—————————————————芳缘地区—————————————————————
小遥，小光，小胜被莫名其妙的丢在了海滩上，再回头去找小智时，发现潜艇早已消失的无影无踪了，再也不见小智的身影，小遥小光瘫倒在地，都认为小智凶多吉少。
—————————————————两个月后——————————————————
依然没有传来小智的消息，此时小智失踪的事已经传给了所有认识的人，大家都认为小智大概已经牺牲了吧，小智的妈妈天天以泪洗面，
大木博士叹息道，真新镇少了一位杰出的训练家。
小霞知道后，再无精力打理道观，终日痴痴的望着远方，很少与人说话，
小茂在伊修地区得知后，一拳捣向旁边的大石头上，恨恨的说“混蛋！你不是和我约定好了吗？”
小光回到了新奥家中，大概近期不会再外出旅游。
小遥也回到了家中，拿着身上的半块缎带，痴痴的笑。
小刚在得知以后，也是痛不欲生。
还有一些，如真丝等小智劲敌也是默默哀叹。
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两个月后的黑衣组织，成都，芳缘地区已经大部分整顿妥当，而原不是黑色组织的人，也慢慢融入，黑色组织俨然已经成为了两地区说一不二的大组织。
在火箭队缴获的资金十分丰厚，还有熔岩队与水舰队的资金，小智假如将这些资金据为己有，大概自己早已经是一个大富翁了。
红月也千辛万苦的找到了水君与雷皇，并利用特殊球进行收服，回来后，小智对她大加表扬，弄得她怪不好意思。
还有就是那个曾经打算从火箭队总部逃跑的大卡车，在那时候，马豪就派人上去搜索，在卡车的后面发现了一块大陨石——正是火箭队所研究的代欧奇希斯陨石，小智不敢马虎，立刻让紫嫣着手研究，而被俘虏的南波博士也因为科学的诱惑，也归降了黑色组织，为的就是研究那块陨石。
两个月后的芳缘联盟，一黑衣人使用班吉拉轻松进入决赛，拓木选手也用噩梦神打入决赛，两个注定一战的人，终于碰头。
“你很强，我本以为和我对手的会是一个名叫小智的人，无奈他不幸...”拓木说到这里，也不住哀叹。
黑衣人沉稳的声音响起“说不定，他会从地狱爬回来找你。”
听了这句话，拓木为之一振，看了看黑衣人，笑道“或许吧，出来吧！噩梦神！”
“炎帝！你上！”黑衣人放出了炎帝。
观众们为之一振，这是什么状况？超兽大**吗？
“炎帝？呵呵，你果然可以和我相抗。”拓木看见炎帝后，眼中满是血丝，兴奋到了极点。
“可是你不配和我相抗。”小智淡淡说道。
“燃烧殆尽！”炎帝从口中喷射出金色的火焰。“躲开！影子球！”一瞬间，噩梦神就没了踪影，然后半空中，一邪影放出影子球打向炎帝。“影分身，再使用阳光烈焰！”场上瞬间全是炎帝，今日阳光明媚，几十道光影猛然而出，噩梦神不知道该躲哪一个，顿时被阳光烈焰打中，摔倒在地，“继续！剧毒！”炎帝一跃奔向噩梦神，暗紫色的毒液顿时弥漫噩梦神全身。
“回来吧，噩梦神，你去！拉迪欧斯！”噩梦神被收回后，拉迪欧斯直冲蓝天的飞出。
“回来吧，炎帝，闪电鸟！你上！”
现场观众更加沸腾，这场票没有白买啊。可是一些被淘汰的选手就骂骂咧咧了，这还让人玩吗？从此各联盟开始规定，禁止传说神奇宝贝参赛。
“拉迪欧斯！飞吧！”拉迪欧斯直冲白云。“闪电鸟！追上去！”闪电鸟紧随其后。“召唤雷云！”本来大晴的天空一下子被几朵黑云挡住了太阳，不时还发出阵阵闪电。“拉迪欧斯！龙之舞！”拉迪欧斯立刻在阴暗的空中旋转了起来。“闪电鸟！打雷！”闪电鸟眼睛一怔！雷云中顿时雷光乍现，拉迪欧斯不幸被打中，摇摇欲坠。
“龙之怒吧！”愤怒越大，威力越强，拉迪欧斯立刻露出狰狞态度，一束光波，开始聚集。
“回——转——攻！”难以置信，黑衣人一字一字蹦出，竟然是最基础的绝招。闪电鸟伸直长长的嘴巴，朝着拉迪欧斯飞去，龙之怒发射了，可是打到闪电鸟时，闪电鸟瞬间消失，紧接着拉迪欧斯被闪电鸟的回转攻打中，终于，坠下地面。
1303楼
拓木无奈的收回了拉迪欧斯，看了看黑衣人，犹豫了一下，最终还是艰难的举起了右手“我输了。”拓木只有两个传说神奇宝贝，大概觉得不可能赢了吧，于是就主动弃权。
广播上传来清脆的女声“由于拓木选手的弃权，所以胜利者是暗选手。”观众在沸腾，而黑衣人不为所动，只是独自走下台去，却见拓木在台下等他。
“你就是小智吧。”拓木一副什么都知道的样子。
“没错，我就是，我想问你，拉迪欧斯你是这么得来的。”小智也不狡辩。
“她自愿跟来的。”拓木对小智问的问题很吃惊，不过还是模模糊糊回答道。
“放屁！拉迪欧斯我认识。”小智怒吼一声。
拓木却笑了“既然你认识，我也不瞒你，没错，拉迪欧斯是我去水都时捉的。运用这种球，不管对方是什么精灵都会听命于你。”拓木说着，就从腰间拿出了一个黑色的精灵球。
“真是无耻！”
“你不是也一样，炎帝与闪电鸟是怎么跟随你的？”
“我救了他们，他们知恩图报。”小智说得倒也不假。
“谁知道是真的假的”
“先不管这些，把拉迪欧斯和噩梦神交给我。他们不是自愿跟随你的。”
“凭什么，我收服的就是我的。”
“别让我去抢。”小智一字一字蹦出来。
“哼！别太小看我了，啊！”却见一黑影照着拓木的背部一记瓦割，拓木应声而倒。黑影走了出来，是超梦。
小智走了过去，在拓木的身上翻了翻，翻出了两个黑色的精灵球交给超梦“带回组织，一定要恢复他们的意识。”超梦点了点头，然后用瞬间移动消失了。
小智看了看倒地的拓木，最终还是决定用特殊的能力将拓木脑中的这些记忆消除。
下午，小智和客场来到芳缘的渡决战，小智运用班吉拉打过了渡的班吉拉和快龙，有用红色的哈克龙打败了红色的哈克龙，成功取得胜利，成为房源区域的冠军。
可是，比赛刚刚结束，君莎却找上了门来...
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