初期的扎古Ⅱ
MS-06A型虽然性能出色，但武器种类的繁复制约了它的大规模量产。出于成本以及核装备的考虑，在基茜莉亚建议下对A型进行再度的改良，这就是MS-06C初期量产型扎古Ⅱ。C型的肩部装甲在A型的基础上又进行了改良（钉状肩甲），另外对机体所使用的反应炉和动力传送系统的性能也进行了提高。由于武器上采用了核弹头火箭筒，为了屏蔽放射线，机体还采用了多重空间装甲，大幅增加了机体的重量。U.C.0078年1月，MS-06C正式开始量产，前后总计生产了236架，在一年战争初期的一周战争、鲁姆会战中大出风头，取得了压倒性的战果，是一年战争开战时吉翁军的主力机体。在南极条约签定后，核武器被禁止使用，从此以后，C型拆除了防核装置，不再生产，改为生产F型。
机体番号：MS-06C
机体代号（日文）：ザクⅡ
英文：ZakuⅡ
中文：初期量产型扎古Ⅱ
出现作品：机动战士高达（0079)
机体类型：机动战士
制造商：吉翁尼克公司
所属：吉翁
初次配备：U.C.0078
内部环境：未完成型标准式驾驶舱
尺寸：头顶高：17.5米
装甲材料及结构：超高张力钢（超硬钢合金）
选用手部武器：120mm机枪，弹鼓供弹，100发1弹鼓，备用弹鼓收纳于后方裙甲上；280mm火箭筒，4发1弹舱，收纳于后腰装甲上；热能斧，收纳于侧面裙甲上
沙漠战用扎古Ⅱ
一年战争爆发初期，吉翁军地球侵攻作战开始时，根据军部要求开发视地上局域战最前线具体情况而改良化机动战士的提案，吉翁军随后以泛用性非常高的MS-06扎古Ⅱ为基础，开发出了数款改良型机体。而这款是专门用于沙漠战的MS-06D扎古Ⅱ。此机体在各部分的关节处都加设了防沙设备和散热装置，背后的排气口是可换装式的，而且备有后备件，一旦堵塞可以自行更换，很方便的设计。设计人员对受损最为严重的驾驶舱周围进行了装甲强化处理；对左肩部及左腕部进行了改良以便于进行格斗战。本机头部的通信天线分单天线和双天线两种（实验部队和正式部队的区别）；主武器是非常适合在沙漠中使用的M120AS型105mm机枪，接近战主要依靠头部的两门60mm机关炮，其余的武器还有腰部2连装导弹荚舱、腕部3连装导弹荚舱及腰部的SA-712型爆弹荚舱。作为局地战用的MS，本机的性能相当出色，前期型两种各生产了43架，后期单天线型生产了28架，总计生产了114架。
机体番号：MS-06D
机体代号（日文）：ディザートザク
英文：Desert-Zaku
中文：沙漠战用扎古Ⅱ
出现作品：MSV(MobileSuitVariations)
机体类型：沙漠战用量产型MS
制造商：吉翁尼克公司
所属：吉翁
初次配备：U.C.0079
内部环境：未完成型标准座舱
尺寸：头顶高：17.5米全高：18.2米
重量：本体重量：61.3吨全备重量：79.4吨
装甲材料及结构：超高张力钢（超硬钢合金）
发电机出力：976KW
推进力：42900KG
加速度：0.45G
地上速度：80千米/时
固定武装：60mm火神炮×2，弹链供弹，安装在头部
选用武装：2连装手榴弹夹×2，安装在腰部装甲
选用手部武器：105mm机枪×1，弹鼓供弹；3连装火箭发射器×1，安装在左腕部
强行侦察型扎古Ⅱ
MS-06E强行侦察型扎古Ⅱ原本是以MS-06C型为基础而开发的侦察机。在本机进行量产时，吉翁军的主力MS已由C型改为F型，因此E型主要是在F型的生产线上生产的。由于大幅度削减了不必要的装备，使E型的燃料搭载最大限度增加了10%；另外还采用了新型的发动机，使机体的推力大幅度上升；原先装备在机体右肩的盾牌以及左肩的装甲都被取消了，而代之摄像机各一架，大腿间也加设了一架摄像机；机体内部还装有其他的探测系统；此外，本机的胸部装备了紧急脱离用火箭推进器。强行侦察型扎古Ⅱ没有装备实战所使用的武器，但可以选装CE-16TX型摄像枪。大战中期以后，本机的涂装渐由绿色改为低视度的浓灰色，更方便进行侦察工作。虽然投入战场的时间比较早，但由于造价相当高，本机只生产了100架左右。由于性能优良，本机后被联邦军接收并配备给了泰坦斯，用于情报收集工作。机体番号：MS-06E
机体代号
日文：强行侦察型ザクⅡ
英文：ReconnaissanceTypeZaku
中文：强行侦察型扎古Ⅱ
出现作品：MSV(MobileSuitVariations)
机体类型：侦察用量产型MS
制造商：吉翁尼克公司
所属：吉翁
初次配备：U.C.0079
内部环境：未完成型标准式驾驶舱（部分机体后来升级到全周天屏幕/线形坐椅式坐舱系统）
尺寸：头顶高：17.7米全高：18.0米
重量：本体重量：60.4吨全备重量：76.2吨
装甲材料及结构：超高张力钢（超硬钢合金）
发电机出力：951KW
推进力：53750KG
加速度：0.71G
传感器探测有效半径：3200米
选用手部武器：CE-16TX型摄像枪×1
