往事
在《仙剑奇侠传》故事发生年代的十六年前，赵灵儿出生于大理黑苗王宫。六岁时，黑苗拜月教主召唤太古魔兽——水魔兽，引来洪水，嫁祸失去五灵珠的青儿、诬陷其为祸国殃民的蛇妖女，逼巫王处死她，青儿为封印水魔兽而化为石像。同时，青儿的侍女姜氏（即姥姥）带着灵儿逃离大理，来到余杭十里坡山神庙，初遇九岁的李逍遥，并投入青儿生前好友、仙灵岛水月宫灵月宫主门下，修习水月宫各种仙术及剑法。从此，余杭盛传仙灵岛上有一青衣仙女。灵月宫主去世后，就只剩下姥姥带着灵儿。
遇逍遥
在《仙剑奇侠传》故事发生年代的某一日，灵儿遇到余杭盛渔村的孩童王小虎，得知王小虎来此是为救病入膏肓的父亲求药，灵儿心软送其仙丹。
数日后，灵儿在水池中沐浴，待上岸穿衣时，发现衣服不见，一名男子（李逍遥）拿着衣服威胁灵儿取药，灵儿被迫答应，但要他放下衣服走出十丈开外。灵儿穿戴整齐后，对着男子施出雷咒，男子吓得跪地求饶；此时，灵儿从天而降，叱喝他为不轨之徒，男子不得不说出他此举是为病倒的婶婶求药。灵儿感其孝心，顿生同病相怜之感，便带他进了水月宫，给了他一粒紫金丹。然后二人互通姓名，灵儿知道了他叫李逍遥，约定日后去逛庙会，逍遥的潇洒与聪慧使得灵儿芳心暗许。逍遥拿了药正要离开，在门口遇到姥姥，姥姥化身为蛇尾人身怪物将逍遥吓晕；幸而灵儿赶到，告诉姥姥事情的经过，姥姥看出二人有缘、情投意合的样子，便要逍遥娶灵儿。
成亲
红烛旁，逍遥心忧婶婶，说他必须尽快送药回家，灵儿指点逍遥可趁姥姥早上到她师父灵前上香的机会离开，逍遥坦言大恩大德永世不忘，灵儿有些感怀二人的短暂相遇，幽幽嗟叹。逍遥为灵儿真情所动，许诺治好婶婶的病就请婶婶正式上门提亲，灵儿开心，二人度过缠绵一夜。
突逢巨变
第二天，逍遥让灵儿等他，一定会回来接她；灵儿听话，目送他离开。当晚，有黑苗人利用逍遥先前破去仙灵岛上防御阵法，潜入仙灵岛，血洗了水月宫；灵儿被擒，姥姥受了重伤。
当被套在麻袋里的灵儿醒来时，发现救她的是逍遥；说话间惊动了苗人守卫，双方打了起来，苗人不敌逃走。之后，灵儿求逍遥带她回仙灵岛救姥姥。逍遥心软，经婶婶同意后，陪灵儿回到仙灵岛。
水月宫里，尸横遍地，灵儿看到命不久矣的姥姥，十分伤心。姥姥请逍遥照顾灵儿，同时要灵儿回家乡找母亲的下落，尽为人子女的孝道，哪怕母亲是生是死。灵儿遵命，姥姥离世。灵儿和逍遥料理完后事，逍遥问她接下来有何打算。灵儿表示她只能跟着他；逍遥打定主意，带她离开仙灵岛回客栈再说。
在客栈，碰见苗人找灵儿和逍遥。苗人表示是巫王要他们带灵儿回苗疆，并告诉灵儿十年间发生的事，试图洗脑她那姥姥是老妖婆。灵儿不相信，坚持要自己去找母亲。此时婶婶回来，苗人首领想要挟持她，却不知其也会武功，被婶婶击毙。婶婶得知灵儿的情况，让她先休息。灵儿在房间倒头便睡着了。
当晚，灵儿被噩梦惊醒，哭了。听到哭声的逍遥过来安慰她。灵儿要逍遥留下陪她，逍遥婉言拒绝，不知逍遥失忆的灵儿以为他嫌弃她，哭得更为伤心。二人此番动静惊醒了婶婶，婶婶带灵儿回自己的房间。灵儿对婶婶讲出事情原委，婶婶心中忽有一念。第二天，婶婶要逍遥陪灵儿回苗疆寻母并提亲。
苏州林家千金
灵儿跟着逍遥搭方老板的船来到苏州。在苏州城郊，撞见一名女子（林月如）正将私奔的长工和丫环绑在树上鞭打。二人过去阻止，月如不敌。逍遥将月如绑在树上，走不多远就听到了月如的呼救声。灵儿不忍心，求逍遥去看看，结果发现有两个流氓趁机非礼月如。二人打跑流氓后，为月如松绑；谁知气在头上的月如刺中了逍遥的心脉。为救濒死的逍遥，灵儿拼死使出还魂咒，成功救他一命。灵儿想起姥姥，责怪自己为什么不好好学法术。逍遥看着她，对天发誓今后再不会让灵儿一个人孤苦伶仃。
