中忍考试如期举行，笔试是第一阶段第一关，作为木叶村下忍，鸣人并不擅长写东西。
第一轮是笔试，亦是鸣人最叫苦的测试，碰上主考官又是暗部所属审讯部长，擅于操控对方精神，被称为“虐待狂”的森乃伊比喜。幸亏伊比喜其实是想考验考生的心理，故鸣人虽一条问题也没回答，仍成功过关，还被伊比喜认为相当有意思。
第二轮是生存试练，在死亡森林内与其他考生争夺用来晋级的“天之卷轴”和“地之卷轴”。第七班途中遇上伪装成草忍考生、已叛离木叶的大蛇丸。佐助对大蛇丸所召唤的大蛇一度畏惧，故鸣人一反之前，反过来以激将法使佐助振作起来。佐助终以巧妙的身手制服大蛇丸，却被大蛇丸在其膊上留下天之咒印，痛极昏过去。鸣人亦中大蛇丸的五行封印，九尾力量被封印起来并昏过去。樱只得自行照顾佐助及鸣人。
对于大蛇丸的行为，北部堂并未阻止，但是却解开了鸣人身上的五行封印，北部堂乔装成木叶村的下忍，小樱并未发现任何异常。鸣人、佐助苏醒过后，三人又继续考试，但考试时限将至，始终仍欠缺所需卷轴。幸得之前认识的药师兜指点，击败三名雨忍成功夺取卷轴过关。
药师兜却清楚，跟随鸣人、佐助、小樱身后的下忍是北部堂装扮的，但是畏惧北部堂的能力因此放弃了某种计划，望着远去的身影，药师兜自叹道：“我不如他。”
第三场考试分预赛及淘汰赛。鸣人的预赛对手是犬冢牙和赤丸。牙的秘术一度使鸣人处于下风；但鸣人却使巧计令牙误伤赤丸，又因突然放了一个屁，严重影响牙的攻击能力，被鸣人自创的鸣人连弹所败。
进入淘汰赛，鸣人遇上有“天才”之称的日向宁次，被宁次的攻击封印穴道而使不出任何查克拉，但因试前得到“三忍”之一的自来也所指点，释放九尾的查克拉击败宁次，获全场欢呼。北部堂和天藏都暗中准备着，不过北部堂没有太在意鸣人激发的九尾查克拉，而是密切注意这来自砂隐村的我爱罗一行人。
中忍选拔试验第二场考试中，在死亡森林途中他瞬间杀死来自雨忍者村的忍者。随后我爱罗小队毫发无损地突破死亡森林。我爱罗小队仅用97分钟，比原来的纪录最短时间快4小时，平均速度至少2.2米每秒。
在第三场考试预考中与李洛克对决，即使面对李洛克强而极速的体术，仍然以极强的砂防御抵挡了其攻击，最后在李洛克体力耗尽之际，使用砂缚柩把李的左手及左脚弄断，更企图把李杀死。由于阿凯老师的阻止，才挽救了李的性命。
在中忍选拔试第三场正式考试中，对手是宇智波佐助，在与佐助进行一番苦斗之后，宇智波佐助利用新练成的忍术千鸟破坏了我爱罗的绝对防御，使其受伤；后就在大蛇丸突袭木之叶村之行动开始时，手鞠及勘九郎护送受伤的我爱罗离开。
就在大蛇丸突袭木之叶村之行动开始时，手鞠及勘九郎护送受伤的我爱罗离开。途中又再遇上鸣人，佐助及小樱三人，而他体内的一尾亦在此时失去控制，并变成完全体的一尾。我爱罗击败了佐助，及把小樱作为人质，而鸣人为救同伴，成功召唤出大蛤蟆文太，并重创化身一尾的我爱罗。
当躺在地上不能起身的我爱罗质疑为什么鸣人这么强的时候，鸣人指出为救同伴而不惜一切，就算是要把我爱罗杀死，也要保障他们安全的话语，使我爱罗开始质疑自己从前的想法。最后我爱罗被鸣人这番话打动，开始改变从前以杀戮为一切的想法，希望能像鸣人一样，得到别人的认同，及可以保护自己身边最珍惜的人。
大蛇丸跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。
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