在湛蓝道馆漂亮地打赢比赛赢得打击徽章的小智，终于展开他在漩涡列岛的旅行了。
“这样就得到五个徽章了，进展顺利极了，照这样下去，很快就可以参加城都联盟的比赛了。”小智说道。
“是呀，小智，很快就集齐八个徽章了呢！”云霞微笑着说道，“不知道在漩涡列岛会有什么样的水系神奇宝贝在等着我呢。”
“应该会遇到很稀有的神奇宝贝吧。”小刚说道。
“你们看，这周围都是漩涡诶，难怪这里成为漩涡列岛。”小智说道。
……
小智他们在船上说得津津有味，完全投入了话题中，完全不知道危险正在慢慢的接近他们。
在小智他们的后面出现了一男一女，他们悄悄地靠近小智，很快来到了小智的身后，其中一个男的拿着一个捕虫网，正在想抓小智的神奇宝贝，而目标自然就是皮卡丘。可是，天公不作美，船突然晃动了一下，小智倾斜着，那个男拿着捕虫网没能抓到皮卡丘，却将网盖住了小智的头。
“你们到底是什么人？”小智很快就警惕了起来。
“糟糕，被发现了。”女的跳到了后面，与小智他们拉开了距离“既然你诚心诚意的发问了！”
“我们就大发慈悲的回答你们！”男的也跟着跳到了后面，与小智他们拉开了距离。
“为了防止世界被破坏！”女的接着说道。
“为了守护世界的和平！”男的跟着说道。
“贯彻爱与真实的邪恶！”女方。
“可爱又迷【隔离】人的反派角色！”男方。
“武藏！”女方正是武藏。
“小次郎！”理所当然，男方是小次郎。
武藏:“我们是穿梭在银河之间的火箭队！”
小次郎:“白洞，白色的明天正等着我们！”
喵喵:“就是这样，喵。”
“火箭队，又是你们，话说回来，也有好久没见你们了，本想你们会放弃抓我的皮卡丘，但没想到你们还是死缠烂打，既然这样，就别怪我不客气了。”小智对着火箭队他们说道。
“哼，小鬼头，你的皮卡丘那么厉害，我们怎么会放弃呢，上吧，阿柏怪。”武藏放出了阿柏怪。
“你也上阵吧，双弹瓦斯。”小次郎也放出了他的神奇宝贝。
“哟哟哟，火箭队啊火箭队，过了那么久的时间，你们还是这几只神奇宝贝啊，真是太让人失望了。”小智有点不屑的说道，“去吧，皮卡丘，对着阿柏怪使出电光一闪。”
“阿柏怪，避开，然后使用毒针攻击。”武藏说道。
“双弹瓦斯，你也对着皮卡丘使用泥浆喷射。”小次郎也发起了攻击。
“皮卡丘，利用高速移动避开。”小智说道。
阿柏怪跳了起来避开了皮卡丘的电光一闪，紧接着从嘴里喷出了很多毒针，全都是攻向皮卡丘；而双弹瓦斯也从嘴里喷出很多泥浆，目标自然就是皮卡丘。但是，全都没用，皮卡丘使出高速移动避开了所有的攻击。
“很好，皮卡丘，使用十万伏特。”小智说道。
“皮卡～丘...”皮卡丘对着阿柏怪和双弹瓦斯使出了十万伏特，阿柏怪和双弹瓦斯被十万伏特击中，产生了爆炸，而因为小智他们都是在船上，所以小智他们也卷入了爆炸当中，他们都被炸飞了，随后他们掉在了水里；而火箭队不知道被炸飞到哪里了。
“大家快放出水系神奇宝贝。”小智说道，“出来吧，哥达鸭。”
“海星星，出来吧。”云霞也放出了她的水系神奇宝贝。
“玛力露丽，你也出来吧。”小刚也有水系神奇宝贝喔。
虽然小智他们都放出了水系神奇宝贝，但是还没有真正的得救，他们正在卷入漩涡当中。正当小智准备放出快龙的时候，一只很大的神奇宝贝出现在海底，紧接着小智他们平安的远离了漩涡，那只神奇宝贝在海里叫了几声之后就在小智他们的海底里游过去，而小智他们听到声音后都看向了海底，只看见一只超大的神奇宝贝快速的游过去，没有看到实体，只有看到影子。
正当小智他们犹豫的时候，一只全身粉红色的神奇宝贝向着小智他们快速的游了过来。
“那个神奇宝贝是...是太阳珊瑚。”小刚说道。
很快太阳珊瑚来到了小智他们那里，太阳珊瑚在小智他们周围快速的游来游去，紧接着小智他们被几个触手抓住，而有触手的神奇宝贝正是毒刺水母，它们将小智安全的送到了一艘船的旁边，紧接着太阳珊瑚开心的跳到了一位穿着白色衣服的男人怀中。
“做得很好，太阳珊瑚，大家应该都没有事吧，诶，你们是...”带着眼镜的男人注意到了什么。
“空木博士。”小智他们一齐叫道。
船内……
“啊，原来如此，已经拿到了五个徽章啦，时间真的过得好快喔。”太阳珊瑚开心的跳到了空木博士的脚上，“乖乖乖，你也要喝吗？”
“珊瑚珊瑚。”太阳珊瑚开心的喝着空木博士的水杯里的水。
“哇，好可爱哦。”云霞看着太阳珊瑚的动作表情觉得很可爱。
“原来那个太阳珊瑚是博士的神奇宝贝啊。”小刚说道。
“是啊，我到漩涡列岛来做调查的时候，在这里收服的。”空木博士说道。
神奇宝贝图鉴:太阳珊瑚，珊瑚神奇宝贝，头上的角会重生好几次，拥有水跟岩石的相反特性的类型。
“好可爱啊，我也想要收服一只。”云霞的双眼冒着星星。
