小智一行人听说大傻谷出现化石，便前去凑热闹，别人是来挖化石，而小智的目标是化石翼龙和波克比的蛋，至于化石盔和菊石兽，相信大木博士是很有兴趣的。
“啊，没想到传出这里可以挖出化石，就吸引了那么多人来这里。”看到好多人拿着镐头等东西一起向前走去，小霞感到非常震惊。
“他们都是来碰运气的，不如我们也来碰碰运气吧。”小智有点兴奋过头了，做起来挖石头的动作。
“就你这样还想挖化石，看来你还没睡醒啊~”这时后面突然传来了讨厌的小茂声音，“算了，懒得和你吵架，再谈下去，重要的化石会被别人挖走的，我现在很忙，没时间陪你这个笨蛋吵架。”说完就跑了。
“真是讨厌的家伙，等我抓到化石神奇宝贝时让你惊讶的眼珠子都掉下来。”小智心里自我安慰到，想想那时候的情景，小智一个人在那里傻笑。
不过等他反应过来的时候，看到小刚他们全都转过头去，一副我不认识这个家伙的表情。“额~，我们也去看看吧。”小智也知道自己。
“哇，没有想到来了这么多的人耶。我们更本无从下铲啊！”小刚拿着铲子说到，看来他也很有兴趣。不过看到下面的山谷中到处都是人，还真不知道从哪下铲好。他们都在忙着用镐头挖着化石，而后就听到有个老学者说小茂挖到的是神奇宝贝的大便化石，弄得小智都差点笑了出来。
不过走着走着就看到火箭队那三个家伙在装炸弹。小霞二话不说就跑了过去，想破坏他们的阴谋，“你们在干什么。”
“…………（火箭队经典台词）”，这时武藏和小次郎被突然出现的小智他们下了一跳，马上跳到一块岩石上，就开始对着喵喵说开场台词。
“我打，我打，将那些废话，一点用都没有，还不快引爆炸弹，小鬼头他们出现了。”不过喵喵觉得现在不是说开场白的时候，于是打断了武藏和小次郎并且问道。
“装好了，只要炸掉这一带的岩盘的话，隐藏的神奇宝贝化石一定就可以得到的”，小次郎也随后无所谓的说。
“我不会让你们得逞的，小智，我们快阻止他们，”小霞在一旁听了火箭队的对话后，感到气愤，下面可是有一大群人。
“这样做的话，下面的人就有危险了”，小刚想想也觉得非常的担心。
“太晚了，我知道我们打不过你们，为了避免炸弹被你们熄灭，我将炸弹做成遥控的。哈哈~，你们全部去死吧，喵~”喵喵得意的大笑，按了一下手中的遥控器。
“不好，快逃…”小智觉得有点不对版，他们不是用火点的吗，怎么一下子变遥控了，想马上逃走，不过想一下觉得哪里不对。“你们怎么不逃？”
这话让哈哈大笑的喵喵突然僵住了，开始不断冒冷汗，“对，我们还在这里，我就按下去了，不好，要爆炸啦，喵~”
“你说什麽…”武藏和小次郎像机器人一样，僵硬的转过头来看着喵喵。
“轰~~~”，大傻谷里发生一阵巨响，炸弹在火箭队的眼前爆炸了，火箭队被炸飞了，地面裂开了一个大缝子，“啊——”，小智他们全都掉下去。
“怎么会这样，明明是很完美的计划。”“都是喵喵，我们还没离开就引爆炸药。”“对不起啦喵~，刚刚太得意忘形了，忘记了我们还在那里，喵~”火箭队他们又飞走了。“好讨厌的感觉。”
“暴鲤龙，比比鸟，出来吧，使用龙卷风”小智派出来暴鲤龙接住瑟蕾娜，小霞和小刚，自己抓住比比鸟的脚，暴鲤龙用龙卷风来进行落地减速，比比鸟用龙卷风来避免石头砸到他们。暴鲤龙载着人慢慢落下，安全着陆了，比比鸟也顺利的降了下了。
“这里是哪里啊？”随后小霞看着黑漆漆的四周问道。
“这里应该是大傻谷的地下洞窟，刚才的爆炸在上面开了一个大洞，我们是从那上面掉下来的，没想到这下面还别有洞天啊”小刚拍了拍身上的灰尘说到。
“看来是这样了，出来吧，火恐龙，。”小智这时派出了火恐龙，借火恐龙的尾巴的火焰而是四周明亮了起来。
“啊~~，那…那个是什么啊？”瑟蕾娜看到黑暗中出现了好多的红色光芒，在阴森森的洞窟里显得格外的吓人，她害怕的躲在小智背后。
“皮卡丘，闪光。”小智对着肩上的皮卡丘说到，皮卡丘用闪光后，洞窟一下子明亮了起来，“原来是菊石兽、多次菊石兽、化石盔和镰刀盔，据说是几万年前就绝种的神奇宝贝”，小智看到后解释说，不过在他看来这不是很好的事情。
“它们好像不太友好，它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们才把他们吵醒的？”小霞这时发现问题后猜测说，而且有点怕怕的感觉，毕竟远古的化石神奇宝贝的凶性还是存在。
