柯南要面对小五郎的质疑和小兰的责难，还要抽时间用新一的身份打电话给小兰，抱怨自己的这样不上不下的日子什么时候才是头。千钧这边一直在搜索寻找黑衣组织的信息，可是最近似乎非常平静，没有发现任何线索。
某日放学后，正当千钧在家里吃完饭后，接到柯南的呼叫。千钧无奈，只好过去看看。千钧赶到四町目后，才知道原来是侦探团要去鬼屋探险。
当然，这次的主意是步美提出来的，说要去鬼屋消灭妖怪，她讲鬼故事还是挺吓人的。“据说，五年前那个房子的主人不知道被谁给杀死以后，那个房子就变得很恐怖，他太太跟他的儿子好像也搬走了，后来房子就被恶灵给占领了。半夜总会听见很恐怖的叹息声，不小心跑进去的狗，隔天被人发现，只剩下一堆白骨。我昨天傍晚出去买酱油的时候，在老洋房附近发现一个黑影从身边跑过，跟到那老洋房，他就不见了。然后我就从那个房子的窗户里看见了，那个房子的里有鬼魂出现。”说完还高声尖叫，这倒把柯南吓了一跳。
步美问大家是否害怕，柯南黑着脸，“我被你叫得好害怕。昨天傍晚下大雨，那黑影是什么人穿着雨衣跑过吧。”光彦也提出质疑，现在是科学的时代，世界上根本没有鬼，只有电视或者漫画里才有。但是在团长元太的暴力威逼下大家不得不服从，“那大家一起来，来证明世界上并没有妖怪存在这个事实。”于是元太规定侦探团所有成员必须在下午5点赶到四町目的老洋房。
听柯南解释完整个过程，千钧有些恼怒，“喂喂，你们去幽灵鬼屋探险，喊上我做什么？”柯南苦笑，“好了，你就不要抱怨了。大家对你比较信赖，你就留在外面等我们就行，万一有事情我们会请你支援。”千钧哭笑不得，自己成了预备队了啊。
嘎啊！嘎啊！乌鸦的叫声不断的传来，千钧最讨厌东京的地方就是成群的乌鸦，好像没有哪个国际大都市有这种特色的。千钧苦笑着转过头看着面前的洋房，古老的房屋隐藏在黑夜，杂草丛生的院子，爬满植物的房子，配上乌鸦的叫声给人一种毛骨悚然的感觉，的确像是恐怖电影的开端。
步美已经害怕得牙齿打颤，光彦和元太还在硬撑，不过脸色也好不到哪里去。“喂喂，不过就是乌鸦叫而已，你们怕什么啊！”柯南有些无奈的看着侦探团几个家伙，真是胆小啊，虽然此时的场景确实挺吓人的，不过对他这个看过无数凶杀案的名侦探来说，完全是小意思。
元太携带的武器是棒球棍，步美带了点心，光彦带了手电筒和指南针，柯南什么也没带。元太嘲笑到时候怎么死的都不知道，步美也说不小心会被干掉的。柯南黑着脸，“我会努力不死的。再说，这是要去魔王的城堡吗？”
院子的大门被锁上了打不开，侦探团不好意思刚开始就请千钧相助。元太倒是知道秘密入口，所谓的秘密入门是一个小小的矮门，这个矮门是卡在洋房附近的篱笆里，所以不仔细看是看不出来的。
步美的胆子很小的，连打雷都怕，路上她有些后悔了，早知道这么惊险不如留在家里。“里面阴森森的什么也看不到，很可怕，我们回去好不好？”吉田步美站在洋房的后门前，咯吱咯吱的声音，如水的月光洒在了房间的内部，几人拖出长长的黑影。
“我就说了，一开始回去不就好了！”柯南的话显得有些无奈，看了一眼死死拽着自己衣服尾部的步美，叹气，“放心了，千钧哥哥就在外面，走了进去吧！”元太带头大步走了进去，“不行，已经来到这里了，怎么可以就这样回去。要回去步美一个人回去好了。””
突然，天阴了下来，外面下起小雨来。“实在不行我们回去好了！”终于相信科学的光彦也有些忍不住了，轰隆，“啊！”步美被洋房外的雷声一惊，吓得往前面冲去，突然身体撞在了一个黑影上，“好疼！什么东西？”步美捂着自己撞得有些红的额头，抬起头想要看一看，漆黑的身躯，魁梧的翅膀，一个怪兽叼着一个赤L美女，眼神中透露着一股杀戮，正朝着她微笑。
步美看了一眼，吓得大声叫了起来。“这是怎么了？”一束光芒照在那怪兽上，“真是的，步美别哭了，只是个雕像。”柯南看了一眼步美，满不在乎的说道。“柯南，你好讨厌，这么说我也害怕。人家都快吓死了，你还笑个不停……”步美哭哭啼啼。光彦笑道，“看清楚吧，这个恶魔不过是个雕刻品而已。”
