在一个叫日本的国家里，里面有一座城市叫学园都市，它是个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
不过，这个都市里面有一群邪恶的组织为了达到自己的目的，便不择手段，伤害无辜，就连城市里的风纪委员和警备员也奈何不了他们，但就在此时，有个人无意中得知了能化解学园都市里的危机，就是一位在某高中的少年和一支厉害的军团会剿灭他们，维护学园都市的和平，便决定等待着他们的归来。
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