三十年前，人类的文明飞速的发展。科技发展快到了足以进行空间移动的程度。各大国都进入了探索太空的时代。只是好景不长，就在人们感受着科技的发展，生活的便利时，灾难降临。
两颗将近十公里的陨石撞击在了地球上，一颗落在太平洋，一颗落在了南极。；两颗超级陨石带来的灾难就是南极洲冰盖几乎消失，太平洋沿岸全部被淹没。两颗陨星的撞击轨道上所有的太空站和卫星全部消失。全球海平面上升了四十多米，以及全球爆发的火山和地震。这次的陨星坠落让整个星球的科技水平倒退几十年。人类死伤无数，在灾难过去后人类忙于恢复秩序，可让所有人都没想到的是，灾难才刚刚开始。
几万只被现在称为‘深海’的有着生物之形，钢铁之躯的猛兽从海洋中侵略上陆地。它们摧枯拉朽的摧毁了人类的防御，将所到之处化为废墟，以及布满名为‘深海怨念’的诡异雾气。
这种被称为深海怨念的能量不仅仅是深海的能量源，而且对生物有着极强的侵蚀性和改造性。被深海怨念笼罩的生物一段时间内并不会有事，只会有一点点不适应，但是接触久了，生物就会不断的虚弱，直到死亡，极少数生物能扛住。但他们会产生不可预知的变异。而且深海怨念还会影响环境的变化，只是需要长久的时间来侵蚀。被侵蚀的土地无法生长植物，还会成为孕育深海怨念的温床。被侵蚀的大海则会孕育出深海。
人类非常重视深海的侵略，并在两次灾难中保存下来的M国的建议下启动了核武。超过300枚核弹被发射到最先侦测到深海的地区，太平洋的中心。让他们惊喜的是，虽然核武的引爆就好像在一盆墨水中滴入几滴清水一般，在太平洋上炸开了几朵蘑菇云之后销声匿迹，成片被深海怨念侵蚀的海水被蒸干，深海对陆地的侵略停滞了下来，不再有深海出现。侵略上陆地的深海渐渐被杀个干净。
人类自以为获得了胜利，在重新发展了几年之后，人类组成的舰队向着太平洋进发。超过30艘航母，200多艘各类战列，巡洋，驱逐等组成的庞大舰队。可是这次进击让人类再次想起了被深海碾压的恐惧。200多艘舰艇全军覆没，只剩下旗舰上的救生艇带着几十名包括舰队总司令回到了陆地。已经被深海怨念侵蚀许久的舰长向人类高层反应了几个重要情报后，身体衰竭而死。
“深海有着自己的阶级，她们有不下于我们的智慧，她们是沉没的舰艇所化的怨魂。站在顶层的名为深海栖姬，拥有轻易摧毁一个舰队的力量，高等级的深海都是年轻女性的模样，只是肤色苍白，眼睛里会发出光芒。我们之前看见的入侵的深海，只是被感染的海洋生物罢了。我们被一名深海栖姬俘虏，她放过了我们，还告诉了我们这些。并让我们提醒你们，真正的深海入侵，要来了。”
就在高层因为信息而震动时，深海再一次入侵陆地，这次人形深海出现在了战场上，人类溃败的更加彻底。七大洲只剩下亚欧非美四个，还是海水淹没之后的新大洲。海洋更是全部被深海控制。人类，失败了。
但所有的死境都有一线生机，就在人类绝望打出GG的时候。一种名为小妖精的存在出现了，这种二头身的可爱生命体会从人类当中选择有资质的人类成为‘提督’。提督能通过被称为‘建造机’的机器，召唤出历史上出现的战舰英灵，抗击深海。因为和深海一样只有女性的存在，这些从建造机中出现的战舰英灵们被人类称为‘舰娘’。因为舰娘的出现，人类不仅抵抗住了深海的入侵，还重新夺回了一小部分的制海权。这些美丽的瓦尔基里们成为了人类的救星，提督也成为了这世界上最尊贵的职业。
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海鸥在湛蓝的天空下飞翔着，柔和的阳光照射在海面上的一个孤岛上，岛上有着几栋较为老久的建筑，大门上锈蚀的钢板刻着‘南星岛镇守府’几个大字，几只海鸥待在屋顶上这里看看那里啄啄，然后……
“放开老娘，老娘这次必须要造一次船！”
“不行啊提督！这是镇守府最后的资源了，我们要靠这些资源撑过最后这几天才行啊！这时候造船是不行的啊！”
海鸥吓的一哄而散，而声源处，两名少女正一个拖一个拉的僵持在那里。拖着的是一名小学生级别的女孩。而且在提督的圈子里耳熟能详:晓级一号驱逐舰晓，六驱的大姐头。喜欢被当做成熟女性对待，但由于悲剧的身高和贫瘠的身材以及舰娘永远不会长大的性质……你懂的。
可现在这位口头禅是要当淑女的小学生正极为不淑女的坐在地上，死死的抱住面前身着提督服，身高与晓差不多，黑发红瞳的少……女孩。
“而且晓一个人跑远征很累的啊！”
晓一边大叫着，腰间具现出了一个船锚，即便是这样，她还是被拉着向存放建造器的房间过去。
“没事，只要让我赌一发船，能出击的海域就多了，到时候多少资源都不是问题。长门也会同意的。”身着提督服的少女咬着牙，顶着晓具现出一部分舰装，重量至少达到三百斤的情况下走到了房间里
“我上任以来还没造过船的啊！怎么说我这次一定要造船口牙！”
“不要啊！”
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