比武招亲
二人在城内想住宿，机缘巧合救下了一富家少爷刘晋元，逍遥与其结为兄弟，三人在客栈中相伴畅饮。次日，刘晋元先行辞去，逍遥叫醒灵儿，二人欲携手畅游苏州城。
刚出客栈大门，二人遇一算命仙，算命仙指逍遥会走桃花运，又道灵儿恐有劫难。逍遥大怒之余拒不付钱，拉着灵儿走开。逍遥为灵儿买下一支银钗。途经林家堡，得知林小姐在比武招亲，也走上前凑热闹。灵儿发现林小姐便是月如，逍遥为了恩怨两清，上擂台与月如比试。逍遥打败月如，却被林天南认定是林家女婿，灵儿黯然神伤，表示可以一个人去寻母亲；逍遥执意不允。林天南先让逍遥和灵儿先入住林家，婚事先请逍遥的婶婶来苏州谈。
人首蛇身
是夜，灵儿觉得很不舒服，虽然逍遥关切，但灵儿仍满怀心事。当灵儿现出人首蛇身的模样，正巧林家丫环瞧见，误以为蛇妖。逍遥大惊，心系灵儿，闯入灵儿房间。灵儿见逍遥举剑指着她，流着泪，什么话也没有说，只是撞破墙壁逃走。逃走的灵儿昏倒在白河村外的林子里，恢复原状，幸有韩梦慈搭救。韩医仙为她诊断，告诉她已有身孕。
过了几天，逍遥和月如来到了韩医仙的家，见到了灵儿。灵儿假装昏睡，待二人为她寻找药材离去。韩医仙觉得逍遥并非薄情之人，可以将怀孕的事说出来。灵儿不愿让逍遥为难，请求韩医仙继续隐瞒。
佛珠与僵尸
逍遥和月如找齐药材、端了六神丹给灵儿服用，灵儿恢复身体，想留下以仙术帮忙救治被僵尸所伤的病人，逍遥觉得应除掉元凶才是长远之计。韩梦慈提到玉佛寺主持智修大师可以对抗尸妖，于是三人前往玉佛寺请智修大师收妖。
三人到了玉佛寺，智修却强逼逍遥出家。三人击败智修，发现智修是小和尚智泽所变。赵灵儿指点智泽他的作法与佛背道而驰、自毁功德。智泽醒悟，决定跟着灵儿，帮助消灭尸妖，将功折罪。灵儿要他恢复原形——玉佛珠，取名为小石头。三人动身前往将军冢除灭元凶赤鬼王，还得到土灵珠。灵儿看见土灵珠，心知这可能意味着已到了自己肩负女娲族使命的时刻了，不由的有些感伤。
梦慈被抓
三人回白河村报喜，却被告知梦慈被苗人带走，并留言要灵儿单独去换她回来。灵儿立即赶往鬼阴山，突破重重关卡，终于在鬼阴坛中见到了负责接灵儿回苗疆的石长老。由于不敌石长老，三人落败。石长老将逍遥和月如关起，并告诉灵儿，巫王已时日不多，希望灵儿能够回去见他一面，并继承王业。灵儿想先找到母亲，石长老推测她可能不在人世。由于逍遥和月如在石长老手上，灵儿只得答应离开逍遥，随石长老前往苗疆。
被关锁妖塔
途经蛤蟆山，遇到盖罗娇，得知她请逍遥在客栈休息，想请灵儿随她们一道回大理。不料，石长老不愿意，与盖罗娇等人发生冲突导致数人死伤。路过此处的独孤剑圣见此情景，误将非人类的灵儿当作元凶；灵儿有冤不能伸，被剑圣投入五百年来专门禁锢穷凶极恶之妖魔的锁妖塔。
负责护塔的镇狱明王发现灵儿不畏化妖池水，于是将灵儿以巨链捆锁于塔底最大的剑柱之最高点。身怀有孕的灵儿不堪折磨，失去化为人形的能力。被关在暗无天日的锁妖塔，灵儿十分伤心绝望。
逍遥闯塔
当逍遥出现在锁妖塔，灵儿震惊，也看到了逍遥吃惊的模样，认为逍遥不该犯险救她。逍遥恢复当时仙灵岛的成亲记忆，觉得十分对不起灵儿，而灵儿表示那是过去的事，但逍遥坚持要和她一起共患难。
