1.反转的风车——当风力发电机的螺旋桨反转的时候，都市里将发生异常情况。
2.神秘的虚数学区——傍晚4时44分不能在学区里晃悠，否则可能迷失于虚幻的虚数学区之中。被用来制造“树状图设计者”演算核心的碳化矽质原料，据说只有使用虚数学区的虚构技术才能制造，现在已经无法生产了。
3.幻想御手——似乎存在只需使用便能提升能力的道具幻想御手（LevelUpper）。
4.被诅咒的船——相恋的两人如果乘上某公园里的小船不久两人便会分手。
5.超次元高中——发挥出作弊般能力的超次元高中曾经在高中棒球选拔大会神秘登场。
6.神秘的地下海胆——据称在学园都市的地下迷宫栖息着巨大海胆。
7.壁橱里有什么——念书时听见壁橱被打开的声音，回过头去只有收在里面的棉被。
8.神秘的乌鸦——乌鸦到底是从哪里出现，在哪里消失？
9.不能看的书——中央图书馆的检索终端中似乎存在不得检阅的禁忌书本。
10.谜之集团——曾于夜间在万人冢举行运动会的谜之集团。
11.“我是谁呢？”——曾经出现在试验场的「我是谁呢？」男人。
12.相扑游戏场在何方——游戏中心似乎有蒙古相扑的体感游戏。
13.小丘上的牧场——小丘上的牧场排列着奇妙建筑物却看不到动物身影。
14.手机——深夜0点,拨打自己的手机号码会接通别人的手机。
15.真的有魔法吗——条码与恶魔的数字(666),预言世界末日的纸币。难道世上真的存在非能力的魔法？
16.洞穴里的神秘契约——在不小心迷路的洞穴中,触碰不可思议的石板后,不知何时被结下了契约。
17.“里面没有人。”——去敲第七学区实验栋的4-3房门的话,会有“里面没有人”的回答。
18.幻想咖啡厅——学舍小院里似乎存在只有身心都是名流贵族的人才能进入的「幻想咖啡厅」。
19.红蓝黄绿黑——来自红披风、蓝披风、黄披风、绿披风、黑披风的诅咒。
20.能力无效——学园都市里似乎存在能将一切能力都无效化的男人。相传，他拥有消灭神的能力，从未被强大的敌人打败过。没有人能准确的说出他是谁，但也没有人不了解关于他的传说。
21.厕所的华子小姐——女厕所内靠近门前的第三间里出现的厕所的华子小姐。
22.神秘的大叔——狂按门铃的大叔和下水道口的大叔。
23.与未来通话——金色的公共电话与「未来的自己的善意来电」。
24.鱼类血族——代代相传，鱼类血族的荣华、繁荣、没落与狂气。
25.巴赫复活？——放学后的音乐室内传出超绝技巧的钢琴声，墙上的巴赫画像的眼睛和鼻子发出光芒。
26.神秘的影子金属——由数十至上百位能力者的能力发生碰撞时产生出自然界不存在的稀有金属——影子金属（ShadowMetal）。但其是否真的存在？
27.守护神——维持学园都市治安的人中一位天才黑客，其制作的防御系统击败了许多黑客的网络入侵，强度可列入都市前十位，但没有被导入公共系统中，使其所属区域的防护壁比管理全学园都市情报的“书库”还要强。其真实身份到底是谁？
28.某人在注视——明明背后没有人，受害者却经常感到视线。是谁在注视着？
29.空地的剪发魔——手持巨大剪刀，把在空地休眠中的小孩的头发剪去2-3cm的神秘人。
30.神秘的制裁指导——???
31.死神回帖——不明袭击预告，但最后竟都袭击成功。
32.西东飒太的行踪——某学校的老师西东飒太在意外的跌伤后被学校抛弃且行踪不明。他到底去了哪里？
33.独角仙先生——在夜晚被别人欺负时，只要大喊“救救我！独角仙先生！”独角仙先生便会把坏人赶走。
34.最强能力者——据说学园都市的最强能力者是一个白发的恶魔，TA的战斗记录至今已知仅有一败，而且除一败外胜利后连一点擦伤都没有，跟TA打过架的人没有一个能说出除此之外的有关TA的信息，TA的身世背景全部是谜。
35.追魂医生——据说学园都市有一位长着青蛙脸的医生，治疗失败仅有一次，去了他那里治疗即使伤的再重出院时一定是完好无损，连手被切下来都能被他完好的安回去，是个号称只要你还活着就一定能把你治好的存在。据说人生信条是“病人就是自己的肉体”。
36.多重影分身——有许多人称一天之内曾看见一个少女在不同的地方同时出现。
37.脱衣女——据说学园都市有一位巨乳女科学家，可在毫无征兆的情况下脱去自己的衣服。传说与幻想御手（LevelUpper）有着非常紧密的联系。
38.长生不老之药——传说学院都市的虚数学区已经研发出来了长生不老的药品，这种药品的试验品据说是某高中的一位女化学教师，是真正意义上不老的女人。传说，她青春永驻，美丽动人。你永远也想不到她的年龄。时间向她臣服，生命因她伟大。也许当你在迷茫中晃荡在街头时，你便能看见她。
39.寻找虚数学区的神秘团体——据称水面下有一批专门寻找虚数学区的搜索部队在活动，一旦任何人接近了虚数学区的谜团核心，都会被他们以搜集情报为目的而绑架并严刑拷问。
40.带路人——据称有一位“带路人”，可以带领别人出入没有门窗的大楼。
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