侦探团这天来到坂口家，来看一条名叫约翰的狗，是一只德国黑背牧羊犬。步美抚摸约翰，称赞，“约翰好可爱，但不知道牠几岁了？”柯南顺口说，“我念小学的时候约翰是只小狗，所以算算至少有8岁了。”侦探团奇怪的看着他，“你在说什么啊，柯南？”他急忙穷解释是开玩笑的。这时，主人坂口正义出来，见到4个孩子，非常开心，热情地邀请他们进来坐。坂口正义，宽脸中年人，负责青少年问题的名律师。
过了几天，千钧为了感谢毛利小五郎在直子绑架案上的大力帮忙，带上直子请毛利三人组在外面吃饭，小五郎自然不会客气。
回来时路过坂口家，小兰想起小时候新一总带着她给约翰喂面包吃。小五郎回忆起来，坂口正义是负责青少年问题的名律师，显然是听老婆英理提到过。小兰也想起来在她小学3年级时，坂口正义的儿子刚好在念国中，自杀去世了。
这时，大家听到屋里传来了狗叫声、惨叫声，大家一起跑进去。从屋里冲出一个尖叫的X感女郎，千钧急忙上前抱住她安慰。她叫做杉田早苗，是这里的房客，红橙发的青年女子，戴着耳环。
杉田惊慌失措告诉大家，约翰攻击人了，被攻击的男子名叫前原刚，是住在隔壁的邻居。而狗的主人坂口正义并不在家，正在伊豆出差。前原刚，20岁，瘦削的青年男子，肤色略深，喜欢喝酒的不良分子，大学生。
柯南跑进去查看，被毛利侦探恼怒，将他扔了出来。柯南看见约翰蹲坐在楼梯上，喊了一声，约翰扑了下来，把大家都吓了一跳，约翰扑倒柯南，用舌头舔着他的脸蛋。千钧赞叹柯南超强的狗缘，柯南大为不爽。毛利大叔确定前原刚已经没有救了，随后柯南通过家里的电话通知了坂口正义家里出事了，让他速回。
直子看到这个前原刚，皱眉道，“千钧，这个家伙好像是个不良份子，我记得你前一阵子还教训过他。”千钧走上前，仔细看了看，点头，“真的是他，我记得他的同伙喊他小刚。”柯南仔细询问起，直子说，“这个家伙领着几个人在学校附近专门欺负一些同学，被千钧看见，把他们都扁了一顿。”小兰也知道这件事，“是啊，后来他们就不敢到我们学校去了，都被千钧打怕了。”
目暮警官带着高木警官也赶到现场，再次感叹毛利小五郎果然又在这里。经过初步调查，被害者叫做前原刚，今年二十岁，是住在坂口先生隔壁的大学生，是坂口先生拜托他来照顾约翰的。
杉田早苗叙述，今天晚上8点时，前原刚约她在客厅唱歌跳艳-舞鬼-混，在快要9点时，接到了坂口的电话，让前原刚给楼梯上的约翰听电话，前原刚就拿着电话无线子机，上了二楼，把子机放在了约翰的耳边，随后惨剧就发生了。后来毛利三人组与千钧2人组就到了。
千钧在旁边暗自赞叹杉田早苗的穿着性-感，结果被直子当场给了粉拳警告。
目暮警官也奇怪，为什么狗会无缘无故攻击人。杉田早苗道，“我也不知道，它突然就扑向了小刚，向他攻击了。”柯南极力反驳，认为约翰不会随便伤人。杉田早苗道，“但是，小刚他什么也没做啊。”目暮警官不以为然，小兰问起怎么处理约翰，高木警官说如果狗随便攻击人的话要被药物处理掉的。小兰担忧，“是要杀了它吗？”目暮警官说要等坂口正义回来才能做最后的定论。
晚上，千钧和柯南到阿笠博士那里，千钧也认为豢养多年的狗不会随意攻击人，除非得到主人的命令。阿笠博士拿出了大量资料，柯南从报纸上找到线索，坂口正义的儿子坂口正人在上国中一年级时因被不良同学欺负而自杀。柯南和千钧对视一眼，都有些明白了。
