第1话使徒袭来
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源度呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。来袭使徒压倒性的强大，第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机这些SF方面的描写，使第一话显得多姿多彩。剧中采用了不少有电影效果的构图，相当有特色，但对于消极的14岁少年的性格，却十分难把握。副标题是和标题意思相同。圣书中的使徒写作“MESSENGER”，在这个场合的ANGEL直译为守护神，也包含天使的意思。
第2话陌生的天花板
在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA达成同步和使徒作战。发射后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在头部遭到使徒的攻击后活动停止。真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒性的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。这一话以倒叙的方式紧接前一话的内容，EVA初号机与使徒之间展开了战斗。比较引人注目的是可在瞬间见到的绝对领域（A.T.Field，即心之壁），当时很多科幻迷称之为防御罩。在初号机暴走后，瞬间扭转的战况予人为之一震的感觉，这为以后的剧情打下了良好的铺垫。第一、二话合成一部作为了全篇的序章。副标题中的BEAST是兽的意思，大家看到暴走的EVA初号机就可明白这个副题的含义。相同的感觉在以后的剧情中亦有出现。而在新剧场版破中，二号机也开启了“THEBEAST”模式。
第3话不响的电话
为了防范使徒再袭，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。上课时，老师讲到第二次冲击的历史事件，可是同学们都不专心，在台下偷偷的利用电脑网络聊天。真嗣被套出是EVA驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人，但同班的铃原东治却对他大打出手，因为他的妹妹在EVA与使徒的战斗中受牵连而受伤。同日，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里偷偷出来观战的东治与剑介救入插入栓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀杀死了使徒。真嗣的生活因为当了EVA的驾驶员而起了巨大的变化，但在某些方面，他亦反而受到遣责。就象许多其他剧本中的为了人类而战的主人公们，他们的存在反而被人们视为威胁一样。第四使徒是被真嗣独立消灭的，但没人会认为他是什么热血沸腾的救世主，反而，出于他消极的观念对所处环境进行的反抗，倒给人留下了深刻的印象，这种思维方式，相信很多人亦有同感吧。副标题中的transfer解释方式有很多，但在这里译为转校生最为合适。要表达的意义，是所处在一个陌生的集团中的那种不安感。
第4话下雨、出走之后
与第四使徒战斗胜利之后，真嗣并未意识到他战斗的意义。他离开家后，在第三新东京市的郊外，与剑介呆了一夜，第二日被NERV的保安谍报部带回。放弃EVA驾驶工作之后，他将被护送回原住处。听毕剑介对真嗣心理的见解，美里急忙赶往车站去送行，列车已缓缓驶离车站，但月台上仍有一位少年的身影。这一集没有什么激烈的战斗场面，完全是用来描绘真嗣心的轨迹的一话。希望别人关心，但又制造一种让人无法靠近的性格，其矛盾演变至最后，就会开始讨厌自己。出走，亦只是这一心理的一个小小的体现吧。在这一话中，为了描写真嗣的空虚，背景从都市到自然景象，都费了不少精力。副标题中的Hedgehog是指刺猬，Dilemma意为困境。刺猬希望给予朋友们温暖，但它越是靠近越会伤害别人。此理论出自叔本华的“豪猪二难说”。只是这里把豪猪换成了刺猬而已。
第5话丽、心的背面
绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源度交谈，于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。有关丽的剧情终于展开了。开场时就身受重伤，全身包裹着绷带。在真嗣无法理解的父亲面前，她却意外地露出笑颜。脏乱无摆设的房间，完全不象是一个女孩子的。还有桌上的那副眼镜，却是源度的。她的一切，似乎都是谜，如此一个玩偶般的角色，竟然位于全日本动画千万女性角色的首位，确实有些不可思议。副标题是第一个丽。
