如同原著一样，caster作死，被托莉雅用圣剑干掉了。assassin被rider干掉，rider被吉尔伽美什杀死，狂战士也死在了托莉雅手中。
最后，顾邪将吉尔伽美什杀了，再把此世之恶吸收到了自己的EX宝具此世之恶中，带着托莉雅离开了这个世界。
顾邪这次来到了超兽武装世界，将英灵化解除了，力量回到了身体中，顾邪将力量恢复后，在幻想空间兑换了一个异能琐，然后就来到了二十万年前。
顾邪在远离七大平行宇宙的一个地方，将鬼影军团的第一小队妖王级别的队长鬼魂和妖将级别的副队长鬼杀召唤出来，还有十万妖尉级别的鬼影军。再将一颗小行星从小世界戒中取出来，用一百年时间将鬼王星改造成了铜墙铁壁。
超兽世界是以异能量作为主体的，异能量是以黑洞为单位的。五十个黑洞以上代表妖皇，二十个黑洞以上代表妖王，十个黑洞以上代表妖将，五个黑洞以上代表妖尉，一个黑洞以上代表大妖，半个黑洞以上代表小妖，零点一个黑洞以上一下代表妖兽。
最后的鬼王和超兽神都达到了妖将级别的实力。火麟飞等人只有大妖的实力，雪皇和冥王有着妖将的实力。
十万年后，剧情开始了，顾邪来到了第二平行宇宙寻找龙莹，以前在看超兽武装的时候就很喜欢她，龙莹原本是一个天真烂漫厌恶战争的人，但经历过父亲和族人被杀戮后，变得嗜血，冷漠无情，心狠手辣，现在顾邪来了，龙戬就去死吧，龙莹由我来拯救吧。
白龙族与青龙族是第二平行宇宙龙族的两个分支，每十万年通过比武选出龙族的最高统治者，还可以获得龙族世袭的异能锁。十万年前，白龙族与青龙族的代表就是龙飞和剑龙，而龙莹则是龙飞之女。
顾邪来到第二平行宇宙的毒龙潭寻找毒龙，原著里的毒龙被龙飞封印了，顾邪觉得毒龙应该还没有长大，所以才会被打败，就将毒龙收了，然后就来到了龙族的比武台，龙飞和剑龙正在战斗，因为没有了毒龙血，龙飞赢了剑龙，拿到了异能琐，成为了新一任的龙族族长。
在龙飞战斗的时候，顾邪将龙莹绑走了，龙莹就整天大哥哥大哥哥的叫，之后被顾邪诱惑，长大后要给顾邪当老婆。顾邪从幻想空间兑换出一块异能琐给她，还亲自辅导她锻炼。当然，在锻炼时经常吃吃龙莹的豆腐。顾邪还将风影、凤凰、雪皇也攻略了，现在第五平行宇宙，冥界的冥王和第七平行宇宙的鬼谷正在进行大战。
最后，鬼谷被冥王封印在了玄冥黑洞中，冥王也死去了，将玄冥之匙交给玄易子，狮王在这十万年里扩大冥王的势力范围，等待着冥王归来。
十万年后，隐居在第一平行宇宙地球的玄易子，一直以来都守护着一把关乎七大平行宇宙存亡与否的钥匙，十万年来都相安无事。但他万万没有想到，就在今天，冥王三大护法之一的狮王已经率领着冥界战士穿越时空来到了地球，他正是要来拿回这把钥匙。看似风平浪静的地球，其实正在酝酿着一场腥风血雨的大战。
之后，狮王来袭，天羽带着火麟飞和胖墩逃到了玄易子的隐居之地，原来天羽是玄易子的徒弟，而且还是一位维护宇宙和平的超兽战士。她与火麟飞和胖墩的偶遇，其实也是天羽精心安排的，目的是为了招募他们加入超兽战队一起对抗冥王，因为他们在十万年前也是超兽战士。
之后，胖墩被狮王抓住，正要对其痛下毒手。。危难之际，火麟飞挺身而出，拿出钥匙来换取胖墩的性命。狮王一见到火麟飞竟然大吃一惊，从狮王的言语中看得出狮王是认识火麟飞的，他还把一个能召唤出超兽的异能锁交给火麟飞，这一切让火麟飞完全摸不着头脑，正想询问清楚时，狮王已经带着钥匙离开了，留下重重的谜团给火麟飞。
