神树是一切查克拉的根源。所有的忍界忍者身上的查克拉皆源自神树。
据宇智波斑所言，神树是天地创始之物，被人类尊为神柱，顶礼膜拜。神树从未卷入过任何人类的战乱。
突然有一天，神树上竟结出圣果，圣果一千年才会结出一次。但人类的祖祖辈辈皆留下祖训，万万不可染指圣果。
但是由于人类无休止的战乱，一名公主求胜心切，竟偷食了圣果。她的名字叫做大筒木辉夜。传闻公主之后得到了神的力量，凭一己之力平定了战乱。
这位公主是第一个拥有查克拉的人类。她的儿子体内与生俱来就具有了查克拉，是第二个拥有查克拉的人。
然而被夺去圣果的神树为夺回查克拉，变化为十尾的模样，开始暴走，这就是十尾。
大筒木辉夜的儿子成功地阻止了十尾，他的名字叫做大筒木羽衣，他阐明了查克拉的真理，开创了忍宗，是忍者的始祖。他还有一个名字叫做“六道仙人”。
这些事据宇智波斑所言，记载于宇智波石碑上。
至于发动这种查克拉的能量。效果会根据忍者想发动的忍术而各有不同。
精确的控制查克拉是很重要的，如果只需要30%的量却制造45%，就等于间接耗损了体能，当体力及查克拉都变成0时，就会死亡。
发动忍术的能量来源－查克拉
简单地说，查克拉就是忍术的“能量”。忍者本身精神和身体的能量和所谓的“精力”相互呼应，在把体内的能量和查克拉相互转换。而变换效率的好坏也会影响施术者的能力。
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