由于固拉多的攻击，导致小智安装的摄像头大部分失灵，小智无奈之下，决定前往现场。
火箭队拉回了闪电鸟，准备下一步策略，却没想到盖欧卡再次出现，一跃出水面，对着固拉多就是一击水炮。
板木惊讶着想怎么盖欧卡还没失去战斗力？不容他多想，盖欧卡和固拉多就战作一团，板木笑了笑想到“那就这样下去吧。”
盖欧卡的水炮并没有攻击到固拉多就被固拉多用破坏死光打了回去，固拉多却没有战斗的意思，对着盖欧卡吼了两声，盖欧卡嚎了两声，似乎是同意，紧接着他们两兽齐齐将目光对向火箭队。
板木见势不妙，立刻叫手下继续作战计划，飞船立刻对着水里和岛上撒精灵球，精灵球入地则打开放出各式各样的神奇宝贝。最后海里和陆地上充满了神奇宝贝，还有一队神奇宝贝向着水舰队与熔岩队的潜艇袭去。紧接着，飞船再次打开，出现在大家面前的是——三圣鸟！
火焰鸟，闪电鸟，急冻鸟展翅而飞冲向战场，尽管火箭队神奇宝贝众多，可是没有一个可以过固拉多的膝盖，无数光波发射，固拉多与盖欧卡只当挠痒痒，唯有三圣鸟对固拉多与盖欧卡还有一丝伤害，固拉多一招神龙摆尾就消灭了大部分神奇宝贝，盖欧卡也发了一招海啸卷走了大部分水系神奇宝贝，可是海啸促使海面上升，从而减少了固拉多的行动范围。
飞船内
尽管火箭队都是精英，可是水火两队也是不逞多让，在狭窄的潜艇中也开辟了一个新战场，两方都没有占到优势，战局僵持不下....
火箭队的攻势渐渐有了起效，熔岩队和水舰队开始支撑不住，有败退迹象。
泉美与火焰苦苦支撑，最后火箭队那边走出了两个黑衣的彪形大汉，二人什么也没说，一个放出了班吉拉，一个放出了铁甲暴龙。两只pm显然不一般，只是三两下就将泉美与火焰拿下，其中一人见泉美长的有几分姿色，就让人将泉美独自带走（无邪..）
火箭队在潜艇中继续搜捕，很快的就发现了赤焰松与水梧桐。赤焰松与水梧桐此时狂暴不堪，火箭队刚冲进去，就张牙舞爪对着火箭队，不过火箭队队员明智的选择了使用精灵球，两只豪力一出，迅速将二人擒获。
赤焰松、水梧桐被带到了飞船上见板木，板木看了看二人人不人，鬼不鬼的摸样，暗自好笑。右手一挥，几只怪力就将一个不知名抬了过来。板木冷冷对旁边人说“将他们放进去，准备提取红蓝宝珠。”
水梧桐和赤焰松立即被扔进了容器内，二人敲打着玻璃，面目狰狞。
板木“开始！”
旁边自有人去按下开关，红蓝灯光迅速闪烁，里面的水梧桐和赤焰松立刻痛苦不堪。
渐渐地，二人的头顶开始红蓝宝珠的身影，却被一束光束打了一个爆炸，机器立刻停止运转，出来的红蓝宝珠也掉在了地面上，一个黑影迅速拿起，在一个跃身，目光随着身影望去，发现他跳到了一个黑衣人的身后。
这个人，全身被黑色包裹，面容被面具所蒙住“哈哈，板木想不到你也有失败的时候。”那人戏谑的说道。
板木却面无表情“你是何人？”
“黑色组织！”
“哼！区区一小组织敢于和我火箭队相抗，勇气可嘉。但是...”板木说着，挥了挥手，立刻十几个人围了上来。
那人却毫无惧色，丢出三个精灵球——班吉拉、哈克龙、暴蝾螈。
这三只神奇宝贝都不一般，即使哈克龙行动不便，也可以轻松打倒火箭队的几个高级神奇宝贝，而班吉拉和暴蝾螈更是一发不可收拾，火箭队的精灵多数被放下去对付固拉多和盖欧卡了，在飞船上没几个高级神奇宝贝。
正当飞船上的火箭队队员打算使用人肉战的时候
“退下！”板木却喝退了火箭队众人，慢悠悠的走向前方，笑呵呵的对着黑衣人说“少年？听你的口气像个少年是吧？”小智没有回答，可是板木却继续道“我承认，你的精灵都很不错，但是...反抗我火箭队的——死！”最后一个字机会是从板木的嘴中迸出。
