凝重的说道：“地球马上就会迎来一场巨大的危机。”
南宫星问道：“什么巨大的危机。”
萧宇若说道：“这一天终于来了，特搜队还有奥特曼即将要面临一场浩劫。”
诸葛天宇问道：“到底是什么浩劫。”
萧宇若解释道：“最后的时刻要来了，这次的战斗是在这个时代的最后一场战斗了。”
司徒成明白了什么，说道：“你的意思是，宇宙恐龙杰顿要来了，打败了杰顿，就等于是，我们马上就会离开这里了。”
南宫星激动的说道：“真的吗，我们马上就要离开了，太好了。”
诸葛天宇拦住南宫星的激动心情，说道：“先别急着高兴，我们现在要想办法对付杰顿。”
萧宇若说道：“杰顿在这个时代的话，是个非常厉害的敌人，它是第一个杀死初代的怪兽，而且这个时代的怪兽都很厉害，尤其是像杰顿这种怪兽，杰顿可是个强敌。”
诸葛天宇：“那么，我们现在怎么办啊。”
萧宇若说道：“我们现在去科学特搜队，去找他们，他们现在也一定需要我们帮忙，打完了杰顿之后，就可以离开了。”
南宫星：“可是直到现在为止，我们还一直没找到酷卡雷伏斯那个家伙，真不知道那家伙到底想干什么。”
萧宇若说道：“我相信那个家伙，肯定也在这个世界，甚至，它很有可能还会去下一个世界。”
南宫星激动的说道：“我们赶紧去吧，这是在这个世界的最后一战了。”
萧宇若：“好，我们走吧，去帮助他们击败杰顿。”
四人赶紧跑出去，驾车前往特搜队本部。
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与此同时，世界各地包括东瀛的战斗机全部参加战斗，但是全部被与杰顿星人的舰队击毁了，舰队正在朝特搜队本部袭击。
特搜队此时接到巴黎总部的命令后，除明子以外全部参加战斗。
然而这时。
村松等人走了之后，岩本博士才想起来有什么东西忘了：“忘了，他们带上昨天刚刚造好的新武器了吗。”
明子：“还没有，赶紧送去。”
岩本博士急急忙忙的去送武器，刚走到楼梯口，突然一双怪手把岩本掐晕了，然后拖到了隐蔽的地方。
战场上，三架威托机以强大的武器消灭了敌方的飞船，其中最中间的一个宇宙飞船逃离了舰队，早田和村松立马前去追击。
另一边，在指挥室里，岩本博士走了进来，悄悄的靠近明子，明子看岩本博士走进来了，说道：“博士，他们带上造好的新武器了吗，博士。”明子立马发觉博士不对劲，博士立马掐住明子的脖子，把明子掐晕过去了，然后，岩本博士突然变出一把枪，将通讯设备全部打坏，基地里瞬间变成一片黑暗，基地里的警报器也响了起来。
战场上，岚和伊初使出全部的火力，将舰队全部消灭掉了。
早田那一边继续跟踪着逃跑的飞船，但是，飞船却躲在了山谷里，早田和村松怎么找都找不到。
伊初用通讯器呼叫道：“我是伊初，宇宙飞船已经全部被消灭掉了。”
岚：“我是岚，我也消灭了那些宇宙飞船，队长，那个宇宙飞船怎么样了。”
村松说道：“很遗憾，让它逃走了，我们准备继续搜寻，你们两干先返回本部。”
伊初兴高采烈的拿通讯器呼叫道：“伊初呼叫本部，伊初呼叫本部，明子队员怎么了。”伊初呼叫了两遍，可是没有人应答。
伊初赶紧通知队长：“队长，明子队员联络不上。”
村松大惊道：“什么，村松呼叫本部，村松呼叫本部，村松呼叫本部，明子队员请回答。”
早田想到了什么不好的事情，说道：“不好，本部可能出事了。”
村松立刻呼叫道：“全体立刻返回本部。”
四人迅速返回了基地，岚和伊初跑到指挥室，发现指挥室一片狼藉，通讯设备全部毁灭，明子倒在地上昏迷不醒。
另一边，萧宇若四人也赶到了现场。
诸葛天宇大惊道：“特搜队本部怎么了。”
南宫星：“肯定是被敌人偷袭了，我们快去看看。”
这时候，四人发现岚还有早田和村松正在追一个人，此人正是岩本博士。
岚追上他之后，一拳把他打倒在地。
村松连忙阻止道：“岚，你干什么，岩本博士。”
村松赶忙扶起，却发现不是岩本博士，原来这个岩本博士是宇宙人假扮的。
早田连忙用军神133射线枪击杀了宇宙人，宇宙人临死的时候不停的叫着‘杰顿，杰顿。’
村松说道：“难道宇宙人已经侵入本部了。”
岚：“他装扮成岩本博士，把通讯设备破坏的一塌糊涂。”
早田：“队长，宇宙人临死前不断叫着杰顿，不知道什么意思。”
“我知道什么意思。”
三人往身后一看，原来是萧宇若四人。
“宇若君，你怎么来了。”村松惊奇的问道。
“村松队长，那家伙说的杰顿是一头怪兽。”
这时，岚发现前面的土地破裂，从地里飞出了之前逃跑的飞船。
众人一脸凝重的看着飞船降落，接着，飞船的门打开，一个像气球一样的蓝色物体正在变大，接着爆炸了，爆炸的烟雾中出现了一只可怕的怪兽。
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