一、游戏中有道具和树果之类的，动漫中不能在决斗里使用的设置，本书会综合考虑。
二、本书会原创一些树果和道具，并且对他们的使用进行调整。
三、游戏当中神奇宝贝只能保留四个绝招的设置，这里作废，遵从动漫设置，使用绝招种类不限。
四、本书也会原创一些神奇宝贝球的种类，补充游戏中神奇宝贝球种类的不足。
五、本书设置所有神兽均有自己所属的神兽种族，但神兽具有唯一性，各司其职。与非神兽以外同种的神奇宝贝只能算是亚神兽［比如洛奇亚种族里只有一只洛奇亚是‘海之神’，其余的洛奇亚都只是普通的亚神兽而已］。神兽不能被大师球以外的神奇宝贝球收服，神兽无固定出现地点，剧场版和动漫版中神兽出现地点的协调，会在正文中详述。
六、大师球数量会适当的增多。
七、四天王的实力会比游戏里大幅度地增强。
八、挑战道馆的顺序不受限制。
九、神奇宝贝的捕捉率和稀有程度会进行大幅度修改；但凡需要道具才能进化的神奇宝贝，都被统称为稀有神奇宝贝。颜色与众不同或者属性与众不同的，比如妖属性的沙奈朵，冰属性的穿山王，都统称为闪光神奇宝贝。
暂时就这些，其余会在正文中补充。
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