火麟飞有太多的谜团需要玄易子解答，于是玄易子一一告诉他，最后说到了这把钥匙，火麟飞这才知道这把钥匙的重要性。但现在钥匙已经落入狮王手中，这昭示着冥王很快就会复活，七大宇宙很快就会被黑暗吞噬。如今，玄易子唯一能做的就是尽快集结七大宇宙的超兽战士，一起前往冥界阻止冥王复活。火麟飞和胖墩为了将功补过，决定也加入超兽战队一起讨伐冥王。
玄易子启动玄武号飞船，迎战由银狮率领的舰群。火麟飞和天羽驾驶着闪驰出外作战，而胖墩则留在飞船内跟玄易子学习操作玄武号。最后火麟飞在玄易子的指点下，发出了绝技将银狮打败。首战告捷，但大战才刚刚开始，因为狮王已经解开了元冥之棺的封印，冥王在七天后将会复活，同时狮王还派遣了几位大将——鲸鲨王、夜凌云镇守在各大平行宇宙中，拦截超兽战队的进发。
面对这场不可战胜的战役，火麟飞和天羽尝试召唤超兽想力挽狂澜，可惜他们还没掌握到召唤超兽的技巧，最后都以失败告终。面对死亡的威胁，玄易子临危不乱发出终极绝技——元空灭，将自己与冥界的舰群一起封印在元空间中。火麟飞等人得以脱险，但却失去了玄易子。火麟飞等人痛定思痛，继续前往冥界完成使命。他们下一站将是第二平行宇宙——龙族世界。
为了拦截火麟飞他们，狮王一早就派遣了金狮镇守在第二平行宇宙中。与此同时，火麟飞等人也到达了第二平行宇宙，他们刚一降落就受到了一名青龙族人龙戬的攻击，双方一番打斗过后，才知道是一场误打，原来龙戬就是这个宇宙的超兽战士。
龙戬领着火麟飞等人前往水龙城，这时龙戬才发现自己的师父剑龙已经惨死在金狮手下。于是龙戬和火麟飞一起联手对抗金狮。
但终究还是不敌，龙戬和火麟飞被金狮双双打败。两人被重重包围，以为必死无疑，临死前惺惺相惜的握手道别，谁知两人的鲜血碰到一起，突然能量大增，胖墩看出玄机，立即让他们尝试召唤超兽，结果真的召唤出麒麟超兽及青龙超兽，原来他们的血可以互相调和，从而使他们召唤出超兽。
最后，金狮还是死在了他们手上。
超兽战队又加入一名新成员，他就是龙戬，于是他们一起前往第三平行宇宙。他们在这里遇见了一名备受鲸鲨族人欺负的奴隶——泰雷，其实他也是这个宇宙的超兽战士，但却毫无斗志，甘愿成为奴隶。火麟飞他们出手对抗鲸鲨族人，想为金象族人及泰雷争取自由，不料却遭到泰雷的无情拒绝，如此一来，不但连累了泰雷使他背上了造反之名，连他们也被视为追杀对象。
鲸鲨族人为了惩罚泰雷，决定将泰雷的族人活埋，泰雷为了拯救自己的族人，只好听命于鲸鲨族人的指示，调转枪头，反过来要去杀一心想拯救自己的火麟飞等人。火麟飞和龙戬感到很吃惊，他们想说服泰雷起兵造反，这时泰雷才说出曾经那段造反失败的惨痛经历。
鲸鲨族人知道泰雷下不了手杀火麟飞等人，于是他们派出了精锐部队想一举歼灭火麟飞和龙戬。火麟飞和龙戬拼死对抗，他们那份死不言败的精神深深感动了泰雷，于是泰雷也加入到他们的阵列中，三人一举将鲸鲨族的精锐部队打败。但就在这时，冥王三大护法之一的鲸鲨王出现，他还召唤出庞大无比的鲸鲨超兽，火麟飞和龙戬也不示弱，他们召唤出超兽神二合体来对抗。
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