第二天，目暮警官来侦探事务所喝茶，与毛利小五郎谈起了案情。柯南问起约翰的情况，目暮说只是将它带走了，还没有下最终结论。毛利问坂口律师怎么说，目暮道，“他也不相信约翰会随随便便的就攻击人。”柯南在旁边插嘴，“没错，我也不相信，这其中一定有原因。”结果被大叔直接捏住了嘴巴，“你给我安静一点！”
目暮警官叙述了上午的调查内容，坂口先生让小刚拿电话给约翰接听，按照习惯要对约翰说声晚安然后准备去睡觉，而在说晚安之前，只是说了，[约翰，你好吗？你好吗，约翰？]然后就听到约翰狂吠的声音，还有小刚的惨叫声。
毛利问道，“那坂口先生就没有另外说了些什么？”目暮警官肯定没有，“这一点我已经向早苗小姐了解过了。”
听完目暮警官询问坂口先生的情况，柯南说起坂口正人的事情。目暮也知道这件事，警方确定了坂口正人当年的不良同学就是死去的前原刚，“正人在他的日记中写着被小刚欺负的情形，并且因此而自杀的事情。坂口先生看了正人的日记，一定非常的恨小刚，而且他太太很早就过世了，正人是他唯一的亲人。但是，守灵的时候，他看到不断哭泣赔罪的小刚，还是原谅了他。2年前，前原刚在考上大学后再次来到东京，就租住在坂口先生的隔壁房间。”
千钧感叹，“真是造化弄人啊！”目暮警部道，“坂口先生也没想到会再见到小刚，不过，他说已经将过去的事情忘怀了，还常常请小刚到他家里去吃饭。”
毛利小五郎立即得出与千钧同样的推断，坂口先生依然怀恨在心，暗中训练了约翰以特定的暗号攻击敌人，以此实现了他的复仇计划。但是，目暮警官说昨天他也做了同样的判断，让坂口先生对着约翰说了“约翰你好吗，你好吗约翰？”，可是约翰安静地蹲着，一点反应也没有。毛利侦探有些泄气，觉得不可思议。
柯南单独到坂口家调查了些情况，知道了无线分机电话和钟声的线索，明白了坂口先生的手法。
在回到事务所后，柯南拐弯抹角地提示给大叔，小五郎也明白了，坂口先生是利用子机的电话才能发出暗号，而刚巧那时时钟敲响了，这是另外一个暗号。大叔自认为名侦探毛利小五郎把谜题轻易破解了，然后哈哈大笑，柯南无语了。
随后大叔约了目暮警官等警方人员前去进行现场推理实验，很多人都闻讯敢来观看，千钧与直子、阿笠博士带着侦探团，还有园子等同学都来了。千钧感叹真是疯狂的世界，大家都对推理这么感兴趣。不过，结果完全出乎小五郎和柯南的意料，约翰还是没有反应，大家都一阵哄笑。
小五郎恼怒，“奇怪，不可能，难道我真的想错了吗？”小兰恼怒，“父亲怎么可能利用爱犬给儿子复仇呢。爸爸，你想太多了！”千钧这次坚决站在小五郎这边，“毛利叔叔的判断不会错，肯定是利用了条件反射，只是不知道具体的引诱条件是什么。”侦探团不明所以，步美问什么是条件反射。
柯南解释起来，这是俄国生理学家伊万巴甫洛夫发现一种生物现象，条件反射就是：原来不能引起某一反应的刺激，通过一个学习过程，就是把这个刺激与另一个能引起反应的刺激同时给予，使它们彼此建立起联系，从而在条件刺激和无条件反应之间建立起的联系。当时经典的案例就是用狗来做的实验，非常出名，现在各国生物学课本里几乎都有记载，当然侦探团在一年级还没学到。
几个孩子奇怪为什么柯南知道的这么清楚，柯南急忙说是电视上演过了。
这天晚上，在侦探事务所，目暮警官提到了坂口先生最近三个星期一直带约翰带野外活动，毛利小五郎立即道，“一定是坂口先生在训练约翰。”目暮警官摇头，“我们没有证据，这样的话，明天傍晚约翰就要被处决了。”柯南非常失望，身穿粉红色睡衣的小兰回忆起新一，也露出难过的表情，柯南在边上看得口水都流出来了，小兰这样的打扮太美了。