第6话决战第三新东京市
受到加粒子炮攻击的初号机，所幸未伤至要害，但真嗣却对战斗开始胆怯。另一方，使徒正在使用能量钻向NERV本部的位置展开攻击。面对持有自动防御系统的使徒，美里提出了超长距离射击的提案，并取名为“屋岛作战”。数小时后，日本列岛的能源，集束于阳电子炮内，狙击手为真嗣，丽驾驶零号机执行防御任务。使徒加粒子炮与阳电子炮的两束热能交错飞过，使徒被击坠，而丽挡在了真嗣的面前。这一话基本围绕对第五使徒的攻防战展开。最后的场面中真嗣将丽从融坏的零号机里救出后，丽说：“对不起，这种时刻，我不知道该用怎样的表情面对你。”而真嗣的台词是“我认为微笑就可以了”这段，在片中起到了相当好的平衡作用，给人留下较深印象。
第7话人制造的东西
由第二次冲击引发的世界经济的混乱，至2015年亦无法完全恢复。此时的日本经济。由于水位上涨，工业生产遭到了致命的打击。国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，所以日本政府与民间企业，一直将吞食了大量资产的对抗使徒军事的企业视为大敌，故始终都在寻找可替代NERV的廉价企业。除了政府外，也有许多其他组织看不惯NERV的（如第11话原因不明的大停电）。由于EVA对付使徒的效率不彰，而且常常造成重大的”灾害”，为此民间团体也推出了迎击使徒专用无人驾驶机器人JA。美里与律子也受到了邀请，律子对JA的设计及性能提出质疑，但是反被嘲笑EVA的功能不佳。美里猛踢衣柜出气，律子则静静的用打火机把说明书烧掉。在宴会后的试运转中，JA突然陷入了不能操作的状态，美里单身冒着JA炉心熔解的危险，进入JA内部关闭系统，但操作系统的密码，已被人修改。幸而在初号机的配合下，终于推出了JA的控制棒才幸免于难。这场看似意外的事件，美里心里也很明白，JA的暴走及被删改的程序，都是NERV所为。赤木之所以会放心的让葛城去阻止JA，是因为她确信JA会在爆炸前恢复正常，因为结尾她说：“除了葛城一尉的行动外，一切都照剧本进行。”也就是说，没有葛城去阻止的话，JA一样会停止。葛城自己也说：“奇迹是被某人准备好的。”副标题的意思也是“人类制造的东西”。人类制造的JA，以及美里用命作赌注去关闭它，是本集副标题AHUMANWORK的两种含义。
第8话明日香来日
从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者明日香，此外美里以往的恋人加持良治也同乘返回日本。途中，舰队遭到水中的第六使徒的攻击，明日香将真嗣拉入二号机驾驶舱后一同出击，但装配着无法进行水下攻击的B型装甲的二号机，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距离射击计划，众人摆脱困境并将使徒歼灭。次日，明日香亦转入了真嗣所在的班。值得一提的是，负责明日香配音的宫村优子，为了这个角色还特地去上了德语的补习班。副标题是明日香的袭击。
第9话心在瞬间重叠了
刚到班上不久的明日香，成为了最受欢迎的人物。丽实在是对周遭的事陌不关心，明日香挡到她的光线，她竟只有移开一点，头都不抬一下，明日香以挑衅的语气跟丽说：“好好相处吧。”丽竟然回答：“为什么？有命令我就会去做。”在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击。经分析，只有同时击中分离的两个使徒核心才能消灭第七使徒。于是，美里将明日香亦领回家来与真嗣同住，并进行协调统一的特训。数日后在战场上，需要在62秒的音乐结束之前击溃使徒，两人配合完璧的“舞蹈”坚持至最后数秒时崩溃，但使徒已被消灭。这一话就是有名的62秒战争，进行的节奏很快，音乐性很强，相当的精彩。与使徒作战时的BGM已收入原创音乐CD的Vol.2里。跟随音乐，初号机与二号机舞蹈般的攻击感觉十分理想。此外，迎击要塞的系统与兵器也展现了不少，科幻迷也为之欣喜。在TV播放之前，曾作过录像处理，适当调整了时间速度，使临场感有所增加。副标题是你们两个，像为了取胜那般狂舞吧！与片中所用到关键性的62秒背景音乐同名。
第10话熔岩潜行者
在浅见火山熔岩中发现了第八使徒的幼体。由明日香来执行首次使徒捕获作战。二号机装备了耐热耐压的D型装备后潜入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼体，但在上升过程中，幼体开始急速乳孵化。作战计划不得不由捕捉更改为歼灭。在熔岩中苦战的明日香受到真嗣提出有关“热膨胀”原理的问题的启发，利用冷却液成功地消灭了使徒。在测定使徒时画面上所写的“ANALYSISPATTERN．BLOODTYPE．BLUE”一文出自庵野监督所敬爱的冈本喜八监督的科幻电影《蓝色圣诞节》。EVA的“更衣室”里居然还挂著巨大的“衣架”，机器设定真是到处都是恶趣味。副标题中的MAGMA即是熔岩，整个词译为“熔岩潜行者”，指的当然是潜入浅见火山熔岩内部的二号机。关于这个词的来源，是科幻小说SUNDIVER。
