圣斗士冥王神话ND版本，是圣战之后，因为星矢被哈迪斯的冥王神剑刺中，而因为冥王神剑的特殊性，以及哈迪斯临死前的诅咒，星矢的生命将会在三天后结束。
为了挽救星矢的生命，雅典娜拜访自己的姐姐月神阿尔忒弥斯，然后请求时间神王克洛诺斯穿越时空到过去，目的是为了破坏冥王神剑改变历史，从而拯救星矢的性命。
然而虽然时间神王答应了雅典娜的请求，但是却从中作梗，让雅典娜的身体变成了以婴儿的状态降临，小宇宙也薄弱到了最低点。
仙女座的瞬跟着雅典娜一同来到了二百四十多年前的上一次圣战，然而穿越过程中，因为时间神王的算计，两人失散。
雅典娜降临在女神殿，阿瞬却是在白羊宫。
紧接着便是小强们为了拯救雅典娜闯十二宫的戏剧。
但是在闯宫的过程中，各种却得到了各种令人震惊的消息，教皇及数位黄金圣斗士叛变，要杀死雅典娜。
原圣杯座白银圣斗士水镜以冥王三巨头的身份闯宫，口口声声说是为了取雅典娜的头颅究竟是为了什么？
紧接着水镜战死后，一心忠于雅典娜的童虎为什么又下定决心要去杀死雅典娜。
第十三宫的出现，被称为神的蛇夫座黄金圣斗士究竟有何目的？
冥王哈迪斯及潘朵拉和冥斗士的阵营又在其中扮演着怎样的角色？
究竟冥王神剑会不会被破坏，神王克洛诺斯的算计会不会得逞？月之魔女赫卡忒又在其中起到了怎样的作用？
还有我们的主角沙加，又会在其中掀起怎样的涟漪，尽在圣斗士冥王神话ND卷。
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