黑岩令子大怒，“八嘎，我会是杀害父亲的凶手吗？还有我可是女子，有那么大的力气拖动川岛先生吗？再说，我根本没有时间，在我爸爸死前10多分钟里到现在我一直在接受你们的询问。”目暮警官点了点头，“的确，黑岩令子小姐不可能是凶手。”
这时候，直子也站出来替成实作证，“警官，成实小姐在这10分钟的时间内一直和我在一起，没有分开过，我可以作证的，她还向我询问了剑道修行的一些事情。”小五郎不屑，“我早就说过，凶手不可能是女子了。目暮警官，凶手必定是这4名男子中的一个，其他那些无关的村民也不可能是凶手。”
目暮警官随后询问村泽周一、平田和明、清水正人的不在场证明，可是这三人都互相推诿，都抱怨对方不肯为自己作证。费了好大劲，目暮警官才弄明白，这三个人由于彼此都没太注意，也弄不清楚别人当时到底做什么，“哦，真是的，你们三个根本就没有明确不在场证明嘛。”三人气呼呼的都大叫冤枉。
目暮警官过来盯住西本健，“西本先生，你不是上洗手间了吗？怎么去了那么久？你为什么突然跑到播音室？”西本健支支吾吾地说，“对不起警官，我有些闹肚子。不管我的事情，我从厕所出来后是黑岩先生叫我过去的，他说有要紧的事情跟我商量一下。”
助手警官甲低声对目暮说，“不错，黑岩先生做笔录时说过与人有约，要出去一会儿。”毛利侦探冷笑看着西本健，眼光仿佛看穿一切，“恐怕是你故意把黑岩先生约到了播音室，趁机将其杀害了吧，然后故意装作发现死者的样子？还有，你说黑岩先生约你，你为什么一定要过去呢？”西本健脸上惊慌失措，却欲言又止。
千钧过来说，“大叔，应该不是他。如果真的是他，他大可以在杀完人后立即离开，录音带空白足有10分钟，完全来得及，他没必要把自己置于危险境地啊。再说，他有时间留下杀人线索的话，趁机逃脱不是更合适吗？”目暮警官觉得千钧的分析有些道理，小五郎显然有些嘲讽，“笨蛋，你根本不懂什么叫做欲盖弥彰，这是犯罪心理学的高级知识，你这个没长毛的小子是不会明白的。目暮警官，西本就是这样故意给我们大家造成错觉，以前我们破案时也碰到过这种情况。”
目暮警官苦笑着点了头，的确有这种可能。黑岩令子突然叫起来，“凶手一定清水正人，我爸爸和川岛先生死去的后，就他能得到最大的好处。快把他抓起来……”清水正人大为恼怒，脸上抽搐，“你这个疯婆娘不要诬陷人啊……”大家也都在思索，的确就动机而言好像清水先生有最大的嫌疑。
柯南拿着本子还在推理，他突然想起什么，急忙询问昨天川岛先生被杀的那份乐谱呢？千钧去问鉴识人员，鉴识人员却说没有见到，小五郎过来询问大为吃惊，那么重要的证物怎么会不见呢？小兰、直子、成实都说没有看到，目暮警官这才知道还有一份乐谱，“八嘎，毛利老弟，我不是让你保护好现场吗？东西是不是不小心被凶手偷走了？”小五郎急得满头大汗，不停地道歉解释。这时候那个山本巡查晃悠悠走过来，“你们是在找这个东西吗？我昨天顺手把他收起来了，不好意思啊。”
小五郎恼怒地接过一看果然是那份乐谱，火冒三丈，“你这个笨蛋，不但走不快，昨天还随便移动尸体，竟然不经过我同意私自拿走证物，你这个警察是怎么当的？”山本巡查脸上一阵青一阵白，张了张嘴终于没有说出话来，的确有些失职，他这个警察不是正规渠道警校出来的，是这个岛上的人当年凑合着选出来的，因为月影岛上平时根本没什么案件，警察几乎就是摆设。目暮警官过来拍了拍山本巡查，安慰几句，走过去与毛利简单解释了一下。