另外，本机还有型号为MS-06E-3的衍生型机体。06E-3的头部摄像机采用了三合一设计，背部装备了新开发的复合探知设备，侦察能力大大上升。射出前，复合探知设备的机翼向上、向后折起；射出后，到达作战区域时增速用火箭点火，机翼打开，以高速侵入目的地，获取情报。此机种主要从属于外洋舰队的特殊侦察小队，从事对联邦军设施的侦察任务。本机总计生产了16架。
扎古Ⅱ
MS-06FZakuⅡ泛用量产型MS。U.C.0079年1月31日，吉翁与联邦签订了南极条约。条约明文禁止了核生化兵器的使用，因此去除了核装备、由C型改良而来的F型“扎古Ⅱ”就成为吉翁军的主力MS。狭义上所称的“扎古”，就是指F型“扎古Ⅱ”。本型在一年战争时期总计生产了3000架以上，是吉翁军各型MS里量产数目最多的，对以后的MS开发也产生了非常深远的影响，夏亚、莱登等王牌机师均是驾驶本型机而成名的。机体番号：MS-06F
机体代号：
日文：ザクⅡ
英文：ZakuⅡ
中文：扎古Ⅱ
出现作品：机动战士高达（0079)
机体类型：泛用量产型MS
制造商：吉翁尼克公司
所属：吉翁
初次配备：U.C.0079
内部环境：标准式驾驶舱（部分机体后来升级到全周天屏幕/线形坐椅式坐舱系统）
尺寸：头顶高：17.5米全高：17.5米
重量：本体重量：58.1吨全备重量：73.3
吨装甲材料及结构：超高张力钢（超硬钢合金）
发电机出力：951KW
推进力：2×20500KG+2×1000KG=43000KG
加速度：0.59G
地上速度：88千米/时
传感器探测有效半径：3200米
180姿势变换所需时间：1.7秒
选用武装：脚部3连装导弹荚舱×2
选用手部武器：120mm机枪，弹鼓供弹，100发1弹鼓，备用弹鼓收纳于后方裙甲上；280mm火箭筒，4发1弹舱，收纳于后腰装甲上；热能斧，收纳于侧面裙甲上；榴弹炮
后期型扎古Ⅱ
一年战争开战初期，作为吉翁军主力量产、投入战斗的杰作机MS-06F，在大战中，接受了各种各样专用机的改装。到了大战末期，由于时常进行扎古Ⅱ本体的改良，所以这时的机体性能与开战初期的机体性能有着相当大的差距。这种被称为F2型的机体，就是大战末期修改型的一种。与原型的F型扎古相比较而言，F2型的机体做了轻量化处理，且增设了推进器及姿势制御火箭。这样，虽然是量产型机体，但本机得到了相当高的评价。但是，其量产体制确立之时，正值大战终结之时，只有少量的机体投入了实战，其余大部分机体都被联邦军所接收，是一充满悲运的机型。
大战末期量产的MS-06F2，虽然终战后大多都被联邦军所接收，但是其中有一部分机体，却在吉翁支持者的帮助下，趁终战时的混乱局面，偷偷转交给了吉翁军残党。这部机体就是其中之一，它被修改成了陆战用，配备给了非洲残存部队。还存在有追加了头部薄弱处装甲、紧急对处用增强装甲版的机型。
量产型机体稀少、资源贫乏的吉翁军残党部队，在进行机体修补作业时，经常发生部品不足的事态。为此，他们采用了将无法运行、或者在战场上被破坏机体的完好部件拆下，再进行调整、补充的方法。这部机体，就是利用两台不同扎古的上、下半身组装而成，但由于无暇顾及涂装色的问题，所以使得其上、下半身的颜色无法统一，这也从一个侧面反映了继续拼死抵抗的残党军所面临的严酷状况。但是，这种用散件拼凑出来的机体，其武装方面却远远高于其他机体，是残党军的贵重战力。一年战争终战协定缔结后，MS-06F2大多被解除武装，由联邦军接收，作为训练机使用。但是之后，联邦军又对此类机型进行了再考察。考察结果，便是次世代MS——RMS-106高扎古的诞生。
一年战争时，吉翁公国军非洲方面军团指挥官、被阿纳贝尔·卡多赞为“武人之镜”的比达少将，是一位在部下中拥有深厚人望、非常有能力的指挥官。一年战争终战协定缔结后，他与很多期望着东山再起的士兵们一起、在被联邦军所废弃的非洲钻石矿山开采场的地下基地经过了3年严酷的雌伏期。这部作为比达少将专用机的MS-06F2，背部追加了增速用喷射器，能使机体急速上升。
机体番号：MS-06F2
机体代号：
日文：ザクⅡ（後期生产型）
英文：ZakuⅡTypeF2
中文：扎古Ⅱ后期型
出现作品：机动战士高达0083星尘的回忆
机体类型：泛用量产型MS
制造商：吉翁公国
所属：吉翁
初次配备：U.C.0079
内部环境：标准式驾驶舱
尺寸：17.5米
重量：本体重量：49.9吨全备重量：70.3吨
装甲材料及结构：超高张力钢（超硬钢合金）
发电机出力：986KW
推进力：2×20500KG+4×3100KG=53400KG
加速度：0.76G
传感器探测有效半径：3200米
180姿势变换所需时间：1.7秒
选用武装：腿部3连装导弹荚舱×2
选用手部武器：MMP-80型90mm专用机枪；MMP-78型120mm扎古机枪；280mm扎古火箭炮；热能斧；穿甲弹
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