逍遥救下灵儿，却引来镇狱明王。面对镇狱明王的逼迫和污蔑，灵儿说出女娲后裔真正身份，体内潜藏的力量觉醒，三人连手对抗镇狱明王，最终镇狱明王被灵儿觉醒的女娲神力击毙。众妖见状，皆以灵儿马首是瞻，共商出塔之法。在灵儿的调解之下，得书中仙指示，打断化妖池底支撑锁妖塔的七根七星盘龙柱，锁妖塔崩，众妖得以脱身。然其间月如却被崩落的巨石砸死……
剑圣面冷心热，亦为逍遥对灵儿的真情所感动，危急中将三人救出锁妖塔，送到苗族长老圣姑家中治疗。逍遥只是皮肉伤，灵儿因有孕而动了胎气，唯月如因被巨石直接砸到，已是回天乏术。逍遥醒后，得知自己要为人父，欣喜之情溢于言表，圣姑要他到神木林的金翅凤凰巢中取回凤凰蛋壳，并到大理城的火眼麒麟洞中取得麒麟角合药，给灵儿安胎。
逍遥立刻动身，且结识了白苗族长南蛮王之女阿奴。逍遥和阿奴得麒麟老人指示，前往大理女娲神庙，逍遥被青儿的幽魂招入神像，逍遥向青儿表示灵儿是自己认定的妻子，对其之爱天地可鉴。青儿欣慰，施展回魂仙梦将逍遥送回十年前，助小灵儿脱险，帮青儿脱困，见证了当年灵儿所不知的一系列变故，并寻回早年被父母李三思夫妇偷去的水灵珠回到现实。逍遥心忧灵儿，忙和阿奴赶回圣姑家中。
李逍遥将取得的凤凰蛋壳和麒麟角交给圣姑，灵儿苏醒，在之后的待产期，逍遥灵儿终日厮守，二人度过了一生中最幸福的数月，俨然已是老夫老妻。后灵儿顺利生下一个女儿，初为人父的逍遥欣喜不已，灵儿感怀月如，给女儿取名“李忆如”。夫妻二人经过多日修养与调整，拜别了圣姑，灵儿三人欲往女娲神殿祭拜母亲亡灵、同时化解黑白苗长年的战争。来到大理城外，两军已激战多时，白苗呈败势，南蛮王、盖罗娇等人都已退入神庙。三人一路杀入神庙，灵儿终于在神像前见到青儿亡魂。青儿对逍遥这个女婿赞赏不已，并嘱灵儿定要化解两族仇恨，随即含笑而逝，灵儿接过母亲遗留下的女娲族圣物天蛇杖、圣灵披风和圣灵珠，踏上神庙祭坛，以五灵珠祭天祈雨。久旱无雨的苗疆终于下起了第一场雨，大地复苏，正在激战的双方士兵也停止了战斗。灵儿以一己之力，化解了长达十年的战争，避免了生灵涂炭。正当白苗族欢庆胜利时，地底下突然钻出一只地魔兽，消灭地魔兽后，灵儿三人决定乘胜追击，顺着它钻出的地底通道一直来到黑苗宫殿。
三人进入宫殿，看到巫王独坐，父女再度重逢，巫王坦言十分后悔当初对青儿和灵儿所做的一切，并要将王位让给灵儿，希望灵儿能够原谅他。话没说完，拜月教主就出来制止，逍遥打败他派出的殿前武士，巫王突然偷袭灵儿，使她受了重伤。原来巫王早已被拜月害死，此巫王是妖怪乔装的。逍遥和阿奴杀掉这个妖怪后，阿奴替灵儿疗伤，但灵儿却没有心跳，逍遥大怒，在王宫入口处追上拜月，阿奴也随即赶到。拜月教主承认水灾和旱灾均是他一手操纵，他要率领魔兽征服天下。危急时刻灵儿突然无恙出现，三人合力将拜月教主打倒。拜月教主投水，与水魔兽合体，引发大水，逍遥和阿奴冲走，只有灵儿飞身上前与水魔兽决战。霎时间，一团白光照亮天地，灵儿与水魔兽同归于尽。天空放晴，逍遥孤单的背影，呆望着天蛇杖自空中缓缓落下……
逍遥不信灵儿已死，苦寻多日仍不愿放弃，然想到还有忆如，最终告别阿奴，抱着忆如回到余杭。为令忆如摆脱女娲族宿命，李家悄然离开余杭，定居仙灵岛。逍遥带着天蛇杖上了蜀山，欲潜心练功。无奈心伤难补，唯有与师傅酒剑仙将天蛇杖藏于百邪不侵的玲珑福地。终于，逍遥接受了酒剑仙的建议，出家修行，道号一贫，之后逍遥接任蜀山仙剑派掌门之位，八年的思念，化为后山石壁上“飞龙失伴云中探，恨遗天际陨灵珠”之句。
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