这时千钧已经将乐谱交给柯南，柯南飞速在本上记录，又询问小兰音乐上的一些问题。他突然笑起来，暗号破解了，这个暗号如果知道窍门的话，就很简单了，从钢琴键盘的左边开始，按照顺序，将英文字母依次放入，在将想传达的讯息以拼音方式用音符写在乐谱上面，“明白吗？下一个就是你。”
目暮警官和毛利等人都过来询问，柯南简单的解释了复杂暗号的破解方法，那么刚才血迹留言就是，“这个罪孽的怨恨，在这里消除。”清水正人皱眉说，“罪孽的怨恨，是不是麻生圭二当年之死的火灾？”西本健浑身颤抖，大喊大叫，“是他，麻生圭二还没死，他还活着，他回来报仇了！”山本巡查却叹了口气，“不，我可以确认，麻生先生的确在十二年前已经死了，绝不会有错。”
大家都已惊讶眼光看他，山本巡查继续淡淡地回忆，“他们全家的尸体全都认真检验过，当时的鉴识人员根据齿形等确认了死者就是麻生先生和他的妻女，那场大火烧得极大，连天空都是布满火云，所有的东西都化为灰烬，只留下麻生先生的一份乐谱。”目暮警官急忙问：“那份乐谱呢？现在在哪里？你不会丢掉了吧？”
山本巡查一愣，“没有，警部，我把它放在仓库箱子里面，钥匙在我的警所。”小五郎急忙说，“赶快过去把它拿来，说不定可以找到当年的真相，你们女孩子比较细致，跟山本巡查一起去找。”小兰与直子答应一声，驾着山本巡查匆匆离去。
大家在这段时间都暂时放松一下，刚才的气氛实在太紧张了，只留下鉴识人员依然在播音室拍照留存。柯南和千钧在低声商量，柯南已经隐约把握住了一些真实情况，可总觉得有些不对劲的地方，千钧依然是一头雾水，不过他认为根据最后的留言杀人事件应该结束了。柯南皱眉说月光还有最后的高潮第三章，想来想去觉得不放心，二人就一起去放置钢琴的公民馆，
千钧突然听到奇怪声音，抱起柯南飞奔过去，一脚将门踹开，一个黑影破窗而逃，却看到村泽周一与平田和明一起晕倒在地，二人大惊失色。柯南奇怪千钧为什么没有追出去，千钧急忙说，“不对，柯南，我隐约听到隔壁房间有声音。”柯南一愣，千钧过去一脚将门踹开，发现西本健吊在这个房间上方，听到的依然是月光奏鸣曲。千钧急忙将西本放下来，柯南检查过西本的状况摇了摇头，来不及了。
千钧叹了口气，用手机紧急通知目暮警官，“不好了，警部，西本健死在公民馆的房间，村泽周一与平田和明被人击伤，晕倒在放置钢琴的音乐室。”目暮警官大惊失色，“什么？怎么会这样？好，保护好现场我们马上过去。”
大家一起匆忙赶到活动中心的音乐室，经过初步抢救，村泽周一伤势较重需要紧急治疗，黑岩令子流着泪陪着丈夫过去。平田和明经过随后赶来的成实医生的急救，因为伤势较轻，醒了过来，可是他却说不知道是什么人突然从背后袭击了自己，他是跟在村泽周一后面来到音乐室的，刚进房间就被人击倒了。
在吊死的西本健脚下，找到了一沓乐谱，旁边的收音机还在播放着月光奏鸣曲，那正是第三章。柯南看了乐谱的暗语，“似乎是自杀的遗言，他因杀死了川岛和黑岩，畏罪自杀了。”小五郎他们经过分析后，也认为这是最合情理的解释了，可是打晕村泽周一与平田和明的人又是谁呢？
千钧觉得事情有些不对头，柯南根本不相信西本是自杀而亡，他从西本的口袋里面翻出一张细小的纸条，看过后更是认定他杀。“叔叔，目暮警官，事情还是不对，西本那么胆小，他会因为精神压力太大自杀吗？村子里面的人说这家伙非常怕死的。还有，你看他脚下什么东西都没有，他怎么吊上去的，难道会超级跳？这个遗言就更奇怪，写个遗言有必要用暗号吗？直接写在纸上不是更好吗？还有他为什么死前还要播放月光奏鸣曲，快要死的人还有这样的闲情逸致？”
