一个震惊的消息传遍忍界，三代雷影竟然在土之国被万名忍者围攻致死！得到消息的木叶更是把猿飞日斩也调往涡之国准备趁着云忍村管理混乱的阶段击溃雷之国，而在一个月后更是传出二代火影千手扉间的阵亡，过于激进的进攻终于误中云忍的圈套，被金角银角部分围住，二代火影千手扉间为掩护猿飞日斩、水户门炎、转寝小春、秋道取步、志村团藏、宇智波镜等人的撤退，战死在涡之国，而在临死前把火影之位传位于猿飞日斩。火之国被迫只能退出涡之国，固守在边境线上，好在云忍与岩忍交战正在关键时刻，也不敢轻易冒犯火之国。
藤崎穿戴好全身黑色的祭服，和众多木叶村忍者一起站在慰灵碑前，听着猿飞日斩诉说千手扉间的祭词也不由得又一丝伤感，毕竟在木业的十几年自身也早已融入到木业的生活中了。
藤崎略微出神的看着火影崖上正在雕刻的头像，“木业马上就会进入又温暖又黑暗的时代了！”随着猿飞日斩继任三代火影，志村团藏不甘的隐入暗处成立“根”，水户门炎、转寝小春也升任左右顾问辅佐猿飞日斩处理政务，但在村中一直活跃着的千手一族除了纲手和蝇树姐弟两个外竟然在一夜之间销声匿迹，仿佛从未存在过一般，就连比较关注千手一族动向藤崎也在事前没有看出一点声息，事后就连村子中也仿佛千手一族从未存在过一般，只有初代火影和二代火影的雕像静静看着木叶村，三代火影不愧是“忍雄”的存在，既是英雄又是枭雄，难怪只有在猿飞日斩死后，团藏才敢露于人前争夺火影之位！藤崎不会去或者说不敢去深究其中的原因，在大蛇丸叛逃之前，藤崎的身上就被打上了火影一系的标签，自身的地位也随着猿飞日斩的成为火影后大幅提高。
藤崎也更加认识到火影世界的黑暗，好像把所有才华都用尽般，安心的在医院过起了朝九晚五的生活，渐渐除了藤崎救治过的忍者对他心存感激，佩服他医疗忍术的高超外，也慢慢忘却了当年藤崎3人小队的名气。
突兀的一天，听到蝇树的死讯，正在用医疗忍术治疗的藤崎微微一顿，隐形眼镜下的写轮眼多出了一个勾玉后也就平淡的过去了。
而雨忍村的半藏不知是基于什么考虑，赐予大蛇丸、纲手、自来也三忍的称号后也向木叶村俯首称臣，自来也更是留在了雨之国说是照顾三个孤儿。。。
火影世界二次大战就在5大国的大名和各忍村首领的何谈下结束，当然木叶获得了最大的利益，除了周边众多小国成为附属国家外，各种战争赔款也相继到来，使火之国愈发强盛。
虽然军队的战争停止，而由战争所引起的仇恨却无法消弭，各国边境摩擦不断，所有需出国境的任务全部上调在A级以上，各国虽然有胜有败，但国内的经济反而上升，就连彻底战败国风之国的国民生活水平也比战前要好上许多，这不得不说是一种讽刺。
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