美琴昨晚做梦关于小时候捐了自己的‘DNA地图’的事，于是一大早就起来去上课，在班级了，听同学们说在去学校的反方向遇见自己，美琴对此心中充满疑问，又想起来佐天同学说也看见自己。（从这里开始御坂美琴用美琴代替？）
美琴在路上行走，一路上都听见所有人说有个复制人的事，而且据他们说复制的就是自己。
美琴发现了一件事就是，有人故意往角落放银行卡，追着这条线索，在破旧的三楼里发现了布束砥信用麻药击倒了三个不良。
美琴提问道：“你知道有关复制人的事吗？”
结果布束砥信因为美琴不讲礼貌便打了她两下。还说：“素体，你太弱了，就算全部知道了能怎么样呢。”结果布束砥信放了一场大火就走了。
美琴在回去的路上一直都纠结复制人事件，于是美琴用学园都市的公共电话的网络终端，在长点上机学园发现了布束砥信的所有资料。
美琴打电话给黑子说：“我会很晚回宿舍，你帮我打下掩护。”
晚上，美琴潜入了研究所，发现了量产超能者计划：以Leve5御坂美琴为‘素体’，但是由‘树状图设计者’进行预测演算的结果，发生了意料的意外情况，‘sister’的能力还远远不及‘素体’的‘超电磁炮’的百分之一，其平均能力只有Leve2的实力。即使是较强力的个体，,其能力也超不过Leve3，所以便终止了这项计划并永久冻结了。最后美琴开心的离开了。
第二天，美琴独自一人出去玩，由于感到和自己一样的电流方式便追了过去，终于遇见了自己的复制人御版9982.
御版说道：“有一只猫受到了惊吓，跑到了树上，结果猫下不来了。“
结果美琴趴在了地上，御版站在美琴背上就下了猫。
美琴问道：“量产超能力者计划不是冻结了吗？你怎么在这里。”
‘ZXC71ASD852QWE963’御版确认密码道
御版确认道：“果然，姐姐大人不是实验的有关人员，所以我无法回答你的问题。”
无论美琴问什么问题，结果御版什么都不回答。
最后美琴决定跟踪御版，但是御版却不回去，美琴又问你这样的复制人有多少，御版就是不回答，结果美琴吵了起来，卖冰淇淋的人送了她们姐妹2个冰淇淋，结果御版要喝红茶。
美琴然后把呱太挂饰给了御版，然后离开了。
美琴对御版妹妹们感到了疑问，于是又去调查了sister，终于发现了绝对能力者计划：园都市中的七名超能力者（Level5）中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（Level6），但是需要250多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（Level6）。因为没有能使人能够活250年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好128种战场将超电磁炮（御坂美琴）杀害128次，一方通行便可以进化为绝对能力者（Level6）。但是因为无法准备128个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的“量产型能力者计划”中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%——也就是“Level2”的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及20000名“妹妹们”也可以达到相同的目的。
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