目暮警官觉得柯南这孩子说的非常有道理，“可是如果他不是自杀谁是凶手？谁会对他的情况如此了解？既然做出是自杀的假象，为什么还留下如此严重的破绽？”小五郎急切说，“警部，我猜想刚才跳窗而走的人才是真正的凶手，他杀死西本健之后还未得及布置好自杀现场，村泽周一与平田和明先后赶到，他不得不将他们打晕，可随后千钧这家伙冲了进去，他只好跳窗逃跑了。”
目暮警部咬了咬牙，“我们马上回去，通知大家都要小心。这个可恶的杀人魔还在村子里，我们可不要上当。”目暮警官走在路上思考这个案子好像还牵扯着12年前麻生一家死亡之谜，实在错综复杂，奇怪到了极点，要是工藤新一在就好了，千钧根本指望不上，他的推理水平最多比高木那小子稍微好一点，还不如自己。
不过也幸亏他这次及时赶到，否则村泽周一与平田和明也会性命不保。他走过来拍了拍小五郎肩膀，“毛利老弟，接下来就拜托你了，我们必须尽快找出凶手，无论如何不能再有人遇害了，这个案子死的人够多了。”毛利郑重点了点头，“交给我了，目暮警官，我一定把凶手抓出来。我马上去调查凶手逃跑时的痕迹，现在最可疑的就是清水正人了。目暮警官，你去查查他的不在场证明。”目暮警官点头，认可毛利的推断，二人立即分头行动。
这时候，千钧在钢琴上发现奇怪的粉末，皱眉这是什么玩意啊，低声喊柯南过来。随后经过检验，二人一起震惊是毒-品。山本巡查在小兰她们的帮助下几乎将仓库的箱子翻遍才找到了麻生圭二留下的乐谱。他与2个女孩一起回来，兴冲冲的报告，可是这时候目暮警官和毛利侦探都出去布置警力，准备抓捕可疑的逃窜凶手。
千钧将乐谱拿过来交给柯南，柯南仔细看完后，用手托着下巴，做福尔摩斯状进行思考，猛然脸上露自信的微笑，将乐谱交还给山本巡查，让他去交给目暮警官。小兰与直子都奇怪看着柯南，千钧急忙打掩护，捞起柯南招呼大家去见毛利侦探。路上千钧低声询问，果然柯南已经知道了真相。
与此同时，目暮警官正在跟清水正人与平田和明谈话。为了他们的安全，也为了早日抓到凶手，目暮警官请他们明天都到警局去协助调查。现在毛利和目暮都在怀疑清水正人，而毛利在外面查找凶手跳窗而走的线索。
清水正人一脸愁苦，“目暮警官，你能不能体谅一下，我现在正在进行大选。如果进入警局，会让人误会的，没有别的办法了吗？”目暮警官冷冷地说，“没有别的办法，不能再出任何状况，这件案子已经死了三个人，现在没有不在场证明的相关人只剩下你了，请你务必配合我们调查。”
这时助手甲从外面进来，“目暮警官，村泽周一脑部受到打击，出现脑震荡。不过，他清醒的时候说是个男子从后面攻击了他，但是没有看到凶手的面貌。”目暮警官苦笑，这下子最大的希望也没了，他本来以为村泽知道谁是凶手呢。如果这个连环杀人案件不能破获，整个东京警视厅不知道会多被动，想到这里他愈发怀念起新一来。
突然房间的喇叭里面传来了毛利小五郎那独特的声音，“目暮警官，我已经知道了月光杀人案件的所有真相，请将大家都带到播音室来，我会详细解释案件的所有过程。”目暮警官大喜，顾不得抱怨毛利事先不跟自己商量，马上招呼相关的人都过去。
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