第11话在静止的黑暗中
在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发射后，联合作战成功地击毁使徒。这次剧本所主要描写的，是受到来自人类阴谋破坏而陷入危机的NERV，与第七话有一定相呼应之处。导入部分从NERV职员们的日常生活开始，强调了作品的生活氛围。之后，对于日常（可使用电器的状态）与非日常（不能使用电器的状态）的描写，暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。副标题的意思是第三新东京市停止之日。这个标题是从科幻电影《地球停止之日》置换而来。
第12话：奇迹的价值是
美里被晋升为三佐，剑介他们特意搞了聚会庆祝。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源度不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用AT力场抵挡的计划并取得成功。为此，源度从南极发回了贺电，真嗣也因此找到了“乘坐EVA战斗的理由”。好不容易打赢了第十使徒，美里本来说要带三个小孩吃大餐，可惜天性懒散的她没钱了，最后被拖去吃路边摊拉面。这种安排其实比她们吃大餐要温馨得多，第一次看到丽与他们交际。从这一话里，可以发现“第二次冲击”的可疑之处，而美里的过去，也随之慢慢地展现在观众面前。副标题的意思是不要因为你的个人恩怨导致别人受苦。这句话是美里制订下与MAGI所不同的作战方案后，赤木律子在洗手间对美里所说的。
第13话使徒侵入
NERV本部在进行模拟体测试实验时，蛋白壁上发现异常，经MAGI判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀MAGI系统，并提速NERV自爆。对此，律子进入MAGI尚未被侵蚀的CASPER3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了进化（自灭，因为进化的终点是死亡）促进程序，之后使徒歼灭。这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源度有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢。副标题中的LILLIPUTIAN指的就是《格列佛游记》里的小人国人。真不知道体型巨大的EVA如何去应付这种细菌规格的使徒。
第14话灵魂，魂之座
人类补完委员会召开了特别召集会议，对NERV的成绩作总结。对于使徒侵入一事，碇源度予以否认。与此同时，机体互换实验正在进行中。丽可顺利乘坐初号机，但真嗣却受到了来自零号机的精神污染。又一次陷入暴走状态的零号机，拼命地攻击观察室的窗户。这样的情形，在美里的心里引起了不少的疑问，但律子却对于暴走的原因予以保留。上半集的片子，可以说是EVA全剧上半部分的总集篇，但也加入了不少新的情报。下半集中有不少发人深思的台词，近结尾时，零号机持着隆基努斯之枪走向莉莉斯，不少新的谜团又被引发出来。黑底白字的解说字幕，在系列中出现最多，分镜头也一样，可以说这一话的构成与编辑都做得十分辛苦。
第15话谎与沉默
在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉。于是，加持将她带到了被NERV隐藏的莉莉斯面前。到了这个剧本时，美里与加持的关系已经很明了了。依旧思慕加持的美里，在她面前，友人们结婚的事实使她动摇。加持与谜之女性的密会以及在类似于脑与脊髓装置中的丽，为这一话增添了神秘色彩。本话中分别有美里与加持、真嗣与明日香的接吻场面，当然性质是不同的。“那些女人强烈地渴望得到他人的亲吻”，这个副标题在全系列中是最长的。另外此话的副标题亦是片中所用BGM之一。
第16话致死的疾病、而且
在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。这一剧本的重心，在于被封入虚数空间后真嗣唯物的自问自答。设计时采用了许多例如在黑底色上抽动的白线之类的抽象画面，这一话标题来自于19世纪丹麦哲学家克尔凯郭尔的著作《致死的痼疾》。他反对当时的合理主义思想哲学，认为人应当在永远与时间、无限与有限、必然与自由、爱与憎之中寻求真正的自我，是20世纪的现实主义的先驱，被誉为“存在主义之父”。副标题是心理学用语，与第18话的副标题共同指代真嗣的不同精神状态。
