神奇宝贝第一部（无印篇EP）
人物：小智、小刚、小霞、小建
地区：关都地区、橘子群岛、城都地区
简介：
在无印篇中，新手训练家小智只带着从大木博士那里获得的勉勉强强又喜怒无常的皮卡丘，离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。加入小智一行人的是两位良师益友——小刚和小霞。
参赛石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。
回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就派小智等人前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁。再次，小智参加了神奇宝贝联盟－城都联盟的白银大会。
第二部（超世代AG）
人物：小智、小刚、小遥、小胜
地区：丰缘地区、关都地区（对战开拓区）
简介：
小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为有事和小智分离了。小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。
超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
第三部（钻石与珍珠DP）
人物：小智、小刚、小光
地区：神奥地区
简介：
对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
钻石与珍珠系列中，一起旅行的主人公分别为小智，新人协调训练家小光，以及神奇宝贝培育家小刚。和超世代系列一样，小智和小刚都以新装登场。三人一同结伴旅行，展开了新的旅程。
第四部（超级愿望BW）
人物：小智、天桐、爱丽丝
地区：合众地区
简介：本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。小智与皮卡丘和新的伙伴艾莉丝和天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。
第五部神奇宝贝XY
《神奇宝贝XY》是神奇宝贝系列动画的第五部，是《神奇宝贝超级愿望》之后的最新作。其蓝本是神奇宝贝的第六代游戏《口袋妖怪XY》版本，该作的主题是「美丽」「羁绊」「进化」，观众可以在这部新作中感受到明显的画质提升、着重针对人物心理的描写和全新的剧情设定。该作是神奇宝贝动画系列唯一一部副标题没有英文全称、全中文译名的作品，这也是继《神奇宝贝钻石与珍珠》之后第二次直接采用对应主游戏的名称。动画主角一如既往是小智和皮卡丘，旅行的搭档则是来自于卡洛斯地区的瑟蕾娜、柠檬和尤莉卡。2014年剧场版《破坏之茧与蒂安茜》于2014年7月19日在日本上映。该次故事发生在全新的冒险舞台―卡洛斯。
立志成为神奇宝贝大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙伴瑟蕾娜、柠檬、尤莉卡三人和新的神奇宝贝相遇的冒险故事。
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