第二天，在帝丹小学，孩子们在游泳，柯南告知了大家约翰将要被处决的消息，侦探团都非常难过，让柯南想想办法救救约翰，柯南摇头，他也一晚上没睡好。今天柯南也没有心情欣赏步美的泳装秀。这时，柯南看到了游泳老师指挥大家跳水，进行游泳比赛的过程，恍然大悟，明白了问题出在哪里，原来是顺序不对。
于是下午，大家都再次接到通知，前来观看小五郎的推理实验，小五郎指挥高木进行实验，对约翰使用暗号，就像运动员那样，次序千万不能错，否则约翰就无法理解。首先，是电话铃响起相当于各就位，然后是21点的钟声相当于预备，最后就是坂口先生说的话“约翰你好吗，你好吗约翰？”，于是天真无邪可爱烂漫纯真善良乖巧幼稚的约翰就扑向了目标。
在事实面前，坂口正义不得不承认了自己的罪行，他的儿子因被前原刚欺负而自杀，本以为小刚只是个小孩子，还能悔过，没想到长大后反而变本加厉，于是他利用了约翰杀死了小刚报仇。“这是因为小刚他竟然完全不记得那件事了，”坂口气愤的说道，“我的事、正人的事、他逼死一个人的事情，他一点都不记得，全部忘掉了。所以，他才会毫无知觉的搬到我家隔壁来住。8年之后再见到小刚的时候，他不但完全不记得这件事情了，而且他跟八年前一样都没有变。如果法律不能够制裁他的话，我就以正义制裁他，约翰应该也很高兴能够为正人报仇才对。”
柯南大声地指责坂口，不顾约翰死活，说的话很重，让大家都惊奇地看着他。千钧只好说他太喜欢狗了，才会语无伦次。毛利说道，“坂口先生，我们绝对不想看到校园暴-力事件，我们也非常了解你内心的痛苦和怨恨。但是，你有没有考虑到约翰它的心情呢？你利用它作为复仇的工具对约翰太不公平了吧，约翰只是一只善良的动物而已。”千钧感慨，“深深的沉默孕育了刻骨铭心的复仇。——维托里奥阿尔菲耶里。”
所有人都惊叹毛利侦探的精彩推理，这次也是毛利侦探在清醒状态下解决的案件，因而他更加得意，放声大笑，“什么条件反射诡计陷阱，在我名侦探毛利小五郎面前都不值一提，哈哈！”柯南吐槽，还不是我提示你才发现的。
目暮警官将低头认罪的坂口正义带走了，后来坂口因儿子之死，杀死前原刚，被法庭判处10年徒刑，约翰也转交给坂口的亲戚豢养。毛利小五郎协助警方破获该起案件，得到了B级奖励。因坂口正义入狱，房客杉田早苗只好另寻住处。
随后，在米花公园柯南把情况告诉了侦探团的其他成员。元太道，“原来是这样。”步美道，“真是太好了。”光彦说有些可惜了，“约翰是那么的可爱。”这时一位漂亮的遛狗女郎，留着黑色长发，穿着白色长裙，看起来很文静的美女，牵着一条狗过来。千钧说，“可爱的狗到处都有。”小兰笑着说，“你们看，那条狗是不是很可爱？”侦探团都围过去抚摸称赞，遛狗女郎见自己的狗这么受欢迎也很高兴。
毛利小五郎老毛病发作，上前摆酷，“亲爱的美丽小姐，我也是个非常喜爱狗的的男士，让我们去咖啡厅聊一聊狗的故事，顺便增进一下感情好吗？”遛狗女士有些不知所措，“不、不耽误你……”毛利却说有的是时间，可以慢慢了解。
不过她的狗却感觉大叔不怀好意，狂吠着冲过去咬大叔，小五郎吓得魂飞魄散，亡命而逃。侦探团说他活该，柯南说本性难改，小兰头疼，直子笑成一团。千钧嘟囔，这个遛狗女郎还没有杉田早苗性-感呢，大叔的品味还真奇怪。
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