第17话第四适格者
EVA四号机的S2引擎搭载实验在美国进行。结果美国的NERV第二支部与其半径89公里以内的设施从此消失。剩下的三号机的启动实验，转至日本的松代进行，而且驾驶员将由新挑选的第四适格者来担任。只是那个青年的名字，令美里担心。后日上课时，铃原东治被传唤至校长室，回来之后，他似乎变成了另一个人。这一话的主角是东治。被选为第四适格者后，他心情的孤独与动摇，没使用独白也充分地表现了出来。同时，描写洞木光对他的爱慕在此时亦最为合适。虽然有些残忍，但给观众的感触很深。
第18话命运的选择
三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没告诉真嗣有关东治的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA三机出动拦截使徒，零号机与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是源度命令打开初号机的Dummy系统，将三号机撕成了碎片。当得知三号机驾驶员仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人员抬出了奄奄一息的东治时，他发出了绝望的悲鸣。本剧本开始后，就没有从东治的视角来描写，直至最后一个画面受伤的东治被抬出，没有一个他出现的场面。这样做的目的是为了与前一话对应。但虽然如此，观众仍然能感受到三号机中的东治以及他的不安感，这感觉贯穿着本话的始终。可以说，这是本话最成功的地方。源度开启了Dummy系统，即让初号机以暴走的状态去攻击，或者说，就是使用类似使徒的攻击方式。其残酷的一面，不仅使真嗣的心灵深受打击，也给观者带来很大的冲击感。副标题AMBIVALENCE的意思是同时持有两种相互矛盾的思想的状态。攻击使徒却又不能伤着人，大概就是这样的矛盾吧。
第19话男人的战斗
震怒的真嗣叫喊着要破坏NERV本部，源度立即调高了LCL的浓度使真嗣窒息昏迷，这才收回初号机。被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐EVA了。不久，第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中，真嗣在瓜田中遇到了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初号机，对已侵犯至发令所的使徒发起了猛攻，但在几欲胜利的瞬间，内部能源耗尽，完全沉默。就在真嗣又一次陷入绝望时，电源初号机再启动，以400%的同频率将使徒击倒，并且，像野兽一样吞食着使徒的尸体（也就是在这个时候吞噬了力使徒的S^2机关，另一说是初号机本生就有S^2机关，而没有真正觉醒，只是碇源渡隐瞒了实情）。经过十七、十八话，这一话已将剧情提到了最高潮，令人有迫近最终回的感觉。初号机觉醒后的行动，使观者不寒而栗。副标题INTROJECTION是心理学用语，意思是将别人的态度或思想内向投射。
第20话心的样貌，人的容貌
同频率400%是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于LCL之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的LCL中，只有真嗣的作战驾驶服（细看上一集会发现好像有个BUG，真嗣驾驶EVA时因为紧急没有换驾驶服，而是穿的普通衣服。但实际上战斗服是自我意象所实体化的。确切来说，二十话开头律子谈到打捞计划时曾说先把战斗服合成出来，普通衣服应该也溶解了）。而正当美里抱着真嗣的驾驶服痛苦万分时，真嗣的身体突然顺着LCL滑了出来。两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。沿续着前一话的内容，由EVA中真嗣的自我以及EVA以外的营救工作的两个方面同时进行。最令人疑惑的是当玛亚向律子问及为何如此了解营救计划的过程时，律子的回答是“以前亦曾进行过，但失败了”。营救出真嗣后美里与加持的密会中，加持给美里的胶囊里亦隐藏着不少秘密。而从加持的态度来看，似乎也有什么大事要发生。本话对剧中人物心理的描写起到了至关重要的作用。副标题是总集篇2：口唇期。“口唇期”是心理学家弗洛伊德提出的理论，其意为“幼儿受乳时感到快感，所以会产生喜爱吮手指的反应”。
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