在忍界大战期间，团藏和日后成为第三代火影的猿飞日斩同属于第二代火影带领的小队，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。
某次战斗中，第二代火影的小队遭到云忍者村的金角部队追杀，队员们商量需要让其中一个人担当诱饵来引诱敌军，以保证其他队友的顺利退却。团藏虽然抱持着想要自告奋勇担当诱饵的心念，但在关键时刻却因胆怯而没有说出。
此时日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵，但第二代火影为了木叶忍者村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前对日斩的行为表示赞许，并让日斩成为下一代的火影。
日斩成为火影后，团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织“根”，并以首领的身份在暗处活跃着。曾将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领“山椒鱼”半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲。曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法。
在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。
此时，木叶的宇智波一族不稳的动向也使木叶高层有所注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。他无法信任宇智波族人，因而夺取了本想阻止宇智波谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由劝诱双重间谍身份的宇智波鼬接受消灭一族的任务。鼬一方面为了村子的存续，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为逃亡忍者，团藏的计划因而得以实行。
木叶村，三代火影猿飞日斩死后，对于谁能继任第五代火影的问题上，团藏据理力争力图出任第五代火影，但是同时遭到了四名火影顾问的反对，由于失去了宇智波和大蛇丸这样的助力，因此此次支持志村团藏担任第五代火影的忍者家族虽然很多，但是终究力量太过弱小。北部堂起身，转寝小春说道：“堂，有什么事情？”
北部堂说道：“我可以支持团藏大人出任第五代火影！”什么！四名火影顾问和上忍班众多上忍惊呼道：“怎么可能？”北部堂说道：“不过，需要团藏大人做出一些牺牲。”志村团藏说道：“什么牺牲，如果为了村子的话，我可以做出一些牺牲。”北部堂说道：“如果团藏大人你可以将根交出来或者解散根的话，我可以支持团藏大人你出任第五代火影。”
志村团藏顿时愣了一下，然后说道：“根是不可能解散的，我也不会交出根。”北部堂说道：“那么，我反对志村团藏大人出任第五代火影。”火影顾问转寝小春说道：“嗯，既然如此，全票否定了有志村团藏出任第五代火影的议案，那么接下来审议自来也出任第五代火影的议案。”
志村团藏看了一眼北部堂，心中一阵失落，张口说道：“我弃权。”火影顾问转寝小春说道：“对于自来也能否出任第五代火影这个问题，我想我自来也的性格无法担当第五代火影的重担。”北部堂说道：“不如，请纲手大人回来吧！”水户门炎说道：“也行。”上忍班班长奈良鹿角说道：“我支持。”转寝小春说道：“既如此，发消息给自来也，请他找到纲手回来吧。”
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