柯南把孩子们安抚好，继续往前面走去，几人走了一段，步美突然停下了脚步看向边上的一个洗手池，不由露出笑容，“运气真好，居然还有洗手的地方。刚刚摔跤的时候手也脏掉了，正好洗洗手。”看了看自己手中的灰，步美脸上露出一股不满，毕竟是个七岁的女孩子，对自己的衣帽整洁看的很重要，柯南抱怨女孩子真麻烦。
步美把手伸了过去，将水龙头打开，哗啦啦，水从水龙头涌了出来，开心的搓动着手，渐渐的手中的灰尘被洗掉了。柯南看到这里脸色一变，“奇怪，已经五年没有人到这里了，似乎也不怎么脏呢！水也通的，弄不好这屋子里真有人住啊。”侦探团发现这房子真的很大，步美说以前是一家非常有钱的人家在住。
侦探团探险队成立，元太是勇者，步美是女战士，光彦是魔法师，柯南自然只能是村民，汗。有了状况，他们让柯南这个村民打前锋，柯南气得够呛。吱呀，开门声音传来，几个小孩子一起躲在了柯南的后面。
柯南好笑，过去将门推开，一间空荡荡的屋子，没有一人，更没有鬼。柯南走了进去，房间中的窗户不知道什么时候打开了，风吹了进来，窗帘在窗口被风吹的摇摇晃晃，白色的透明丝布显得悠闲阴森森的，“我知道了，原来是这样！”
光彦想到什么似的大喊了起来，“步美前几天看到的白影恐怕就是这个窗帘了吧，肯定不知道什么时候窗户一直打开了，所以窗帘晃来晃去的以为是鬼了！”“说得对呢！一定是这样的！”元太点点头，“因为很长时间没人来，所以窗户没有关上，错以为是鬼了。”“原来如此，光彦真的好像名侦探！”步美开心得笑了起来，拍手称赞光彦的智慧。之后，光彦想去洗手间，步美担心他一个人会有危险，光彦很自负，“科学跟逻辑就是我的伙伴。”
幽灵鬼屋，上厕所的光彦发现了地下通道，壮着胆子走了下去。光彦打开了下面的门，发出了恐惧的叫声，随后失去音讯。
柯南大惊，让元太和步美待在原地不动，自己跑过去查看。元太拿出食物请步美吃东西，步美特意给柯南和光彦都留下一份。步美显得有些低落，眼神中透露出一丝恐惧，双手抱膝的坐了下来，眼睛水灵灵的仿佛要哭出来的样子，元太在旁边努力壮胆劝慰着步美，嚷嚷着自己去楼梯高处喊千钧进来帮忙。
柯南在几个房间飞速查找，“这个屋子有古怪，从进屋的时候就感觉到了，根本不像是一个将近五年都没有人住过的屋子！”柯南冷静的分析，“首先是五年没有人交水费的话，这里面是不会有水的，然后是窗户下没有雨迹，反而是干的，根本就是有人打开忘记关上而已，在隐秘的地方居然还有秘密的出入口，那个矮门，估计有人特地做出来的！”
在主人昔日的房间内，柯南手中的手电筒光束最终停留在书桌上的照片上，他有些奇怪的走上前去，拿起照片，照片中一对中年夫妇和一个青年露出幸福的微笑，可以看得出是一个和谐美满的家庭。“这个应该是当年的被害者与妻儿的全家福。可惜了，到现在行凶者还在逍遥法外。”这时传来元太在楼梯处的惨叫声，柯南大惊失色，急忙往回跑，同时开始用徽章呼叫千钧的支援。
“元太你在哪里？”步美有些颤颤巍巍的在黑暗的走廊中向前走去，刚刚开始自己身边的人就一个个消失，她毕竟只是一个七岁大的女孩，在这种恐怖环境下，不由的全身发抖起来，周围的黑暗中仿佛有什么东西在狞笑着等待她。步美咬牙强忍着眼中的泪水，暗中给自己打气，朝前面走了几步，大声喊，“元太，你快出来吧，不准再吓唬我了！”
“喀拉喀拉！”步美突然停下了脚步，有些害怕的看向前面走廊的拐角，拐角处有点光影在移动，是人的脚步声，光源像是蜡烛之类的东西，而并非光彦带过来的手电筒。步美跌坐在地上，惊惧地发抖，她听出来这个脚步声绝不是元太的。就在那脚步声走出拐角的一瞬间，一个黑影闪过，柯南飞速的扑倒步美，将步美紧紧的搂在怀中，在地上滚向已经开了门的屋子里面。