“我们刚好路过附近，是我的太阳珊瑚注意到你们的。”空木博士说道，“现在，我正要和太阳珊瑚跟船长海德去独立调查，再也没有比海德船长更了解这片海洋的人了，危险的海涡在这个船长眼中根本就是不足为惧，拯救你们的毒刺水母就是海德船长的。”
“好啦，空木博士，你不要再说个不停啦，就让小弟【隔离】弟们好好的休息吧。”正在爬下来的人正是空木博士所说的海德船长。
“啊，我来介绍一下，他就是海德船长。”空木博士介绍着。
“你们好。”海德船长对着小智他们打着招呼。
“我叫小智，请多指教。”小智介绍着。
“我叫云霞。”云霞说道。
“你好，我叫小刚。”小刚也介绍着自己。
紧接着小智他们跟着空木博士以及海德船长快来到了一个岛屿。
“空木博士，那个岛屿是什么岛啊。”小刚问道。
“那是漩涡列岛的门户之岛，叫青岩岛。”空木博士说道，“青色的青，岩石的岩，青岩岛，名字的由来就是那蓝色的岩石。”
青岩岛……
“这里是青岩岛最大的港口城市，库加市。”小刚说道。
“怎么感觉这里好热闹。”小智说道。
“漩涡列岛大赛。”海德船长说道。
“漩涡列岛大赛？”小智很疑问。
“是啊，漩涡列岛大赛是三年举行一次的水系神奇宝贝的格斗大赛，大赛是一个月以后举行，可是现在就已经很热闹了。”
“水系神奇宝贝大赛，我要参加我要参加，我要参加这次的水系神奇宝贝大赛。”云霞听到水系神奇宝贝就激动的不得了。
神奇宝贝中心……
“欢迎各位来到青岩岛，你们要报名参加漩涡列岛大赛是不是。”乔伊小姐说着吉利蛋就拿着一本书递给了小智，“啊，这本书是指南书，这本书也是参加漩涡列岛大赛的规则手册，你们千万不可以遗失哦，接下来我就给你们报名吧。”
“哇，有好多水系神奇宝贝呀。”云霞注意到了神奇宝贝中心外面的水池里有很多水系神奇宝贝。
“这些都是为了参加漩涡列岛大赛而过来接受训练的神奇宝贝喔，因为这些神奇宝贝，它们想要先花一点时间适应这个地区的海洋。”乔伊小姐解析着，“这样就可以了，你们两位参加漩涡列岛大赛的登记已经完成了。”
“谢谢你，乔伊小姐。”小智答谢着。
“好了，接下来就等着拿冠军咯。”云霞说道。
而小刚则是问着其他训练家培养水系神奇宝贝的要诀，随后也跟海德船长谈起话来。
“听说想要专攻水系神奇宝贝的训练家之中，有一些人是将目标放在这个漩涡列岛大赛的哦。”紧接着空木博士给小智他们讲了比赛的会场所在地并在地图上讲解，“漩涡列岛大赛的会场在赤岩岛，这里是漩涡列岛，现在我们所处的位置是最下面的岛屿——青岩岛，漩涡列岛大致上分为四个大岛，其他的岛屿，还有黄岩岛、赤岩岛以及银岩岛。”
“大赛的比赛会场是赤岩岛，从这里算起第三座岛咯。”云霞看着地图说道。
“在大赛举行之前会先举行预赛，淘汰掉一些参加者，而赢得冠军的训练家将可以得到岛上传说的头衔，成为水系神奇宝贝的勇者哦。”空木博士继续说道，“听说附近的人以前就是这个样子来称呼使用水系神奇宝贝的人哦，活在海洋的人就应该了解水系神奇宝贝的心。”
“空木博士，我想请教一下，关于我们今天在海洋里看到一只很大的神秘的神奇宝贝，但是不知道是什么神奇宝贝。”小刚问道。
“在海洋里是有很多不知道的神奇宝贝，我来到这里也就是为了调查未发现的神奇宝贝的。”空木博士说道。
晚上……小智在跟大木博士通电话
“哦，到漩涡列岛啦，在那里才可以遇到大海才有的神奇宝贝哦。”大木博士说道。
“对啊，而且我们在这里还遇到了神秘的神奇宝贝哦。”小智说道。
“神秘的神奇宝贝？”大木博士说道。
“大木博士，关于这一点，让我来向你解释好了，情况是这个样子的。”空木博士还没有等小智把话说完就抢着和大木博士说话了，其实小智是知道那只神秘的神奇宝贝是什么神奇宝贝的。
“哦，是空木同学啊。”大木博士看到是空木博士没有很惊讶。
“小智他们撞见的神秘生物的影子，很像是岛民之间口耳相传的东西，把这个与传说的神奇宝贝...不，与幻影的神奇宝贝画上等号，可能还言之过早，可是我认为...这个神奇宝贝，很有可能就是……”
被空木博士抢去说话后，小智他们在一旁尴尬的笑了笑。
次日……
“那么路上小心了。”空木博士对着小智他们说道。
“非常感谢你们的帮忙。”云霞说道。
“要到下一座岛屿——黄岩岛，搭上从芝拿镇的港口出航的船是最快，你们可以慢慢在岛上观光，一边走到那里去。”海德船长说道。
“我们现在所在的位置是这里——库加市，然后呢...芝拿镇，在这里。”小刚拿出吉利蛋给的指南书寻找着芝拿镇的位置。
“好，那我们就以芝拿镇为目标出发吧。”小智说道。
小智一行人前往漩涡列岛的旅行开始了，到底，什么样的神奇宝贝、什么样的战斗在等着他们呢？敬请期待！
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