“看来是这样我们要做好防御准备，出来吧，全体成员，准备战斗。”小智放出了肯泰罗，妙蛙种子，和杰尼龟。
.“杰尼~杰尼~”（为什么每次出来都看到不好的情景。）杰尼龟吐槽到，他们一起出来不是训练就是打架。
“我们也来帮忙吧，出来吧，大岩蛇”“海星星”“焰耳狐”*3小霞他们决定为小智分担。
“那开始吧，它们冲过来了。”小智决定率先出击，占领主动权。所有神奇宝贝都开始对付起这些化石神奇宝贝来，由于经过了几万年的沉睡，它们一醒来还不太适应自己的身体，无法发挥真正的实力，被小智他们打的节节败退。他们被打败后就继续陷入沉睡。小霞和小刚分别收服了菊石兽和化石盔，小智也收服了这两种。
“吼~~”一声巨大的吼声传来，一个黑影飞了过来，落来一颗石头上，所有的化石神奇宝贝看到它后都开始颤抖，然后全部退去。
“是化石翼龙，也是绝种的神奇宝贝，看起来很不错，火恐龙，你上，火焰漩涡”，看到化石翼龙，小智很兴奋这家伙不愧是几万前的霸主，那么有威慑力。由于化石翼龙一下子没有反应过来，被火恐龙火焰漩涡命中了，中了一击后，化石翼龙很恼火，开始和火恐龙决斗，化石翼龙首先使用尖石攻击。
“火恐龙，火焰拳挡下来，冲上去。”火恐龙用火焰拳挡下来攻击，然后冲了上去，化石翼龙看到后飞了起来，继续用尖石攻击。
“火恐龙，挖地洞”火恐龙钻进地里，让化石翼龙的失去目标。看不到火恐龙，化石翼龙有点急躁了，用破坏死光开始攻击那个洞口。
“好机会，火恐龙，出来，喷射火焰。”乘着对方要僵硬一会儿，火恐龙从从化石翼龙背后冒了出来，使用喷射火焰击中化石翼龙的右边的翅膀。化石翼龙一只翅膀受伤，无法维持平衡，开始慢慢掉了下来。
“乘胜追击，火恐龙，抓住它，使用地球上投。”火恐龙加速跑向掉下来的化石翼龙，一跃抓住了化石翼龙，要将他插在地上，化石翼龙临死反扑，“咬碎”狠狠要要在火恐龙手臂上。
“呜~”火恐龙一阵吃痛，将化石翼龙狠狠的插在地上。愤怒的它使出炎之誓言，火柱将化石翼龙团团包住，烧的化石翼龙变成黑炭。小智马上将化石翼龙收服，将它传了回去。
发泄完怒火后，火恐龙身上冒出一阵白光，进化成喷火龙了。“太好了，喷火龙，你进化了。”喷火龙掉了点头。
小智叫瑟蕾娜帮忙给喷火龙被咬伤的地方治疗一下，免得有后遗症，安排其它神奇宝贝注意警戒，自己一个人带着皮卡丘走进了深处。在最深处小智看到了一个奇怪的石像，这石像和化石翼龙一样大，经受了岁月的侵蚀，已经模糊不堪，但隐隐约约看起来向化石翼龙的样子，它一个抓子抓住一个蛋，另一个抓住一个石头。小智和皮卡丘分别取下两样东西，石像马上就碎成一堆石头。
“这不是mega进化石吗？看样子应该是化石翼龙的，不过它到底为什么会出现在这里，这是偶然还是人为？”带着一阵疑问，小智收起来，转身回去了。
小智回去后，大家本来想问小智有什麽发现，小智让他们出去后再说。收起神奇宝贝，让喷火龙载着小霞小刚，自己和瑟蕾娜抓住比比鸟的爪，回到了地面，乘现在没人，马上离开这里。
他们离开后，大傻谷就被围了起来，禁止他人进去。在走到没有人的地方，“小霞，给。”小智把波克比的蛋递给了小霞。
“小智，这是？”小霞对此很是不解。
“这是在大傻谷洞窟里面捡到的，我猜应该是波克比的蛋。”小智把蛋递给小霞后继续说。
“波克比？为什么给我，而不是给瑟蕾娜。”小霞好奇的问，而且她从来都没有听说过波克比呢。
“因为它不适合瑟蕾娜，对不起，瑟蕾娜，下次我在找个适合的给你。”小智觉得还是按原著那样给小霞，所有撒了个小谎。
“没关系。”瑟蕾娜可不会为了这个对小智有一点不满，她现很听小智的话，对小智可以说是百依百顺，让旁边的小刚总是对小智各种羡慕嫉妒恨，那么贤惠的人到哪找啊。
“啊~，真的要送给我吗？那我不客气啦。”既然瑟蕾娜都这样说了，那小霞就不客气的收下了。
小霞也着急看看波克比到底是怎样的神奇宝贝，路上开始不断向小刚请教孵化的技巧和方式。
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