“唔！”步美在柯南的怀中就要被吓的大叫起来，柯南一只手捂着她的嘴“步美别怕，是我啊。”步美在看到柯南的时候眼泪终于涌出来了，她害怕极了，这时突然想起来自己是在柯南的怀抱中，红着脸不敢乱动。二人贴着墙，听着门外的走动，终于一个身穿黑衣的女人推着一辆似乎装满食物的食车走了过去，柯南和步美才轻轻的舒口气。步美害怕极了，“柯南，那是鬼吗？”柯南抱紧她，“笨蛋，看清楚了，是人啦，好像在推什么东西过去……”
柯南拉着步美的小手打算偷偷跟过去看看，步美的身体还在微微Ch抖。二人跟了一会儿，柯南惊奇的发现那个女人和亮光都消失不见了。步美浑身发抖，紧紧抱住柯南不敢动弹，“柯南，是幽灵啊！怎么办啊，光彦和元太是不是被吃掉了？我好害怕……”柯南有些无奈，步美把自己紧紧缠住，弄得自己也动弹不了，“别怕，步美，千钧哥哥马上就到，我已经通知他了。我们一定能把光彦和元太救出来的。”看着步美吹弹欲破的娇N脸蛋和眼眶中的泪水，柯南怜意大生，轻轻W了步美一下。步美羞红脸，躲在柯南怀里，倾听着彼此的心跳。
“你们两个好甜蜜啊，亏我还以为你们有了危险呢。”柯南和步美抬起头，看见千钧笑着站在他们面前，“哈哈，我可是什么都没看见，你们继续啊。”步美的脸红彤彤的不知道在想什么，柯南这是翻了个白眼，“怎么这么半天才过来？我跟步美可是很纯洁的，你不要想歪了。”
千钧挤了挤眼睛，开始扯谎和转移话题，“黑咕隆咚地找到你们也不容易啊。放心，我会替你们保密的，又是青梅竹马的恋情啊！”柯南有些恼怒，但看了怀里不知所措的步美，骂人的话还是没有说出口。
千钧终于明白了，元太和光彦可能被抓走了。这时候柯南也发现了地面上的缝隙和手柄，这个似乎是地下通道。千钧让柯南闪开，伸手将其提起来，石头台阶通向地下。步美惊恐道，“会不会是鼹鼠星人在下面呢？”千钧和柯南无语了。步美低声说自己还给柯南和光彦都预留了食物，她是通过大家的脚步声来判断人的。千钧忍不住称赞步美的机警，就是胆子太小了。
顺着楼梯走下去，逐渐看到烛光，似乎走到了头，千钧走在最前面，一个如同牢房的房间，空气中弥漫着一股闷闷的气味，不过，可以看出经常有人来这里打扫。
步美惨兮兮的看着面前，“这里是什么地方？”随后躲在了柯南的背后，柯南也皱起了眉头。千钧故意吓唬她，“也许是鼹鼠星人的地下宫殿哦，步美，你那么漂亮，说不定抓你去做新娘子啊。”后面的步美顿时吓得抽泣了起来，“我们会死在这里么？我不要去做鼹鼠星人的新娘，我将来是要跟柯南结婚的。”
柯南看着步美的眼泪把自己的衣裳都弄湿了，急忙安慰，“千钧哥哥开玩笑的了。放心吧，我绝对不会让步美待在这里的。喂喂，千钧，你不要吓唬她了，真是的。”千钧见步美信以为真，急忙说，“好了步美，我随口说的了，你别害怕，根本没有鼹鼠星人。放心吧，我会保护你们的，你将来肯定能与柯南在一起的。”柯南有些尴尬，心里暗道，“现在的小孩子到底在想什么啊？步美居然现在就想到和我结婚，我的天啊！”
随后，大家就发现了房间的状况，栅栏之内一个胡子拉渣的男子坐在一张破旧的床边，胡子和头发拖得老长，看不出他的脸长什么样子，不停地捂着头发出惨叫。步美惊骇之下居然开始四处乱跑起来，把千钧和柯南全吓了一跳，柯南急忙追她。
随后那个前来送饭的长发女人出现了，听她与里面男子的对话，才知道他们竟然是母子，那个男子名叫昭夫。发现步美和柯南后，昭夫的母亲提着刀过来，千钧上前轻易将其击倒在地。这时候柯南也成功地安抚住了步美。
柯南让千钧走上前去，拿出了蝴蝶结变声器，开始了自己的推理秀，二人开始唱双簧，千钧第一次这么做，觉得很别扭，“刚刚我在书房看到了一张幸福的全家福，那么站在你身后牢笼中的就是您的儿子吧？刚才的对话我们都听到了。五年了虽然样貌有了些许改变，但是他眼角的那颗痣却是不可能抹掉的！”