板木抛出了精灵球，庞大的妙蛙花出现在飞船里。
“哼！”小智冷哼一声：“班吉拉，你上！”
班吉拉向前一步，做出战斗准备。
“藤鞭乱打！”妙蛙花的花下顿时抽出十几条藤鞭，打向班吉拉。
“接住！”班吉拉左手一伸，探囊取物的捉住了打来的五六条藤鞭，紧接着又是右手，妙蛙花的藤鞭一条不剩的被抓住，“地球上投！”班吉拉就这样拉着藤鞭甩动着妙蛙花的身体，原地甩了十几圈，然后抛出，妙蛙花迅速因为惯性的原因，被甩在墙上，整个飞船震动了一下，然后墙上开出一道大口子，不时电光闪烁，所幸妙蛙花是草系，不过地球上投的威力足以使他失去战斗能力。
“还要打吗？”黑衣人傲慢的问。
“去吧！尼多王！”板木气的咬牙切齿。
“不如一起上吧。”黑衣人戏谑的说道。
“破坏死光！”此时的板木已经被激怒，立刻给尼多王下命令。
“打下来！”班吉拉一个气合拳，就使破坏死光散去。然手双手环抱，一副很傲慢的神色。
“尼多后！隆隆岩！铁甲暴龙！猫老大！”板木气的面目铁青，一下子将精灵全部放了出来。
黑衣人看了看手上的表，嘴角挂上邪邪的微笑“时间刚刚好。”
“暴蝾螈，你去帮助班吉拉。”
在暴蝾螈和班吉拉的合作下，板木的精灵迅速被逐个击破，失去战斗能力，板木怒火中烧“全上！”
说着，火箭队的队员就打算扑向小智，而小智却淡淡的说了一句“晚了。”
“砰！”飞船的玻璃被全部打破，黄发女子带着约一百人骑着大嘴雀等神奇宝贝飞了进来，跳到黑衣人这边，迅速放出了身上的神奇宝贝，随行而来的人也立刻放出了自己的神奇宝贝。
黑衣人走了出来“坂木，你输了。”
“你究竟是何方神圣？”坂木不甘的问道。
“黑色组织！”黑衣人依然吐出了这四个字。
通过飞船上的监视仪器可以看到，火箭队的神奇宝贝已经几乎全部失去战斗能力，而固拉多和盖欧卡也进入了发狂状态，四处攻击。
火箭队所有人都已经被带到了飞船的一角，黑衣人看着屏幕中的固拉多和盖欧卡，挠了挠头说道“不好办啊。”
黑衣人先接过了索罗亚克手中的两个珠子，红蓝宝珠立刻融入小智的体内，在小智的体内冲撞着，最终被一股黑气制止。期间小智闭上眼睛，享受着痛苦带来的刺激，当太睁开眼睛的时候，黑衣人的左右手背上都出现了一个分别发红光和蓝光的刻印。
黑衣人猛然睁眼，消化了红蓝宝珠，可是固拉多与盖欧卡始终没有停止自己的攻击，相反越来越激烈了。
“不可能！”说话的是一角的板木“为什么你没有被控制？”
“白痴，红蓝相抵。”小智白了他一眼，然后看着战场，叹道：看来只好一战了
小智想着，叹了口气，紧闭双眼，身上开始发出淡淡的绿光，尤其的胸口的绿光煞是耀眼。
本来阴暗的天空顿时更加阴暗的许多，片片乌云都聚了起来，不时还有雷电打下，在乌云中，出现了一个绿色的身影——裂空座！
“怎么会？裂空座！”板木又是吓了一跳，小智却笑了笑“怎么，难道你不知道是我抢走了J的猎物么？”板木咬了咬牙，原来J认为给小智几个人就抢走了他的猎物感觉没面子，于是就没告诉坂木。
小智看着外面在云层中翻腾的裂空座，然后又像外面抛出了一个精灵球“念力土偶，去帮助裂空座！”
一个庞大的身躯立刻腾空出现在了海面上，小智可以运用绿色宝珠的能力暗中给裂空座下命令，于是小智就给裂空座下了一道攻击指令。
此时，三圣鸟依然在外面与固拉多和盖欧卡纠缠，不过显然体力有些不支，固拉多与盖欧卡也受了点伤，尤其是盖欧卡被闪电鸟所克制，而且水是导电的，几乎躲不过去。
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