第二次忍界大战时期，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母为敌方的忍者遂将其父母杀死。受惊的长门无意识地使用轮回眼，将入侵者击毙。失去了双亲的长门从此过着流浪的日子…后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个基地里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。
一天三人走在路上险些被天上落下绑有引爆符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐之村的首领半藏正与三位木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。[3]当时沦为三大国主战场的雨隐之村战乱不断。回去之后，长门和弥彦、小南为了得到力量使自己变强，能改变这个常期战乱不断的国家，决定跟之前和半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途……历经艰险，三人终于邂逅了木叶三忍。后来自来也决定留下照顾战后孤儿，权当作对这个饱受战火的国家的补偿。
第二次忍界大战结束后，雨隐之村还处于动乱时期，依旧有残留流亡忍者为了抢夺食物财产甚至为了报复去骚扰雨忍村民，这段时间长门三人在自来也的教导下学习忍术。三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
长大后的三人以弥彦为首创立了晓。立志不靠极端武力来创造世界和平，之后有许多人加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。远在木叶的自来也还偶尔听到他们在几次战斗的事迹。中途宇智波带土（此时身份为宇智波斑）曾经找过长门，并试图拉拢长门等人，但被长门弥彦拒绝。
当时的雨隐之村的首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的统治地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案（因为雨隐之村处在三大国的交接处，战略地位非常重要，而且当时第三次忍界大战愈演愈烈），弥彦答应了他的请求。
但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部。半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。在不知如何抉择之时，弥彦撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。
就当半藏要将他们全部歼灭的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁·起爆炎阵。眼见遭受欺骗，挚友又死于眼前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩因，用来统率晓组织。后来，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
宇智波斑死后，宇智波带土（面具男“阿飞”）遵照宇智波斑的吩咐和绝找到三人，自称“斑”，用轮回眼的空子试图拉拢长门，但被时任晓组织首领的弥彦阻止。弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。
认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向安定与和平。晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由S级以上叛忍组成的秘密组织。
晓组织内，封印了五尾穆王之后，佩恩（天道）和小南、绝、阿飞四人碰面，绝说道：“五尾的查克拉丢失了一半，也就是我们仅仅封印了半个五尾。”阿飞问道：“怎么可能？”绝说道：“千真万确，我从五尾查克拉中看到了一双非常神秘的眼睛。”阿飞问道：“什么眼睛？”绝说道：“一双九勾玉写轮眼。”
阿飞惊呼道：“什么？怎么可能存在九勾玉写轮眼？”绝接着说道：“封印二尾的时候也丢失了一部分查克拉，现在我们面临着一个巨大的威胁，一个可以运用九勾玉写轮眼盗取尾兽查克拉的忍者。”佩恩说道：“我们在捕捉五尾穆王的时候，遇到了一名木叶忍者，个子不高但是实力很强，体内拥有一股可以媲美佩恩的能力。”
阿飞说道：“能否邀请他加入晓？”佩恩说道：“没有任何可能的。”绝说道：“他在开启九勾玉写轮眼的时候，其实力已经可以媲美六道仙人了。”阿飞说道：“九勾玉写轮眼的话，最大的可能估计是万花筒写轮眼发生了变异产生的。”绝说道：“我想，下一步是否暂停捕捉尾兽的计划？”佩恩说道：“这需要试验一番。”
木叶村内，北部堂收集到了一尾和八尾的一部分查克拉储存在了自己的体内，北部堂已经能够感觉到六道仙人的气息越来越接近了，五尾、一尾、二尾、八尾、九尾的一部分查克拉都已经被北部堂合理的运用起来了，九尾的查克拉最暴躁，北部堂吸收的九尾查克拉是一股充满负面影响的查克拉，但是拥有水之祖龙龙脉的压制，北部堂正在利用水之精华进行净化。
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