千钧继续柯南的推理，“两种可能！第一，你杀死了自己的丈夫，然后把目击命案的儿子给软禁起来！第二，就是你的儿子是杀死男主人的凶手！你发现你儿子杀死了人所以就隐瞒了真相，将他关在这里想替他开罪，但是他却忍受着良心的煎熬！”千钧也明白了，大声叫出来，“原来如此！”步美和那对母子都奇怪地看着千钧，柯南急忙让他别乱打岔。
千钧笑了笑，柯南继续推理，“所以这间屋子经常传出痛苦的哀嚎声，昭夫一定很想去自首吧，但是你不许他这么做，所以你把他关了起来，就是为了阻止他。我说的对吧，你不想他因为这件事情而被影响了以后的人生，所以用这种方式将他保护了起来，的确是个伟大的母亲，但是你的儿子似乎不是这么认为的呢。”
昭夫大吼道，“我实在是无法忍受每天都梦见父亲倒在血泊中的生活，我要去自首！我不想在这样下去了！”他捂住脸大声哭起来。那位母亲却挣扎着极力劝阻，让他再忍忍就过去了，千钧这次大怒，“你这样把他关在这里天天忍受煎熬，跟他被关在牢里有什么区别呢？你这样做真的对你的儿子好吗？我常听人说，一个好母亲应该告诉孩子什么是对什么是错，而不是一昧地包庇纵容。”
柯南搂住步美，在旁边看着千钧对那位母亲的指责。随后千钧打开了牢门，这对母子抱头痛哭，接到报警电话的目暮警官，就派了佐藤警官前来，这明显是很好的立功机会，他可是特别照顾佐藤的。
天亮的时候，佐藤已经整理完了笔录，原来，昭夫因为父亲的很多过分的责备而受到刺激，引起自己的叛逆心理，将其父亲杀害。案件解决了，昭夫露出解脱的微笑，他母亲也消除了几年来的压抑，低声的劝慰着儿子。
这时候，步美已经躺在柯南的怀里熟睡过去，柯南也搂住步美在旁边打瞌睡。千钧笑着与佐藤闲聊，温暖的朝阳照耀在庭院中，一切都那么温馨美好，昨夜的恐怖全都烟消云散了。元太和光彦被那位母亲打了麻醉针，扔到了花园的树底下，还在呼呼大睡。
佐藤笑着向千钧表示感谢，警方5年来没有破获的案件顺利解决了，“看不出来，你还有点推理能力，我还以为你和高木一样，非得见到直接证据才能解决案子呢。”千钧谦虚表示一般般了，“其实都是几个孩子来幽灵鬼屋探险才解决的案子，荣誉应该属于少年侦探团，是不是啊，孩子们？”这时候，几个孩子都已经睡醒了，大家大声的欢呼着，拼命在佐藤面前显摆自己的功劳，柯南在旁边打着哈欠，“真是的，明明都是我的功劳。”
佐藤的口气随后就变了，“那么晚，你让几个孩子到屋里冒险，简直太乱来了。万一要是几个孩子出了事情怎么办？”佐藤指了指元太和光彦，“如果那位母亲做出点过分的行动，他们两个现在还能好好站在这里吗？……总之，作为警方的特殊协助人员，你还是亲自写一份检查报告交给目暮警官吧。”千钧在忍受完佐藤的疲劳轰炸后，“等等，佐藤警官，我还要写报告？不是吧，我没有功劳也有苦劳吧，能不能通融一下啊？”佐藤摇头拒绝，千钧上前拉住她的手哀求。
这时候，小兰和几个孩子的家长也都到了，孩子们昨晚一直没回去，大家都是找了一晚，连阿笠博士都惊动了。四个孩子被家长们集-体大加批评，很好笑的一幕，几个孩子低着头接受教育，而元太被母亲揍了，头上顶了大包。柯南语，“我们这次冒险明明成功地帮助警方破了案子，却在自我反省下结束了！”
尾声，昭夫因杀害其父本该法庭判处15年徒刑，考虑到他已被母亲囚禁5年，法庭判决将判决改为10年。其母因包庇囚禁儿子，被判处1年有期徒刑。少年侦探团因解决这件悬案被警视厅给以C级奖励。千钧的报告只好求了高木警官帮助完成，经过目暮警官审核后，在千钧保证下次及时通知警方的情况下，才算通过。后来千钧从昭夫之母手中买下了这个幽灵鬼屋，留作备用之所。
另一边，步美说再次发现了新的鬼屋，约大家一起去探险。柯南刚刚被小兰修理了一番，无精打采地询问去哪。在二丁目，被他们称作“I藤”，有个少年被妖魔吃掉了，步美语。柯南有些奇怪，怎么会有I藤这个姓氏，猛然想起来，拜托，是工藤好不好，那是自己的家，柯南大惊失色，急忙劝阻。
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