小智终于得到了第三个徽章---电击徽章，丢掉了这么长时间以来老是迷路的气愤，再一次踏上了旅程。这回悠哉的小智等人走到了一个海港，海港有许多船坞，圣安卢号也是这些船坞中的一个。许多人都喜欢踏上圣安卢号旅行一段时间，因为可以见到许多小精灵和神奇宝贝训练家。当然小智等人也同样选择了踏上了圣安卢号，不过小霞却有自己的原因，那就是可以在船板上晒日光浴，这种心情也带动了瑟雷娜，高兴地希望能够舒舒服服的晒个日光浴。不过却被两个男生扭头视而不见，装作不认识。
踏上了圣安卢号，海上的旅行已经开始。不过这对于小智来说并不是重点，而是各种形形色色的小精灵和神奇宝贝训练家。而且这些训练家们都在一起炫耀自己的小精灵的优点，小智没有参与，他感觉别人的小精灵再优秀也没有自己的小精灵好。然而更让他吸引注意力的是附近开始了私人的小精灵之间的比赛。
“拉达，使用冲击。”绅士命令自己的拉达向对面的宝石海星使用冲击。
“宝石海星，我们也是用冲击。”拥有宝石海星的小男生同时也命令使用冲击。两边都得旗鼓相当，互不相让。
“拉达，使用必杀门牙！”绅士看见自己的攻击无效，就选择了另一项技能，这一次宝石海星并没有躲闪过去和进行有效的攻击，被拉达的必杀门牙击中，昏晕过去。绅士得地的说着“这一次这是胜利女神对我的眷顾而已。还有，好好地训练你的宝石海星吧。”然后高傲的绅士对着为照在周围观战的大家说“还有谁愿意向我挑战？”
早在一边观看的小智高声的回答“我来吧！还有我的搭档妙蛙种子。”随即对妙蛙种子说道“妙蛙种子，这是我们之间的第一战哟，好好加油。”
“拉达，使用冲击！”绅士和刚才一样，总是喜欢主动攻击，小智也不含糊“妙蛙种子，使用藤鞭阻止他的行动，绑住他！”受到限制的拉达想要挣脱妙蛙种子的藤鞭，可是无济于事。
“拉达，使用必杀门牙咬破他的藤鞭。”绅士并没有着急，可是下一招后绅士着急了“妙蛙种子，使用催眠粉。”拉达由于还没有挣脱藤编的束缚，中了催眠粉睡着了。小智正准备最后一击的时候绅士走来抱住他的拉达。厚脸皮的不承认自己的失败“这次就当做平局好了。”
“小兄弟，我们能否做个神奇宝贝交换？”绅士看见小智的妙蛙种子如此厉害，想要用自己的拉达做交换，可是小智直接否决了。在小智的心底，这个人和流氓没有区别，披着绅士的外衣罢了。
而在一边的小次郎和武藏等人由于等在上峰的命令，没有动手，小次郎悠闲地闲逛着，突然看见一个再买鲤鱼王的大叔，好奇的看了过去。这个大叔看见小次郎过来，卖弄吹嘘鲤鱼王。“你看看，小伙子，我这个鲤鱼网可是很厉害的哟。”
小次郎看了半天也没有到这只鲤鱼王有什么不同，只是比平常稍微的大只而已，最多只能证明发育的良好而已。大叔看见小次郎并不相信，继续吹嘘着“你看。我这只鲤鱼王可是会产黄金子的。每次会产一千个，然后发育出来的小鲤鱼王每一次又会产一千个，如此循环的可以转很多大钱的！”小次郎听到大叔吹到这儿。满眼的黄金，似乎看到了未来的自己坐在黄金上了。大叔看到小次郎中计了，立马报价，“这样，这只鲤鱼王原价是一万块，然后再加上培养器，黄金宝贝球一共收你三万块好了，绝不还价。”小次郎立马答应了。
不过让后来知道的武藏和喵喵知道后怒气大发，武藏好奇的问了一句“奇怪了，你哪来的这么多钱？”小次郎毫不在意的回答“当然我的薪水预支出来当然不够，于是把你的一起预支出来了。”“笨蛋！”武藏和喵喵同时大骂，一只鲤鱼王有什么好的。愤怒的喵喵不小心挠到的黄金宝贝球，上面被挠到的部分恢复到了普通宝贝球的样子，原来是被涂上漆的宝贝球。这时候的小次郎才意识到上当了。小次郎的打算是找卖鲤鱼王的大叔算账时。火箭队的命令下来了，立马抢劫船上所有人的精灵。
在船上所有火箭队的人员全部出动，却得到了大家的反击。因为与此小精灵被抢走，还不如防抗来的有价值，所有火箭对的人遭到了攻击。虽然经历了一番坎坷，但是也打败了火箭队。福无双至祸不单行，谁料想刚刚大白火箭不久，又遭到了大海上暴风雨的袭击。这一回大家的生命危在旦夕。
