纲手回到木叶成为五代目火影后，治愈了佐助。
在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程，觉得自己力量太弱小，无法打败鼬，甚至被从前的吊车尾鸣人超过。
心情抑郁的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决，虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助却被鸣人螺旋丸的威力所震慑，内心更加不安。卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但佐助已经积重难返。
这时大蛇丸派来的音忍四人组吸引了佐助的注意。佐助认识到大蛇丸给予的咒印力量后，决定跟随音忍离开了木叶，追随大蛇丸以换取力量。佐助在离村被樱追上。尽管樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满复仇的决心，身为复仇者的他没办法留在她身边。佐助只是温柔地说了声“谢谢”，然后击昏了樱，离开了村子。
在路上，佐助再次碰到了音忍四人组，这一次音忍给了佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸处。
这时候，鸣人、鹿丸、牙、宁次和丁次组成的小队在已经成为中忍的鹿丸带领下开始了营救佐助的任务。小队成员分别先后和音忍四人组以及后来赶到的君麻吕作战，李和砂忍小队也随后赶来增援。最终，鸣人在终结之谷追上了佐助。
佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。两人开始战斗，一开始佐助占据上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助在对阵中写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则使用了咒印状态二，变成了鹰的形态。
两人各自使出绝招──鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到了大蛇丸的身边。
对于佐助的离开，第五代火影千手纲手和诸位木叶高层经过协商认定佐助为叛逃，即可下达通缉令，对于十分渴望优秀的写轮眼的志村团藏而言，这是一个好机会。志村团藏派遣数十名精英忍者秘密捕杀佐助，北部堂奉命监视根的一举一动，卡卡西伤势还未痊愈，第七班暂时有前暗部秘技组队长大和担任指导上忍，根忍者佐井也加入第七班取代了叛逃的佐助。
黑暗森林，位于火之国最边境的地带，这是属于无人区，根的四名上忍抵达了这里，拦住了在外修行的宇智波佐助，逐渐得到想要的力量，势力逐渐增高的佐助对于四名想要杀死自己的根，表示了轻视。四名根上忍随时准备动手，佐助点亮了雷遁查克拉刀，一名根上忍也是雷属性的查克拉，善于运用雷遁查克拉配合刀术攻击，体术非常不错。
叮当，两柄太刀撞击在一起，然后迅速分开，紧接着在继续撞击在一起，反反复复数十次，但是宇智波佐助没有开启写轮眼，其体术已经可以超越这名根上忍了，剩余三名根上忍决定一起攻击，就在这时在三名根上忍面前出现一个身影，身穿绯色红云大氅，头戴黑色的风铃斗篷，一出手就是雷霆一击。
雷遁.雷刃！
喀嚓一声，雷刃直接将一名根上忍分尸，吓得另外两名根上忍心中一阵惊慌，佐助逼退根上忍，站在陌生人身侧，说道：“你认识我？”陌生人用沙哑的声音说道：“我不认识你，但是我认识宇智波鼬啊！你的哥哥如今加入了晓，也算是出了名了。”佐助说道：“我可没有什么哥哥。”陌生人说道：“我出来的时候，你哥哥可是让我好好的照顾与你一下呢！”
佐助说道：“不劳烦你大驾，我会亲自动手的。”陌生人说道：“呵呵，你连他们中间人和一个都杀不死，说什么大话呢！还是我替你代劳吧！”雷遁.雷怒！
咔嚓！劈！一道强光闪过，三名根上忍同时捂着脖子、心脏、腹部齐刷刷的倒下，陌生人说道：“嗯，今天的教学到此结束了。”
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