还好船长的经验并不少，立马找到了船上备好的危急时刻的救生艇。混乱中，小智不小心弄掉了妙蛙种子的宝贝球，追了上去。执着的小次郎一直在寻找买鲤鱼王的大叔，在刚才的攻击中躲在一边，所以没有逃走。最后小智终于拿到了妙蛙种子的宝贝球，可是倒霉的带着小刚他们被留在了圣安卢号上，以及伤心的小次郎一行人被疏忽大意的船长留在了船上，随着船慢慢的沉到海底。
不知道是哪里漏了一个大洞，该是其他的什么原因，让船里开始进水。为了寻找出路，小霞派出了角金鱼寻找出口。角金鱼认真负责的寻找出口，却看到了被海水呛得半死的武藏，小次郎和喵喵。没柰何，把三个人带回到了小霞身边。小霞气的一脸黑色的看着角金鱼。没办法有把几个人救了上来。三个人醒来后打呼得救了。
不管怎么样，还是要选择逃生的，由于下沉时船是翻过来的，小智一行人选择向船底走去。翻过来的船无法很容易爬楼梯，小刚借助大岩蛇长长的身体怕了过去。路上有些地方没有灯光，小智则派出小火龙用尾巴上的火焰来照亮。
“对了，你们谁知道怎么出去么？”突然瑟雷娜提出来一个很重要的问题。
“没事，我曾经做过圣安卢号的模型，所以我知道大概的架构。在动力室那儿船板薄，可以容易打坏。你们没看见我一直带着你们走么？”小霞兴致满满的回头看着大家。
最后快要接近动力室的时候，由于巨大的晃动引起一块楼梯发生火灾，即便是小刚的大岩蛇也很难过去，因为太长了。
“妙蛙种子，拜托你了，用藤鞭帮助对面的楼梯架。有点热，拜托你忍着点。”小智放出了妙蛙种子。“种子种子。”妙蛙种子答应了小智的请求。几个人到达了终点，然而最后一个难点摆在了大家的眼前，就是如何打开船底。小智再一次发挥自己的作用“小火龙，对着天花板使用喷射火焰开个洞。”最后打开了天窗，小智收回了小火龙。为了逃出大海，小智和瑟雷娜放出了杰尼龟，小霞放出了海星星和宝石海星绑住了大家的身体准备离开大海逃回海面。
“喂喂喂，那我们怎么办啊？”武藏着急的叫住小智等人，
“是啊，喵，喵怕水啊！”喵喵大喊着。小智临走前给出了最后的建议“用你们的水系神奇宝贝啊”
最让武藏和喵喵伤心的是他们根本没有水系的神奇宝贝。站在旁边许久的小次郎得意的笑了“你们不是一直嘲笑我没用么？看来这回发乎作用了”喵喵和武藏反应了过来，知道了小次郎手里有一只鲤鱼王，可以带着带他们出去。
“可恶！这只鲤鱼王只会跳，不会游泳的废物！”看到不会游泳的鲤鱼王，武藏彻底的暴躁了。
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到达海面的小智等人，侥幸的找到了一个漂浮的木板得以逃生，慢慢流浪着。没有看见出来的小次郎他们，小智不知道是该惋惜他们还是痛恨他们。或许是命不该绝，和鲤鱼王用绳子绑在一起的小次郎等人，由于最后鲤鱼王漂浮的能力也慢慢地露出海面。被小智等人救了到木板上。武藏吐了口气，终于算是得救了。喵喵这时候肚子饿了，想要生吃鲤鱼王，可是没想到鲤鱼王除去鱼鳞意外就是鱼骨头，根本咬不动，小次郎对鲤鱼王大怒“废物，不会游泳，还不能吃，要你有什么用？扔了算了！”
这时候小智拦了下来，拿住了小次郎的宝贝球“我相信鲤鱼王肯定有他的用处的。所以把他给我吧，我要。”小次郎当然不介意给了小智。听了小智的话，鲤鱼王大为感动，进化成了暴鲤龙。小次郎后悔的要死，想要要回暴鲤龙，可是暴鲤龙拒绝服从他的命令，选择听从了小智。
暴鲤龙游水的速度快，小智先是放出比比鸟找到了回到了岸上的路，让暴鲤龙带回到了岸边。随后小智收回了暴鲤龙。暴鲤龙成为了小智手上的第七只精灵，被传送到了大木研究所。
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